農村司法現實趨向與現代司法脫節。我國當前的農村司法改革，是逐漸與世界司法體製接軌的，所以對農村社會的諸多法律法規是根據國際標準和全球化的標準來製定的，同時現代化的司法製度也要求具有現代化的國民素質來與之相對應，在我國農村的司法運行機製中，農村司法的現實趨向與現代司法是不相符合的，比如：農村司法人員在利益平衡的能力上有待提高，由於農村司法人員在當地千絲萬縷的聯係，在利益平衡上難免有所偏向，導致在滿足村民合法利益需要時，不能充分體現法治的公開公正，使正當利益不能得到有效維護；農村司法活動在一定程度上沒能真正體現現代司法的程序性要求，村民心中輕程序，重人情、重關係去實現實體內容的觀念還存在；村民心中的親民性與司法形象的嚴肅性相差甚遠；等等。以上現狀都不利於農村司法改革。
缺乏法律人才的長效引進機製和經費支持。我們農村人口眾多，尤其是農村社會正處在轉型期，農村發生的案件層出不窮，案件的性質、涉及的關係也紛繁複雜，基層法院接受的案子太多，法律人才配備不充裕，由於經費不足，鄉鎮司法所的運行、民間調解組織作用的發揮都受到極大的限製，所以導致案子積壓，大大降低了糾紛解決的效率。隨之法院也就無力在人力、物力上保障農村司法工作的正常有效快速運行。
我國農村司法改革的思路
推動農村司法主體向專業化提升。首先，努力提高農村司法主體的服務意識。農村司法人員應當順應司法現代化發展的潮流，提高自身的主動性、能動性，在司法程序中不再處於被動地位，主動增強自身為民服務的思想意識，提高自身覺悟。其不僅要加強自身專業知識的學習，能準確地從法律規定上判斷是非曲直，還能掌握和具備解決糾紛的能力和熟練的技巧，還要根據實事求是的原則，深入到案件的當地去，了解具體的鄉風民俗、世態人情，讓現行法律在實際的運用和具體的操作上體現本土化特色。讓法律的實踐不是機械死板而是生動靈活，這對於滿足我國農村在完成社會轉型時情況複雜化的司法需求是極其重要的，從而促進和完成農村社會轉型的有效過渡。其次，完善農村司法人員的地域回避製度和任職交流製度，並且堅持執行，有效減少與避免熟人社會裏因親朋好友、家庭勢力等因素造成司法判決的不公正因素，從而保障農村司法獨立權的有效公正行使。再次，完善農村司法人員績效考核製度，必須按照司法的規律和現代法治的要求，通過盡快建立科學規範的選拔、等級管理、懲戒等製度，有效避免農村司法人員到了一定階段後就秉承“不求無功，但求無過”的工作態度和狀態，解決其不願提高糾紛解決能力問題，逐步推進與中國社會相適應的法官製度建設。
提高村民的法治意識。村民法治意識的轉變對農村司法體製改革具有重大作用，因此，必須加強法律的宣傳工作，堅持“送法下鄉”，不僅要送法律思想，還要送法治觀念，培養村民的法治思維能力，提高村民的法治意識，讓村民懂得法律所賦予的基本權利，隻有在不侵害國家、集體、個人合法權益的前提下才能得到保障，明白當權利受到侵害時，怎樣通過法律途徑來救濟和維護權利。並在實際工作中堅持開拓創新，紮實開展法製宣傳教育工作，為基層提供切實有效的法律服務和支持，為農村的穩定和諧發展建立法治的環境。就村民而言，應積極主動地提高自身的政治思想覺悟，提高自身的經濟文化綜合素質，積極主動地學習法律基本知識，並能在現實生活中守法用法，提高預防違法侵害的能力和依法維權的水平，在我國農村的法治建設中通過積極主動參與的行動來發揮自己的作用，做出應有的貢獻。同時，司法機關應不斷完善司法程序，增加執法的透明度，提高執法的公信力和權威性，以增加村民對司法的信任度。
立法和執法要著眼於農村實際。首先，切實加強保障村民合法權益的立法和執法工作。“三農”問題是我國農村經濟建設中的重中之重，轉型期的農村法律問題呈現多樣性的特點，因此，必須加強立法和執法，切實保障轉型時期村民的合法權益，增加村民收入，合理解決征地補償問題、子女教育就業問題、醫療問題、老人社會保障問題等等，維護農村社會穩定。其次，立法時注重國家法與民間法的融合。中國農村由於其特殊性的存在，“禮”、“情”、“理”思想在群眾心中不可能在短時間內根除，因此，國家在製定法律的過程中，必須深入農村，根據農村的村情、民情，實事求是地把農村社會裏的風土民情、習慣、習俗等因素加以諸多考慮，並不斷融入到國家法中，使法律與農村的實際和村民的需要相結合，讓其不是脫離本土實際的法律，而是一部融合法律、道德、習俗、倫理等諸多因素的國家法，使農村司法人員在運用法律時，在法律基本框架之中，做到合情合理，以此更能符合農村社會經濟發展現實的需要和村民現實的心理接受能力。由於村民長期生活的背景影響，他們對法律問題的認識和理解，不能完全遵循嚴密的法律邏輯，注重國家法與民間法的融合。“中國法律人都應當把目光投向農村，先了解農村司法和農村居民的法律生活，再探索製定法與農村法律生活固有邏輯的和諧之道。”⑤因此，農村司法體製的改革在立法和執法上要與農村具體實際相結合。