（3）立法滯後。法製是生態文明建設職能運行的直接依據。但政府在環境行政立法上還存在配套立法進展緩慢、環境法規滯後於社會發展的突出問題， 給生態文明建設職能的執行帶來障礙。首先表現為內容上的難以適應。環保部門作為主要的職能部門在治理環境問題上通常表現為缺乏獨立性，治理手段單一，在保障保障經濟高速增長的大前提下，很難獨立地行使監管職責；最後表現為法律之間重合和打架的情況。
2、生態文明建設中政府職能越位的現象
（1）暗箱操作。暗箱操作反映出的是政府與市場的關係不清，反映的是程序設置上的不規範，也反映出對政府監督的無力，這顯然是不利於多元主體共同參與生態文明建設的。畢竟政府的專業性並不是十全十美，而政府的控製力也不是所向披靡。所以要構建一個有利於生態文明建設的大環境，政府要打破信息不對稱造成的決策失誤；要打破程序缺乏造成的權力濫用；要打破責任體係不完善造成的問責疲軟。讓權力在陽光下運行，這既體現了政府在管理上的自信，也是推動社會不斷進步的動力。因為生態文明建設與每個人息息相關，所以公開應該成為一種常態。
（2）脫離民意。政府直接幹預經濟，替代企業決策發展策劃和經營，替代市場分配資源，替代法製管理經濟，短期行為泛濫，比如引進一些高汙染、高能耗企業，違法違規出台優惠政策；重引進、輕服務，各級政府拚命地追求經濟增長和稅收增長，經常為了增長而犧牲環境、生態，甚至犧牲部分民眾的權利。隨意以政府的名義為某些市場主體的交易活動提供擔保，濫用政府的財政信用等等這些情況反映的就是對民意的漠視。
（3）朝令夕改。任何的決策隻有具備了穩定性才能發揮它的指引作用，也才能讓老百姓對政府的行為有足夠的信賴。但是現實中由於受領導任期製和政績考評體係的限製，任期內的領導大部分都希望在政績上實現短平快，從而造成效果上的轟動性。而要實現這一目標通常需要出其不意、另辟蹊徑，這就導致政令上的朝令夕改，政策缺乏連貫性，使得管理和執行中出現了很多的隱患。這種隱患小了說造成決策與執行的脫節，出現“上有政策下有對策”的情況；從大的來講就可能造成不可修複的錯誤。特別是在生態領域，如果缺乏科學的態度，進行任意決策，破壞的不僅是人類社會的文明，也會對整個自然係統造成致命的傷害。
3、生態文明建設中政府職能錯位的現象
（1）土地財政。分稅製之後地方稅源大幅縮減，地方政府需要尋求新的財源和拓展新的發展空間來保障地方的發展，土地因為其稀缺性和可拓展性被賦予了這一曆史的使命。但是當這一特殊財源被開發出來之後，地方政府在謀求地方政績的衝動和巨大的經濟利益的驅使下，對土地的依賴變得越來越強烈，城市建設向農村蔓延的趨勢日趨明顯。土地的過度開發和城市的過度消耗，讓土地的生態功能弱減；也讓地方政府樂於對土地的巨額回報坐享其成，對新興產業的發展缺乏積極性；對本地企業的培養缺乏耐心；對人民矛盾的化解缺乏長效機製，最終讓地方政府在土地財政的巨大誘惑下偏離了政府的公共性和服務性的方向。
（2）審批政治。行政審批本來是為了更好地發揮政府的監管職能，通過事前設立門檻，有效保障老百姓的生命財產的安全。但由於“管治”思維的驅動和部門間職責定位不清，導致行政審批逐步演變為了政府權力的放大鏡。政府職能部門在利益博弈中，不斷延伸權力的觸角，從而凸顯各自在地方發展中的重要性和權威性，卻往往忽略了與其他主體間的協調和配合，權力運作呈現碎片化，從而造成社會資源的無謂消耗。雖然這種趨勢經過中央的六次審批改革之後有所改善，權力格局逐步優化，但要從思想上實現從管理就是服務的轉變；從法律上厘清政府權力的邊界；從行為上重塑掌舵者的形象還任重而道遠。
（3）以罰代管。罰款隻是行政管理的一種手段，但由於法律的滯後和對行政自由裁量權約束的有限，使得罰款成為了很多部門追求高效管理的重要手段。而罰款一旦作為常態被納入到違規者的成本核算中，它的警示作用就會大打折扣。事件背後反映出的是政府對自身職責定位的不清，對後果認識的不到位以及在權力銜接上的脫節。所以需要建立一套多元機製共同作用，多元主體共同參與、全程監管的監督體係才能保證企業、個人、社會的行為更加符合生態文明建設的需要。