考慮到“亂戰”戰術發起時，戰場會進入徹底的混亂狀態，硝煙和火光使得觀察旗語信號的難度增大，可靠性降低。同時，小隊“亂戰”某種程度上是處在各自為戰狀態，統一指揮調度意義已經不大，因而從這種戰術誕生開始，海戰中的命令就要求發布盡量簡明扼要。而所謂的“代理旗艦”和“順次指揮”的設置同簡明扼要的要求恰恰是背道而馳的。那設置“代理旗艦”、“順次指揮”的麻煩在哪兒呢？
“代理旗艦”的麻煩事
按照後世某些海軍專家們的理解，海戰中除了旗艦外，應該事先設置好代理人，依官階高低順次而下，分別坐鎮在各自的軍艦上，一旦旗艦有失，則能在第一時間裏接過艦隊的指揮權繼續作戰。
這看上去很嚴謹的設定，事實上，毫無可操作性。原因很簡單：旗艦和一般軍艦的區別不僅僅是桅杆上飄揚著司令官的將旗，跟隨司令官腳步一起來的，往往是呼啦啦一大群參謀班子和伺候這套班子的人員和器械。作為旗艦使用的軍艦，比一般軍艦多出上百甚至數百人都不是什麼奇怪的事情。
最典型的例子是美國依照《華盛頓條約》建造的4艘“南達科他”級戰列艦中的首艦“南達科他”號，是專門作為艦隊旗艦設計的。為了容下艦隊司令部班子人員，該艦比另外3艘姊妹艦少裝了兩座127毫米雙聯裝高炮，艦員總數比其餘3艦多出近兩百人。這多出來的就是艦隊司令帶上艦的臨時人員。
試想，如果依照“代理旗艦”、“順次指揮”的指導思想，勢必要在參戰的每一艘軍艦（大到航母戰列艦，小到輕巡洋艦甚至驅逐艦）都要設置這麼一套複雜、龐大而繁瑣卻又不可分割的指揮班子。
這套冗餘的指揮班子對每一艘軍艦而言，負擔都不小，如果要實現“代理旗艦”、“順次指揮”的設想，勢必要在多艘軍艦上設置相同規模的旗艦班子，這樣一來，原本規模就不小的指揮機構變得更加臃腫。作為指揮機構，簡潔高效是終極目標，這與“代理旗艦”的設想顯然南轅北轍。
另外，海戰的未知性和不確定性導致“順次指揮”的設想也隻是畫餅充饑。炮彈和魚雷可不長眼睛，每一艘軍艦在海戰中被擊沉的幾率是均等的，如果在旗艦被擊沉前，事先指定的“代理旗艦”們已經都被擊沉，又將作何打算呢？
事實上，即便在和平時期，旗艦的指揮權交接也要經過一係列手續。試想在等級製度十分森嚴的海軍中，指揮權這一如此重要的權柄，如果能隨隨便便地從一艘軍艦轉移到另一艘軍艦的話，那對海軍的戰鬥力將會產生的影響，讓人不得而知。
由此可見，所謂最理想的“代理旗艦”和“順次指揮”，在實際操作中，卻是如此不切實際。
事實勝於雄辯
理論上的分析終究無法代替實踐，要徹底否定“代理旗艦”的設想，還需要從實戰經驗中去總結，事實總是勝於雄辯的。
1805年，英法特拉法爾加海戰開始前，英國艦隊司令納爾遜給艦隊下達的命令非常簡單，僅僅是一句“Engage the enemy moreclosely”（粗譯：盡量靠近敵艦作戰）而已。作為這條簡單命令的補充，納爾遜另外向各艦艦長下達了指示：“萬一看不到或看不懂信號時，盡管把戰艦靠近敵人，這樣做的艦長是不會打錯的。”此後，整場特拉法爾加海戰過程中，沒有一條命令從英國艦隊旗艦“勝利”號傳出，一切都按照納爾遜事先的布置進行著，各艦跟隨旗艦“勝利”號，衝擊著法國和西班牙聯軍艦隊，與敵艦進行了一場混戰，直到最後勝利的到來。法國艦隊司令維爾納夫中將的旗艦“布森陶爾”號降旗投降後，法-西聯合艦隊裏並沒有一艘軍艦出來擔當“代理旗艦”。