債券結算代理業務的開辦對中國銀行間短期債券市場的發展有著深遠意義，首先它使部分規模較大、交易活躍的商業銀行進一步拓展了業務領域，開辟出新的盈利空間；其次它使農信社等中小型金融機構能夠以便捷和低成本的方式進入銀行間債券市場，為其改善資產結構及提高流動性管理水平提供新的途徑；最後它使非金融機構通過結算代理業務進入了銀行間債券市場，改變了銀行間債券市場參與者的構成，使一個統一的包含各類型機構投資者的場外債券市場框架基本形成。
銀行間債券市場交易方麵的另一個創舉是開通了國債的櫃台交易。國債主要分為記賬式與憑證式兩種，前者是一種無紙化債券，主要在銀行間債券市場和證交所市場麵向金融機構投資者發行，後者是一種記名式、有書麵憑證的“債券儲蓄存單”，主要是麵向社會公眾個人和機構投資者發行。在2002年6月以前，社會公眾個人和機構投資者的國債投資主要是購買憑證式國債。憑證式國債不能轉讓和交易，隻能提前兌付，這嚴重影響了其流動性和投資人的盈利性，不利於提高投資人的積極性。2002年6月，中國人民銀行批準國有商業銀行部分網點試開辦國債櫃台交易業務，社會公眾通過商業銀行的櫃台可以進行記賬式國債投資。國債櫃台交易的推出有助於拓展債券發行渠道，有利於滿足社會公眾個人和機構投資者對債券投資的需求，拓寬其理財投資的渠道，打通了社會公眾間接進入銀行間債券市場的通道，拓展了銀行間債券市場的覆蓋空間。
除了交易方式的變革，銀行間債券市場的交割結算製度也發生了不小的變化。債券交割最初采用的是“T+1”交割製度，為了防範結算風險，“T+0”交割製度為越來越多的市場成員所采用。
（四）債券現券買賣的淨價交易與結算製度
2001年1月17日，財政部、中國人民銀行、證監會二部委就試行國債淨價交易的有關事項聯合發文。同年3月29日中國人民銀行出台了《關於落實債券淨價交易工作有關事項的通知》。中央國債登記結算公司和全國銀行間同業拆借中心如期完成了債券簿記係統和債券交易係統的淨價結算功能開發、技術測試和業務測試工作。2001年7月4日全國銀行間債券市場正式開通債券買賣的淨價交易。所謂的淨價交易是指在現券交易時，以不含應計利息的價格（淨價）報價並成交的交易方式。在現券交易中，將債券的淨價和應計利息分解，淨價僅反映本金價值的變化；而應計利息則根據票麵利率按天計算，債券持有人享有持有期間的利息收入。在淨價交易方式下，由於債券交易價格不含應計利息，其價格形成及變動能夠更加準確地體現債券的內在價值、供求關係和市場利率的變動趨勢。並且，由於國債的利息收入一般都享有免稅待遇，因此淨價交易也有利於國債交易的稅務處理。
在淨價交易中，交易時采用淨價，結算時仍然采用全價。全價、淨價和應計利息三者關係是：
全價=淨價+應計利息
從2001年下半年至今的現券走勢來看，淨價交易在一定程度上促進了現券交易的活躍，債券淨價走勢也更好地反映了市場利率的變化情況。
（五）做市商製度的雙邊報價製度
中國銀行間短期債券市場在交易製度上除了是一對一的詢價報價外，為了活躍市場交易，還采取了雙邊報價商製度，即交易商可以在債券交易時同時連續報出現券買、賣雙邊價格。2000年4月30日，中國人民銀行發布《全國銀行間債券市場債券交易管理辦法》，明確金融機構經批準可開展債券雙邊報價業務。2001年7月25日，中國人民銀行批準了9家銀行為銀行間債券市場的雙邊報價商。2002年5月，《中國人民銀行與雙邊報價商融券業務操作規則》出台，允許雙邊報價商為了雙邊報價的目的向中國人民銀行借入債券。實踐證明，在雙邊報價商的推動下，銀行間債券市場的流動性得到一定程度的提高。目前，在市場上15家做市商中有13家銀行和國泰君安證券及中信證券2家證券公司。
（六）中央銀行在銀行間債券市場的公開市場業務操作
中國人民銀行的公開市場業務於1998年5月恢複，銀行間債券市場一直充當這項貨幣政策工具的操作平台。中國人民銀行公開市場業務操作依托銀行間債券市場，通過與商業銀行等機構進行債券交易，吞吐基礎貨幣，實現貨幣政策目標。中國人民銀行公開市場業務的交易方式包括封閉式回購和現券交易兩種。封閉式回購含正、逆兩種，而現券交易目前僅限於中國人民銀行現券買斷一種。公開市場業務運用的債券是國債和政策性金融債。公開市場業務操作每周一次，通過招標方式進行，包括數量招標方式和利率招標方式。
中國人民銀行從1998年開始建立公開市場業務一級交易商製度，選擇了一批能夠承擔大額債券交易的商業銀行作為公開市場業務的交易對象。現有公開市場業務一級交易商40家。