其二，法院對於雙方招投標行為的定性上存在問題。事實上，被告在2008年3月25日之前，也就是雙方簽訂《建設工程施工合同》之前，已委托了北京某工程管理有限公司進行招標活動，可由於招投標活動的階段性特征，被告著急動工，因此雙方即暫時簽訂了《建設工程施工合同》以趕工程進度。同年6月，原告中標，雙方完成了招投標程序。整個過程是合法的，雙方進行的招投標活動也是實際存在的，這並不是雙方之間串通虛假招投標的行為。因此一審判決書中所述“……但原、被告雙方先行施工，後進行虛假招投標，違反了法律法規的禁止性規定”，是不符合客觀事實的。
最後，在鑒定問題上，法院存在很多不足之處。首先，在本案中，對工程造價的評估申請是原告方提出的，被告方一直反對評估，多次提出鑒定異議，並提出了雙方同意按2004年定額結算的相關證據。而法院當時並沒有重視被告的這一異議，也沒有重視這份證據，而是委托了鑒定機關進行了鑒定。根據2004年《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》（以下簡稱“解釋”）第22條：當事人約定按照固定價結算工程價款，一方當事人請求對建設工程造價進行鑒定的，不予支持。因此，法院委托鑒定機關進行鑒定的做法是不符合法律規定的。其次，法院在委托鑒定機關鑒定時並沒有指示工程鑒定的取費標準，更沒有委托鑒定機關以雙方約定的2004年定額作為鑒定依據。由於法院的工作漏洞，鑒定機關隨意地選擇了無理無據的2008年定額作為鑒定標準，這導致了後來的諸多麻煩。再次，法院在委托鑒定時，其委托內容是“工程成本鑒定”，而本案應當鑒定的內容是“工程造價鑒定”，法院在委托鑒定的內容上出現了錯誤 。工程成本與工程造價是不同的概念。所謂“工程成本”是指：工程的各個階段所發生的資源耗費的貨幣體現，主要包括直接成本和間接成本，前者指人工費、材料費、機械使用費和其他直接費，後者指施工單位管理人中的工資、獎金、津帖、職工福利費、辦公費等。而工程造價是指工程的建造價格，工程造價是工程建設所花費的全部費用。兩者存在諸多區別：其一，工程造價是針對建設方而言，而工程成本是針對承包方而言；其二，前者是施工單位與建設單位簽字認定的工程價格，後者是施工單位在實行工程建設中所產生的全部費用；其三，也是最重要的區別，工程造價的範圍涵蓋工程成本，除工程成本外，工程造價還包括利潤、稅金等。因此，法院委托鑒定機關做工程成本鑒定是不恰當的，不能合理地評估工程的總體價格。另外，法院委托鑒定機關進行鑒定應當提交經過當庭質證的材料。沒有經過當庭質證的材料是不能作為鑒定材料使用的。根據《最高法院對外委托鑒定評估拍賣等工作管理規定》第7條：“對外委托鑒定、檢驗、評估、審計、變賣和指定破產清算管理人等工作時，應該移交以下材料：（一）相關的卷宗材料；（二）經法庭質證確認的當事人舉證材料……”。原告並沒有向法院提交過應當按照2008年定額結算的任何證據，當然更不可能經過質證，因此鑒定機關按照2008年定額進行鑒定是沒有正當依據的。最後，一審法院在最初審理時既然同意原告的要求委托了鑒定機關作出鑒定，但後來一審法院又否定了鑒定機關按2008年定額作出的鑒定報告，認為按2008年定額進行鑒定是於法於理無據的。法院這種出爾反爾的行為既加重了當事人的負擔，又增加了案件的複雜性，同時也反映出一審法院在審理時思路不清。
綜上所述，反映了一審法院在審理該建設工程合同糾紛案件中存在的若幹不妥之處。
2、法院審理建設工程合同糾紛案應注意的問題
以小見大，我們可以從本案法院審理的不足中來分析法院在審理類似案件時應注意的問題。
（1）法院在審理建設工程合同糾紛時應該準確把握案件的主要爭議點。在建設工程合同糾紛中，通常有如下幾個主要爭議點：一是案件的定性問題，即所述案件究竟是加工承攬合同糾紛還是建設工程合同糾紛抑或其他類似性質的合同糾紛；二是俗稱的“黑白合同”問題，即存在多個合同時，它們的效力認定問題；三是工程款的結算問題；四是工程質量責任問題，以及由此產生的侵權賠償等問題；五是有關司法鑒定的問題。
本案並沒有全部涉及以上主要爭議點。本案的爭議焦點為：其一，結算標準問題；其二，鑒定依據問題；其三，舉證責任問題。
第一個爭議點實質上是，存在多個結算依據時應以哪個依據為準的問題。本案爭議的結算根據有四個：一是《建設工程施工合同》的死包幹價格，二是《建設工程施工合同》中的招投標報價清單價格，三是2004年定額，四是2008年定額。除了最後一個不是約定外，其於都是雙方的約定。如上所述，《建設工程施工合同》實質上是一個合同包含兩種價格，即死包幹價格與招投標報價清單價格。根據2004年《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第21條規定：當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程價款的根據。而法院卻認定雙方的招投標行為是虛假的，從而否定了《建設工程施工合同》的效力，剩下的可以作為結算標準的就隻有2004年定額與2008年定額。而雙方口頭約定的以2004年定額作為結算標準，則是雙方真實的意思表示，且有被告召開領導層會議的記錄在卷為憑。至於2008年定額，雙方從未達成過此類約定，即按2008年定額結算的協議根本不存在。
第二個爭議焦點涉及到應否按2008年定額作為鑒定依據，按2008年定額作出的鑒定報告能否作為證據使用的問題，即鑒定瑕疵以及由於鑒定瑕疵而產生的證據效力問題。
除了前麵提到的雙方按2008年定額結算的協議不存在之外，根據2008年定額進行鑒定，也不符合市場慣例。該鑒定報告中自購材料采用2008年網刊4-10月平均價格，比同期市場實際價格高出太多，不能真實反映實際建築成本；對於乙方自購材料單價，此報告中沒有按照2008年本市建築市場實際材料價格進行找差。應該要求乙方提供所購材料發票，按實際所購材料價格進行找差。同時，2008年4月1日施工時，按市場交易習慣，全市所有的建築工程並沒有適用當年的定額取費的做法，這違背了客觀事實。