然而，英王陳玉成剛剛撤軍，忠王李秀成又率十幾萬大軍分三路進入湖北境內。本來李秀成應該與陳玉成的大軍同時到達湖北，合兵一處進攻武昌，但他把精銳都留在蘇州一帶，所帶人馬不足，所以一路上避開官軍主力，邊行軍邊擴軍，這樣走走停停，比陳玉成的人馬整整晚到了一個月。擴軍的效果很好，一路走來，收攏了窮苦百姓十幾萬人，號稱五十萬大軍，從大冶、鹹寧、嘉魚三路直逼武昌，武昌形勢再次緊張起來。更讓曾國藩惱火的是皖北的苗沛霖也蠢蠢欲動，隨時準備策應太平軍。
李鴻章的意思，現在的最要緊的還是先把湖北局麵穩住，湖北穩住，安慶繼續圍城，苗沛霖這種投機梟雄，自然會收斂。湖北的解救之法，還是舊調重彈，再讓巴夏禮去勸說李秀成，而且連勸說的理由都替巴夏禮想好了。巴夏禮見到李秀成，再次重申如果太平軍攻打武漢三鎮，英軍、法軍艦隊都可能參戰。同時，他勸李秀成的話更是巧妙，全說到了李秀成的心裏：“忠王閣下，你雖然號稱五十萬大軍，但不過是些窮苦百姓，戰鬥力多大，你自己也清楚，如果你被牽製在武漢三鎮，官軍都集中過來，你就有全軍覆沒的危險。就是攻克了武漢三鎮中的一鎮，對忠王並沒有多少好處，而對英王最有利。忠王的部下和地盤都在長江下遊，你在長江上遊拚命，實在是不智。英王已經撤回安徽，像老母雞保護他的雞蛋一樣保護他的安慶，而你孤軍奮戰有意義嗎？如果不幸英法兩國參戰，就不僅是在湖北，首先要從上海出兵，攻打蘇州，那時候忠王閣下真是首尾難顧了。”
李秀成本來就不太熱心攻打湖北，如今陳玉成都回到安徽了，自己又何必在此虛耗？因此立即下令退出湖北，取道江西，去攻打天堂杭州。那時候，有杭州在手，糧餉源源不斷接濟天京，天王感激他還來不及，自然不會責怪他放棄湖北。何況，首先放棄湖北的又不是他李秀成。
湖北再次有驚無險。武漢三鎮兩次化險為夷，就像變戲法一樣，讓人眼花繚亂。曾國藩對李鴻章讚不絕口，連歎自愧不如：“兵貴奇而我太平，兵貴詐而我太真，若論奇計險謀，我不及少荃!”
李鴻章說：“老師不要這樣說，折殺學生了。奇與詐是用兵之策，並非用兵的根本。根本應當是運籌帷幄，決勝千裏，有一個全局的謀畫，否則，僅靠奇詐雕蟲小技，無非關乎一城一地的得失，與全局卻無補。經過武昌這兩次有驚無險，學生更看出了老師謀畫全局的高明。這也是當前官軍與長毛相比最大的優勢。”
李鴻章有這樣的見識，更讓曾國藩刮目相看：“少荃說來聽聽。”
“長毛這次兩路進攻湖北，顯然是重抄當年攻破江南大營的老調，行的是圍魏救趙之計。如今皖省局勢非當年江南大營局勢，統帥大軍的也不是當年的和春，長毛還依樣畫葫蘆，不知變通，無異於弱智，這是其一。兩路大軍本應當互通訊息，同時到達湖北，而實際卻是相差一個多月，給了我們各個擊破的機會，可見長毛沒有統一的指揮。而兩江的官軍，在老師的統一調度下，按全局的需要謀定而動，這是其二。四眼狗被巴夏禮三言兩語勸回安徽，而李秀成卻幹脆去了浙江，說明長毛都打自己的小算盤，人心已散。所以，從這三點來看，長毛氣數已盡，被老師剿平，不過是早一天晚一天而已。”
聽了李鴻章的分析，曾國藩深以為然，他說：“借少荃吉言，早早平定叛賊，還天下黎民一個安定。不過，我不敢像少荃這樣樂觀，百足之蟲，死而不僵。像苗沛霖這種梟雄，天下不知凡幾，伏莽遍地，不能不讓人憂心。”