（1）市場參與主體申請加入銀行間同業拆借中心，取得交易資格。（2）中國銀行間同業拆借中心位資格成員提供交易信息係統平台，負責日常運作管理工作。（3）市場參與主體在中央國債登記結算公司登記，辦理債券托管手續。（4）中央國債登記結算公司依據同業拆借中心提供的交易合同，為托管成員辦理債券質押登記、過戶手續。（5）中國同業拆借中心與中央國債登記結算公司實時進行交易信息、結算的聯係溝通。（6）中國銀行間拆借中心向央行定期提供市場交易情況數據，便於中國人民銀行對市場參與成員的監控。（7）中國人民銀行清算係統與中央國債登記結算公司進行信息溝通，實現債券質押登記、交割與券款劃付同步進行。（8）中國人民銀行通過電子聯行清算係統，為係統成員進行資金劃撥、清算。
二、中國銀行間短期債券市場的參與主體與組織結構
（一）市場參與者
中國銀行間短期債券市場的參與者包括兩類，一類是可以直接進行交易的市場成員；另一類是通過債券結算代理銀行間接進行交易的非市場成員。
銀行間短期債券市場建立之初的參與者隻有16家商業銀行。此後，主管部門逐步放開市場準入限製，市場成員的類型和數量不斷增加。1998年中國人民銀行批準外資銀行、保險公司等機構加入銀行間短期債券市場；1999年中國人民銀行又相繼批準了農村信用聯社（283家）、部分投資基金（20隻）和證券公司（7家）入市交易；2000年，財務公司和金融租賃公司獲準入市；2001年中小金融機構可以通過債券代理業務入市；2002年4月投資者入市由核準製改為備案製；2002年10月企業等非金融機構法人通過債券結算代理業務入市。非市場成員機構、非金融機構通過結算代理業務進入了銀行間債券市場，改變了銀行間短期債券市場參與者的構成，使一個統一的、包含各類型機構投資者的場外債券市場框架基本形成。到2005年底，在中央國債登記結算有限責任公司開戶的結算成員單位已達5508戶，市場成員已涵蓋商業銀行總行及其授權分行、保險公司、證券投資基金、證券公司、農村信用聯社以及外資銀行、外資保險公司等眾多類型的金融機構。
（二）債券托管製度
中國銀行間短期債券市場的債券登記、托管、結算和兌付業務由中央國債登記結算有限責任公司承擔。在中央國債登記結算公司托管的債券有國債、政策性金融債、特種金融債和企業債四種，前兩種可在銀行間市場交易，後兩種不能流通。獲準參與全國銀行間債券交易的機構，須在中央國債登記結算有限責任公司開立賬戶並成為中央國債登記結算公司的結算成員。
1997年6月商業銀行從證券交易所撤出後，按照中國人民銀行的要求將其所持債券托管至中央國債登記結算公司，這是最初的托管債券。此後，隨著銀行間債券市場債券發行數量的增加和市場成員的增加，債券托管量逐年增加。2008年銀行間債券市場的債券托管總額達15.1萬億元，共結算104.6萬億。
（三）債券回購交易方式與結算製度
中國銀行短期間債券市場的可交易券種是國債和政策性金融債，交易方式為現貨和回購交易兩類。其中回購交易又分為封閉式回購和買斷式回購兩種。
品種包含內容國債記賬式國債、特種定向國債金融債券政策性金融債券、商業銀行次級債券、特種金融債券、非銀行金融機構債券、證券公司債券公司債券企業短期融資債券資產證券化債券信貸資產支持證券ABS、住房資產支持證券MBS票據中央銀行票據其他債券國際開發機構在國內發行的人民幣債券（泛亞債券指數基金PAIF）
封閉式回購是指資金融入方將所擁有的債券抵押給資金融出方，按債券麵值或麵值的一個比例（通常小於或等於100%）獲得資金，並約定一個使用期限和利率，在該期限內，所用於抵押的債券被中央國債登記結算公司予以凍結，融資雙方都無權動用，當回購期滿時，資金融入方將資金還給資金融出方並按約定利率支付使用期間的利息，同時資金融出方向中央國債登記結算公司傳送指令將抵押債券解凍。封閉式回購交易中采用將債券予以凍結的方法，這有效防範了抵押權人挪用債券的風險，但是並不有利於債券的流動性。
買斷式回購交易是為了解決質押債券的流動性問題，由中國人民銀行和中央國債登記結算公司於2004年5月20日推出的，它是指資金融入方將國債賣給資金融出方的同時，交易雙方約定在未來某一日期，賣方再以約定價格從買方買回相等數量的同種國債。這樣，在本次債券回購期間，資金融出方可以將自己所持債券與在回購交易中所購進的債券進行統籌計算用於交易，而隻需保證本次回購交易期滿之時有足額債券予以交割即可，這最大可能地盤活了交易雙方的資金，使債券流動性得以充分發揮。
中國銀行間債券市場最初是以自營交易模式為主，這是因為銀行間債券市場成立初期主要是商業銀行類金融機構進行債券交易，這一類市場成員普遍具有較強的資金實力和較高的市場參與意識，能積極進入市場進行交易以盤活債券資產和融通資金，因此自營交易占了主體。
但隨著市場擴容，越來越多的中小金融機構和非金融機構進入到中國銀行間債券市場，它們通常表現出資金和債券數量有限、專業人員缺乏、參與意識淡薄以及信用等級較低、不為市場廣大成員所熟知等特征，這些方麵的局限性都製約著它們在市場尋找交易對手完成交易行為的能力和積極性。為了消除這種市場主體龐大而交易行為卻相對集中於少數成員的不和諧現象，中央國債登記結算公司開始推出債券結算代理業務，即中小金融機構和非金融機構可以通過簽訂代理協議的方式委托某一家商業銀行為其代理行，代理其參與銀行間債券市場交易。從2001年6月起，中央國債登記結算公司開始陸續為部分經中國人民銀行審核同意的商業銀行開放為中小金融機構提供債券結算代理業務服務的渠道。2002年10月中國人民銀行公布了39家開辦債券結算代理業務的商業銀行，允許其與非金融機構委托人開展債券逆回購和現券買賣業務。