第二，環境保護稅率製定有待完善。環境保護稅是根據企業單位汙染物對環境汙染的治理成本進行確定的，對汙染物排放企業應采取科學合理的技術措施所得到的邊際成本，稅率水平應達到或超過企業汙染治理成本的水平。環境保護稅率在製定時，必須綜合考慮各種因素，確保環境保護稅率製定合理。由於不同的區域和行業對汙染排放和能耗是不同的，在製定環境保護稅率時，應考慮企業的生產工藝和技術、設備和管理水平，使造成環境汙染的企業付出更多的環境保護稅成本。據調查，目前我國的環境保護稅稅率從長遠規劃看，環境保護稅開征稅率應科學合理，使大部分企業能夠承擔。隨著全球氣候的不斷變化，對CO2排放征收碳稅將成為環境保護稅稅收體係中的重要部分，碳稅主要針對一些排放CO2的企業，製定有針對性的技術措施減少CO2的排放，實現CO2減排目標的特殊要求。征收碳稅將增加排放汙染物企業的經濟壓力，但征稅不是目的，重要的是建立一種激勵機製，讓全社會共同努力和相互配合，一起改善生態環境。④
開征環境保護稅存在的困難
稅額（稅率）確定的困難。由於我國開征環境保護稅比較晚，相關法律法規還不健全，對企業和個人征收環境保護稅還存在一定的困難。一方麵，如果環境保護稅較高，將給企業造成很大經濟負擔，製約企業的發展。國家製定環境保護稅主要目的是減少環境汙染、有效利用資源，否則將造成治理環境成本較大，企業也將付出較大代價。另一方麵，如果稅額較低，其征收的環境保護稅將不足以彌補征收成本，對汙染製造者影響較小，對環境汙染治理效果影響不明顯。
在確定環境保護稅稅率時，外部成本需要有相應的文件做支撐，而環境汙染企業需要在生產過程中不斷總結其對人們的生命安全造成的危害，但通過用量化貨幣衡量需要一個長期的過程。在這個過程中，不但要確定社會和私人的邊際成本，而且還應結合實際計算出稅率，但計算稅率比較困難。在征收環境保護稅的過程中，需要牽涉很多相關方，相互之間需要加強溝通，確保環境保護稅征收的科學合理，由於確定邊際成本存在一定的難度，再加上技術條件有限，目前還不具備對環境汙染企業進行實時監控的能力，最終導致環境汙染企業未受到嚴重的經濟損失，環境汙染沒有得到有效治理。在計算汙染成本時，應結合具體的汙染物種類、數量等采取切實有效的治理方案，在實際應用中，比較常用的方法有：機會成本法、價值工程法、調查評價法等，但計算難度都比較大，因此，解決好稅額問題有利於開征環境保護稅的順利實施。
稅基選擇的困難。稅基是繳納環境保護稅的一項重要指標，在實際應用中確定稅基存在一定困難，這主要是因為對於同一汙染物，由於製造汙染的企業不同、生產要素和消費品種不同，確定稅基的標準也不同。例如，采用以汙染企業的產量為環境保護稅的稅基時，其主要是建立在汙染物排放量與企業的產量比例的基礎上進行選擇。由於企業對環境的汙染程度不同，產量大的企業對環境的汙染不一定嚴重，相反，有些產量小的企業生產技術、施工工藝落後，反而對環境汙染較嚴重，企業生產的目的就是實現利益的最大化。由於稅基對治汙成本影響較大，一般企業通常不采取治汙措施而直接生產。
當采用生產要素或消費品所包含的汙染物數量為稅基時，由於生產要素及消費品中所包含的汙染物成分與汙染物排放量之間的關係不大，在治理環境汙染時，這種稅基對治理汙染的成本沒有加以考慮，因此，在確定稅基上比較困難。如果以汙染物排放量為稅基，在維持企業增加產量的前提下，隻有減少對汙染物的排放量，繳納的環境保護稅才能減少，對企業經營產生利益刺激作用，企業可根據自身的生產情況采取合理的治理方式。但是，排汙量不容易確定，因此，這種稅基也存在缺陷。在實際中必須結合環境汙染情況，選擇合理的稅基。
執行過程中的職權濫用問題。開征環境保護稅是國家形勢發展需要，有利於企業從思想上重視保護環境和資源，減少環境汙染，其與政府財政目標的調整無關。征收環境保護稅是國家保護環境的一項舉措，實行專款專用，不得挪用。由於我國的稅收法律製度還有待進一步完善，地區之間差異較大，有的經濟欠發達的地區將一部分環境保護稅用作增加財政收入或彌補赤字，對企業隨意征收環境保護稅，對開征環境保護稅造成惡劣影響。雖然我國在環境保護稅征收方麵積累了一部分經驗，但與西方發達國家相比，還存在較大差距，因此，我國還需要在實踐中不斷積累經驗，增強競爭實力，嚴格按環境保護稅的相關規定繳納稅費。