針對暴露出來的問題，尤其是安全事故，百萬噸死亡人數在局部產煤市縣高達30人。國務院再次召開會議，並把小煤窯清理整頓放在國際地位、人權尊嚴的政治高度來認識，製定切實可行措施，使其整頓達到預期效果，把安全事故降下來。
國家煤炭工業部及時轉發貫徹國發〔1993〕2號文件進一步清理整頓小煤礦的通知，責令對無證開采的小煤礦要一律取締。對持證生產礦井一律按《礦山安全法》要求進行安全生產整頓。對各種形式的煤礦和個體煤礦，安全生產條件必須具備：資源可靠，並取得采礦許可證；有縣（市）級以上煤炭工業管理部門批準的開采設計文件；礦井各生產係統必須符合《鄉鎮煤礦安全規程》的要求，獨立生產礦井至少有兩個直達地麵的安全出口，實行機械通風，有合理的通風係統；資源回收率要符合煤炭工業技術政策；礦長和瓦斯檢查員、放炮員、安全檢查員、絞車司機、電鉗工、爆破器材保管員等特殊工種操作人員必須經縣級以上煤炭工業管理部門培訓，持有縣級以上煤炭工業管理部門頒發的任職資格證書；必須保證礦井上下、礦井內外通訊暢通；井下必須按規程規定使用防爆電器設備、安全型放炮器、煤礦許用炸藥和雷管；有實測的《井上井下工程對照圖》、《采掘工程平麵圖》、《通風係統圖》；有近鄰礦井的必須定期向上級煤炭工業管理部門和鄰礦交換上述三種圖紙，接受煤炭工業管理部門的監督檢查。
文件雖然為關閉小煤窯劃定了界線，為小煤窯規範經營出台了標準，但真正導致煤炭無序開采步伐放慢的是1996年8月29日，第八屆全國人大第十二次會議通過《關於修改〈中華人民共和國礦產資源法〉的決定》以及與之配套的《礦產資源勘察區塊登記管理辦法》、《礦產資源開采登記管理辦法》、《探礦權、采礦權轉讓管理辦法》、《礦產資源補償費征收管理規定》等多項配套法規和規章製度。法規出台時正處於煤炭產能的嚴重過剩時期，當時煤炭價格持續走低，除有電煤計劃和鐵路運力的國有煤礦外，其它性質的煤礦幾乎都到了自身難保，舉步維艱的地步。
1998年12月3日，國務院頒發《國務院關於關閉非法和布局不合理煤礦有關問題的通知》，決定到1999年底之前，關閉25800個小煤礦……
這是1983年國家連續出台三項政策，鼓勵全民辦礦近5年來,暴露出深層次的社會問題之後，國務院出台關閉整頓小煤窯的第一個文件。
政策的實施也很快取得了顯著效果，尤其是對國有大礦造成直接威脅的小煤礦，在政策保護下,許多國有煤礦緊緊抓住小煤窯受市場疲軟,普遍經營形勢嚴峻,生存處境困難的有利時機，進行收購關閉。陝西黃陵礦業公司以200萬元購買了井田範圍內的12個小煤礦，有效保護了機械化開采的完整性。
通過不到一年時間的關閉整頓，1999年底的資料顯示：從1998年到1999年，全國共關閉33220個小煤礦，總產能比1995年下降3億噸。
縱觀這個時期,煤炭工業的發展趨勢十分樂觀，可以說在擺脫了80年代煤炭緊缺危機之後，正在走向一條持續平衡的發展道路。
“九五”、“十五”計劃期間，煤炭投資計劃銳減，而且在體製發生重大變化的同時，就連“八五”的幾個重點煤炭建設工程，也由於投資斷奶，形成許多半截子工程。僅黃陵礦區就有12個單項工程建了半截子停了下來，占用資金7千萬元，僅每年支付銀行利息，就相當全礦區職工半年的工資，尤其是配套電廠的緩建，為礦區的總體發展帶來很大程度的不便，造成巨額的經濟損失。
國家投資戰略調整，煤炭基礎產業建設的銳減，不僅讓黃陵礦區這樣的重點工程無所適從，對國有礦建施工企業的打擊更是致命的。煤礦從生存的角度出發，他們還能湊合著簡易投產，而礦建企業形勢就更加嚴峻，他們沒有礦建任務，失去了最基本的生活來源，有企業拖欠職工工資長達24個月。
老牌國有煤炭企業也受煤炭市場價格持續走低的困擾，隻能挖潛節能，艱難的存活。再加國家給煤炭的虧損指標逐年減少，使國有老礦區長期處於超負荷運轉而又投入不足的“病態”。絕大部分企業寅吃卯糧，早已是“家無隔夜糧”，到了“彈盡糧絕”的地步。安全欠賬多、生產設備陳舊，生產能力下降，職工生活生存困難，工程技術人員嚴重流失，又新招不來大學生，全國除中國礦業大學保留牌子外，其它煤炭院校全部摘牌改為熱門校名，有的院校幹脆去掉了煤炭專業的招生……