3、缺乏科學有效的激勵約束體係，所有權虛置
盡管行政事業單位不具有營利性，但是任何一個單位都應該具有其存在的價值。很多事業單位尤其是高校和研究所，利用國家的政策支持，無限製地利用財政撥款，但沒有取得相應的成果或者取得的成果遠遠達不到相應的資金應該實現的效率。當然，以一時的價值去評價很多的科學研究也存在著很大的盲目性，但是缺乏相應的激勵和約束機製，會造成很大的資源不公平的配置，甚至會很大程度地影響行政事業單位的有效和可持續的運行。
雖然國資委代表國家行使對國有企業的所有權和管理權，但是卻又缺乏明確的職能部門或者激勵約束機製對國資委進行進一步的全麵的監督和管理，道德風險久久困擾著國有資產研究相關理論界。更何況對於行政事業單位的國有資產，我們依然缺乏全國性的統一的機構去管理，隻是由各個單位自行管理。這就造成了行政事業單位的所有權虛置，因此，資產使用單位，甚至使用個人都可以實質上占有這些資產，成為國有資產的實際控製者。這是目前行政事業單位存在一係列問題的最根本的原因。盡管目前財政部出台的兩個《辦法》已經明確財政部門代表國家行使對行政事業單位國有資產的管理權。但要真正將所有權落到實處，尚有很長的路要走。
4、管理理念偏差，資產管理與預算管理缺乏有機結合
所有問題的最終的解釋都在於理念的問題，因為理念最終決定了具體管理框架和行為的落地。長期以來，由於相關人才的缺乏以及忽略，行政事業單位的國有資產管理在一定程度上存在著管理理念上的偏差，其具體表現為：首先，就是相關的管理部門總是以資產而資產、以管理而論管理，相關的監管部門也是“分割式”地分別監督，而沒有將資產管理與預算管理有機結合起來，以提高資產的使用效率作為管理工作的出發點和最終歸宿；其次，相關的部門也沒有樹立起高效率、低成本的管理理念，在具體的工作中缺乏科學合理的資產配置標準，導致預算安排不盡合理，甚至都沒有明確而具體的預算，很多都隻是隨著進程的變化和領導的要求進行資產配置，存在一定程度的盲目性和隨意性，並且在資產配置時沒有考慮原有資產的存量和使用情況，所以會存在嚴重的重複建設，造成了資源很大的浪費。
三、加強行政事業單位國有資產管理的相關建議
1、致力於建設與完善行政事業單位的法律製度
加強行政事業單位的法製建設，是保證行政事業單位資產能夠合理有效的得到應用的根本。一切的管理體係隻有在落實為法律之後，才具有不可抗拒性和不容挑戰的權威性，才能避免行政事業單位國有資產管理的盲目性和隨意性。雖然在行政事業單位的具體操作中仍需要一些具體行政規定予以約束具體的行為，但是，隻有提升到法律的層麵，才能使各級政府和單位切實履行好相關的義務，才能真正地約束他們的行為，實現國有資產的增值保值，當然這也是踐行依法治國的重要途徑。
2、明確管理主體，規範行政事業單位的管理
不同的地區和單位由於其實際情況和性質的不同，無法具有也不能夠采取同一的管理模式。但所有成功的模式都有一個很重要的共同點就是各個環節的管理流程都非常的規範。比如美國對公共資產則實行嚴格的預算管理及績效考核，美國財政部及總統預算辦公室負責聯邦政府資產的預算管理，辦公用房新建、修繕、日常管理等預算費用，由總務署統一向財政部和總統預算辦公室申請；房產以外的其他政府資產如計算機、汽車等，預算則體現在使用部門的預算當中，由各部門分別申請，上述預算都必須經國會批準才能執行。韓國的政府機構需要配置和處置財產時，各主管部門要製定處置計劃和預算，報財政經濟部；財政經濟部再根據各部門的情況製定統一的計劃和預算，直至報國務會議審議，最後由總統批準。