翁同書獲罪下獄，苗沛霖不能不有所收斂，勝保和官軍也都把他盯得死死的，皖北的局勢雖然未明顯好轉，但萬幸沒有崩潰，曾國藩得以把主要精力和兵力，集中到安慶上來。陳玉成和楊輔清聚集了五六萬大軍，在安慶周邊的桐城、舒城、懷寧等地，多次發起進攻，無奈雖然人馬占據優勢，卻隻有陸師，不像官軍那樣陸師、水師、馬隊互相配合，因此打了兩個月，十幾場仗下來，敗多勝少。陳玉成已經沒有耐心在外圍小打小鬧，聚集五萬精銳進入安慶東北的集賢關，沿關口、毛嶺、十裏鋪紮下大營四十八座，七月二十日開始，數路人馬猛攻曾國荃的外壕。太平軍的敢死隊每人背一捆稻草，蜂擁衝向壕溝扔進稻草，很快把一段填滿。曾國荃的炮隊對著密集的太平軍開炮，每發炮彈都炸死一大片。但太平軍瘋了一樣喊叫著往前衝，真個是前赴後繼。曾國荃調來兩千多杆洋槍、抬槍和鳥槍，密排輪放，太平軍死傷慘重，積屍如山。這樣一直攻了七八天，卻仍然沒有突破曾國荃的壕溝。曾國荃的部隊無論糧餉還是軍火，都能得到及時補充，而陳玉成的大軍，完全是無後方作戰，因此眼見得成強弩之末。城內的太平軍更不用說，因為得不到外援，已經幾近絕望。
七月二十九日，曾國荃的圍城部隊在安慶城北門外挖了一條地道，裏麵填滿*，四更時分，突然爆破，一段城牆頃刻坍塌，湘軍趁機攻入城內。城內太平軍已經斷糧，根本沒有戰鬥力，一萬多人被殺死，一萬多人投降。投降交械後曾國荃又不放心，命人半開營門，每次放出數十人，一批批殺死，連續屠殺十幾小時，把1萬餘手無寸鐵的太平軍無分老幼全部慘殺。安慶內外一片血腥，大量腐屍順著長江飄流。曾國荃命令部隊乘勝追擊，陳玉成敗走馬踏河，因為大雨水漲，被衝走淹斃不計其數，他的精銳部眾幾乎喪失殆盡。
八月初五日(1861年11月6日)，李鴻章陪同曾國藩乘船前往安慶，水師統領彭玉麟率水師炮船六艘護送，曾國荃則派出兩艘炮船一直迎到二十裏外的江心洲，他本人率眾將在長江邊迎候，離江邊不遠處是新紮的凱旋門。曾國荃親自登船扶曾國藩下船，然後率領眾將見禮，高呼：“拜見總督大人，賀喜總督大人!”說罷跪了下去，行的是最隆重的叩拜禮。
曾國藩連忙去虛扶，心裏非常滿意，嘴上卻是埋怨：“老九，你怎麼也擺這些虛禮。眾位將軍請起，請起。諸位勞苦功高，曾某感謝眾位將軍。本督初二就向朝廷報捷，眾位的恩賞很快就會到了。”
安慶城本是安徽省會，城內建有巡撫衙門。鹹豐三年被太平軍攻占，巡撫衙門成了陳玉成的府邸。陳玉成晉封英王後，這裏就成為英王府。如今曾國荃已經著人清掃幹淨，並派勇丁護衛，作為曾國藩的兩江總督府。從碼頭到總督府，五步一崗，十步一哨。曾國荃告訴大哥，半裏之內，絕無閑雜人等。安慶剛剛克複，實在不敢大意。
曾國藩拍拍曾國荃的肩膀說：“九弟辦事，越來越謹慎細致了。”
進了總督府，曾國荃率領眾將重新見禮，並一一向曾國藩介紹。曾國荃手下的大將，多是湖南人，有一位卻是例外，程學啟，是安徽桐城人。介紹到他時，曾國藩起身握住他的手說：“方忠，老九收複安慶，你立了奇功。”
程學啟，字方忠，其家世代務農。幼年喪母，由族人程惟棟之母養育成人。年少不愛讀書，好談兵事，不事生產，是鄉間的混混。鹹豐三年（1853年）十月間，太平軍攻占桐城地區，軍鋒所至，從者紛紛。程學啟是少人疼多人嫌的窮小子，連想也沒想就參加了太平軍，轉戰皖西，屢立戰功。後來輔佐太平天國“受天安”葉芸來守安慶，因為是皖人，人地相宜，葉對他十分倚重，把自己妻妹嫁給他，兩人成為連襟，為的是籠絡為心腹。曾國荃率湘軍圍攻安慶時，程學啟受命帶隊扼守安慶北門外石壘，屢挫湘軍攻勢。
曾國荃強攻不下，急的團團轉。曾國荃帳下有個桐城人叫孫雲錦，是程學啟的老鄉，他向曾國荃獻計說：“程學啟是大孝子，請他養母去勸降，也許能夠招撫這員猛將”。程學啟養母化裝成丐婦入程學啟軍營，伏地痛哭勸兒投降，如果程學啟不降，曾國荃要殺掉她的兩個兒子。程學啟自覺養母恩重，且安慶局勢危在旦夕，為個人前途計，心中不免有降意。而葉芸來早對程學啟有所提防，每日派人登城觀察程營動向。聞聽丐婦化裝入營，大驚，以壯士八人持令箭招程學啟入城相見。程學啟知道事情不妙，如若進城，不免身首異處。急中生智，殺掉來人，奪取令箭，招其手下幹將八十二人，持械騙開營門，直奔安慶北門外曾國藩之弟曾國葆軍營。葉芸來派兵追殺，程學啟急叩湘軍營壁門，大呼：“我來降，追兵在後，相信我，就開門放我等進去，如果不信，就請發炮相擊，免得我等被俘受辱!”曾國葆正在休息，連靴子也來不及穿，赤腳登上營壘，看後麵果然有追兵，當即立斷，打開營壘，放程學啟等人入內。