1、內部審計機製有待進一步建立健全
（1）內部審計缺乏相對獨立性
相對獨立性是內部審計所遵循的一個基本原則。與國有商業銀行相比，灌南縣農信社作為農村合作金融機構是獨立法人，無法像國有商業銀行那樣，實行由總行進行統一管理的模式，其獨立性相對較弱。灌南縣農信社內部的審計稽核部在本單位領導下行使職責，使審計工作的開展受到了許多限製。而內部審計人員的工資福利關係都在本單位，客觀上也使審計人員在開展審計事項時，不得不考慮自身的利益因素，使得內審機構及其人員很難具有獨立的地位，使得審計質量有時也難以得到充分保證。
（2）內部審計地位不高，缺乏權威性
由於審計稽核部不能直接產生效益，導致灌南縣農信社的審計稽核部門被重視的程度不夠，地位不高。如審計部門不能參加有關的經營管理會議，與審計工作有關的材料也不能全麵及時轉發至審計稽核部。這種缺乏相應的權限、相對獨立性和不高的地位，使得開展內部審計工作時，審計單位往往也不是積極配合，也一定程度上影響了灌南縣農信社內部審計工作效果。
2、內審範圍較窄，審計範圍有待進一步擴展
目前，無論是全麵審計還是專項審計等，灌南縣農信社現有的審計方法都類似於傳統的會計輔導與信貸檢查。據調查分析，灌南縣農信社內部審計工作基本上還是查錯防弊，注重檢查會計憑證、報表等資料是否真實、完整，業務操作是否合規合法等缺乏對內部控製環境、風險識別與評估、內部控製措施、監督評價與糾正、信息交流與反饋等方麵對內控製度設計的健全性和有效性的定性評價；更缺乏對管理製度、國家宏觀政策法規、監督體係等方麵進行深入研究的創造性內部審計。同時，灌南縣農信社內部審計大都為事後審計，主要是對業務的合規性進行審查，發現存在的問題大都已是既成事實，或已形成風險，具有一定的滯後性，效率不高。
3、內部審計力量薄弱，監督能力有限
目前，灌南縣農信社存在著內部審計力量薄弱的情況，具體表現為審計人員的綜合分析與文字表達能力欠缺、計算機知識掌握不夠。這種狀況導致內部審計監督質量不高、審計麵窄，不能及時發現和揭露經營中的問題和風險隱患，弱化了灌南縣農信社審計監督的作用。
4、內部審計技術、審計手段落後
目前灌南縣農信社的內部審計基本上是輔導式檢查，以現有的業務品種為基礎，采取全麵檢查或依賴於審計者個人經驗判斷的抽樣檢查方法，而不是依托全麵的風險管理審計係統。這就使得內部審計帶有一定的隨意性，缺乏科學性，審計的內容完全憑審計人員的經驗判斷，形成審計成本高但審計效率不高的現狀。當下計算機技術飛速發展，在幾乎所有的業務都要通過計算機辦理，所有信貸業務數據和財務會計及其它管理數據都由計算機完成的今天，灌南縣農信社還是采取傳統的人工審計方法，已不能適應當前業務經營發展的需要，製約了內部審計工作的開展。
三、農信社內部審計未來發展趨勢及建議
1、農信社內部審計未來發展趨勢
內部審計是農信社內部自我約束中極其重要的一環，隨著商業銀行的經營不斷市場化，風險的及時發現與化解顯得越來越重要。很顯然，農信社內部審計的作用正在從目前的查錯防弊開始向價值增值發生轉變，這一轉變影響深遠，標示著農信社內部審計的未來發展趨勢是促進農信社的價值增值。農信社內部審計繼續發展過程中，一定要更加注重價值，未來關於內部審計是否成功的評價中必將越來越關注內部審計給企業服務提供的價值。