1.政府直接構建風險投資平台。政府內部成立風險投資組織機構，直接向科技型中小企業進行風險投資。與傳統的直接撥款方式相比，此種方式可以督促政府對被投資企業進行嚴格篩選，選擇出真正適合市場發展的投資項目，投入更多精力在資金的使用管理過程上，提高資金的使用效率。同時，由於政府的引導作用，還可以吸引到更多的社會資金或是國外資金加入到廣西的風險投資中，使投資主體多元化。國際上不乏成功的案例，如以色列政府成立的國有獨資YOZMA風險投資基金，通過與國外投資者的合作，吸引了國外資本1.5億美元，共同設立了10個風險投資基金，使整個風險投資基金的總量達到了5.5億美元。這種合作方式，不僅壯大了以色列政府風險投資基金的實力，還間接培養了一批優秀的風險投資人才。
2.政府間接利用優秀風險投資機構。除直接構建風險投資平台外，政府還可以將財政科技投入資金交予政府以外的優秀風險投資公司、基金管理公司等機構進行管理，由這些風險投資機構把握財政資金的投資方向和引導功能，對投資資金的使用進行決策。如日本政府在風險投資的過程中，將一部分風險投資資金的市場化運行交給了國有企業性質投資公司以外的風險投資基金管理企業，能有效地對財政資金的投資方向進行引導，發揮出最大經濟和社會效益。原則上，政府不參與風險投資基金管理企業的日常經營管理，不幹預其正常的投資決策。
3.混合投入發起和參與發起風險投資基金。首先，省級政府可以發起設立風險投資基金，各市、縣政府可在條件允許的情況下出資設立地方性風險投資母基金，引導和推進社會資本進入風險投資領域；對於沒有條件出資設立地方性風險投資母基金的政府，可以選擇出資參與省級政府發起設立的風險投資引導基金的設立擴容。其次，省級風險投資引導基金將相應地根據地方政府參與程度對當地風險投資的發展給予不同程度的重點傾斜。最後，各市還可由地方財政主導，吸引社會資本參與，並爭取省級政府風險投資引導基金或是政府投資機構的支持，聯合發起設立風險投資基金並成立相應的基金管理公司。這樣，財政科技投入模式從過去的財政直接撥款轉向更具市場化和效率的風險投資引導，以風險投資基金方式引導高新產業發展，提高財政資金的使用效率。
（三）財政科技投入在管理階段的運行
財政科技投入結合風險投資進行創新，不僅要體現政府的導向作用，還要按照市場經濟規則經營並合理地獲取投資收益。如英國貿工部小企業服務局（SBS）要求其下屬的RVCF風險投資基金要有6%的固定回報率，德國風險投資計劃要求其股份按溢價25%～30%出售。因此，必須要加強財政科技投入的風險投資行為管理，保證政府投資的必要報酬率。
1.在政府直接投入構建風險投資平台的資金投入方式中，價值增值型的管理是風險投資區別於其他投資的重要方麵。政府作為直接投資主體，投資是否實現價值增值和資金使用是否有效，已經成為政府關注的重點。此時，政府與被投資企業目標一致，為提高被投資企業的經營業績，政府可以通過下派專家組定期評估、參與被投資企業董事會、在被投資企業業績達不到預期目標時更換管理團隊成員等監管手段，抑或幫助被投資企業完善商業計劃、公司治理結構以及幫助被投資企業獲得後續融資等服務手段，與被投資企業一起達成目標。
2.在政府間接投入充分利用優秀風險投資機構的資金投入方式中，將財政科技投入資金全權交由專業的風險投資機構進行運營管理，隻保留投資最終審批權和定期交付一定比例的管理費。同時，對這些風險投資機構提供一定的保障措施，例如，給予稅收優惠等扶持優惠政策，並在其需要時提供相應的專業谘詢服務，更好地提高這些投資機構對資金的使用效率，達到相應的目的。這種管理方式的優勢在於不但落實了財政科技投入資金的預算安排，確保了財政資金的安全高效和“扶優扶強”功能的發揮，而且降低了政府的資金管理成本、人力資源成本，間接滿足了風險投資機構的資金需求。
3.在混合投入發起和參與發起創投基金的資金投入方式中，在資金使用和管理上，政府不直接參加管理，主要委托基金管理人進行管理，由技術開發基金管理公司進行決策，是否做投資牽頭人還是由政府根據實際情況來確定。同時，政府組建專家組，定期對這些基金使用的可行性進行評估分析，及時調整方向，對基金的使用者與管理者進行培訓、監督、指引，這樣能更好地使投資資金及時有效分配到有需求的地方。通過這些手段，風險投資能迅速彙集財力，有效放大財政資金的杠杆作用，吸引社會多元化資金，集中支持符合國家產業政策和區域發展規劃的重大項目。
（四）財政科技投入在退出階段的運行
風險投資的退出機製是風險投資運行過程的最後也是至關重要的環節，是指風險投資主體在被投資企業發展相對成熟之後，將所投入的資金由股權形態轉化為資金形態。風險投資的退出機製是否完善有效，退出方式的選擇是否適當，直接關係到風險投資的交易成本和投資收益的實現，是決定風險投資能否獲得成功的關鍵所在。根據相關學者的研究，風險投資的退出方式主要有主板交易、企業並購、買殼上市、境外上市、股份回購、二板市場交易、清算破產等。