事實上，本案的鑒定機構也存在不妥之處。先是上文提到的鑒定機構沒有詢問法院應以何種標準進行鑒定，而擅自選擇以2008年定額作為鑒定標準這一做法欠妥；另外，法院委托的是“工程成本”鑒定（雖然是錯誤的），而鑒定機構作出的是“工程造價”鑒定，鑒定機構作出的鑒定報告超出了法院的委托內容，這會影響法院對此份證據的采信。
如上所述，本案在鑒定標準、鑒定內容以及鑒定報告等方麵存在嚴重的瑕疵，因此按照2008年定額作出的鑒定結論不能被采用。
第三個爭議焦點是，對於按照2004年定額進行鑒定的申請應由原告方提出還是被告方提出，舉證不利的後果由誰承擔。。根據誰主張誰舉證的原則，原告是訴訟提起人，在按2008年定額鑒定的結論被法院否定之後，這份鑒定報告就不能作為證據使用，因此，法院要求原告提出其他證據，原告不同意按照2004年定額再一次進行鑒定，那麼就意味著要求被告給付剩餘工程款的主張沒有證據支撐，這當然由原告承擔舉證不利的後果。
法院隻有清楚地把握以上爭議焦點，才能順利地進行有理有據的裁判。歸納爭議焦點，是法院工作的必經環節，也是重中之重，是法院審理案件的前提，也是為隨後的進一步審判奠定基礎。
（2）法院應當重視規範自身委托鑒定的職能。在建設工程合同案中，“慮及施工周期和施工條件的複雜性，合同價款難以預先協定，往往是暫定的，有賴於當事人雙方根據合同後續實際履行情勢，借助專門的工程造價谘詢單位之力，依據國家或地方編製的結算定額，方能計算出合同的最終價款”，這就不可避免地需要經過鑒定、評估、拍賣（評估、拍賣在此不述）等程序。法院委托鑒定時應該注意很多問題。首先，法院應當慎重考慮當事人的鑒定請求，不應縱容當事人濫用鑒定程序，法院應當對於鑒定是否必要，鑒定結果是否與本案密切相關進行充分考察後再決定是否應當鑒定。《解釋》第22條規定：“當事人約定按照固定價結算工程價款， 一方當事人請求對建設工程造價進行鑒定的， 不予支持。”因此，進行工程造價鑒定並不是隨意啟動的，“對於雙方不能形成結算文件，又未約定結算辦法的，在根據法律法規及相關造價管理規定不能協商確定而起訴的情況下，人民法院才可以進行司法鑒定來確認事實。如果不通過鑒定也能查清事實的，就不應進行鑒定”。
其次，法院應明示鑒定機關以何種標準進行鑒定，鑒定的主要內容應當具有明確的針對性，切中要害。否則，鑒定機關對於鑒定的標準不清楚，有的會多次詢問法院，有的則會自行選擇鑒定標準（本案的鑒定機關由於法院沒有明示其應根據何種標準進行鑒定，則自行選擇按2008年定額進行鑒定，造成了諸多麻煩），這無疑拖延了訴訟時間，不利於維護當事人的利益。
再次，法院應當按時移送鑒定材料，並對鑒定材料進行質證，以避免“在鑒定過程中要多次補充材料，少數承辦人甚至讓當事人直接向鑒定機構提交材料，從而無法保證鑒定材料的真實、合法，容易讓另一方當事人的不滿而提出補充鑒定和重複鑒定，加大了訴訟成本，降低了司法效率”的現象發生。
最後，法院也應當考慮該如何處理鑒定機關超出法院委托內容而做出鑒定的情況以及其他有關鑒定結論的審查與采信問題。“對外委托司法鑒定不同於當事人單方委托鑒定，應當嚴格按照法院出具的委托書事項進行鑒定”。
（3）法官應在掌握建設工程合同糾紛特征的基礎上，熟練運用相關法律法規以及司法解釋，提高辦案效率與質量。建設工程合同糾紛具有以下特征：專業性較強，標的額較大，涉訴主體多，法律關係也較為複雜，這要求法官應該接受相關的專業訓練，以便熟練地審理案件。以本案為例，原告於2009年4月起訴，截至2013年8月才二審完結，期間拖延了4年之久，這對於案件雙方而言都是莫大的損失。法官在審理這類較為複雜的案件時，應當充分了解案件的客觀情況，從而製定詳細的審理計劃，根據審理的不同階段來詢問當事人，要求其提供相應的證據等。法官不能讓原被告牽著鼻子走，對於原被告不合理、不合法的要求就應該果斷拒絕，比如本案中原告提出的鑒定申請，法院沒有拒絕其主張，遂產生了之後的諸多麻煩，而最後，法院自食其果，又否定了自己委托的鑒定報告。
同時，法官應當熟練掌握有關建設工程合同的法律法規及相關司法解釋。涉及本領域的法律文本主要有《民法通則》、《合同法》、《招標投標法》、《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》、《工程建設項目招標範圍和規模標準規定》等。熟練掌握法律規定是法官審理案件的前提，深入理解法律規範背後的法律意旨更是法官審理案件所必須的法律素養。因此，提高法官自身的法律熟悉度與理解度，是審判工作得以順利進行的關鍵因素。
綜上對本案的介紹與分析，隻是從一個小的視角來對浩如煙海的建設工程合同糾紛案件出現的問題給予一些個人見解。隨著經濟規模的擴大以及經濟結構的多元化發展，建設工程糾紛也日趨多樣化，法院審理此類案件的難度也日漸加大。法官應跟上經濟發展的節奏，廣泛了解各類建設工程糾紛案件，以便在自己處理相似案件時得心應手。
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資助項目：2010年西南政法大學本科生科研訓練創新活動資助項目。