（三）缺乏港口與高鐵連接的鐵路專線
沒有鐵路專線的港口屬於殘廢的港口。港鐵聯運的首要條件之一就是港口要擁有屬於自身的鐵路專線，這樣，貨物才能在不同運輸方式之間整進整出，實現港口與鐵路運輸承接的無縫對接。當前，我國港口與高鐵之間尚無鐵路高速專線對接，如果貨物在高速鐵路站點與港口之間進行二次轉換，港鐵聯運的優勢將消失殆盡。考慮到高鐵線路建設的高成本，新建港口高速鐵路專線和換裝原有普通鐵路專線將是一項長期而艱巨的任務。
（四）港口與高鐵之間缺乏一體化運輸係統網絡
傳統的港鐵聯運一直以來之所以飽受詬病，就是因為鐵路與港口缺乏統一的貨運信息係統，在貨物承接、貨物換裝、安排船艙、堆場碼放、車皮批複等各個環節之間不能夠環環相扣，致使貨物運輸層層脫節，降低貨物準點到達率。一旦出現運輸事故，港口與鐵路各部門相互推諉，損害顧客利益。高鐵的時效性比普通鐵路運輸更強，如果不建立鐵港聯運一體化信息係統，貨物承接將出現更加嚴重的脫節問題，最終使港口與高鐵的聯運重蹈以往港鐵聯運的覆撤。
三、我國高鐵與港口聯運一體化區域模式構建
依據港口與經濟腹地一體化的“勞動地域分工理論”，港口—腹地地域聯合體是由多個子區域組成的經濟地域係統，主要包括港口或港口群、港口城市或港口城市群、腹地中的城市或者城市群等各地區子區域，在這一共同體中，港口和腹地經濟地帶要形成客貨聯運緊密關係，而這種緊密關係必須依靠高鐵來維持。據此，根據港口和高鐵地域布局以及他們之間的關聯度，我國港口與高鐵聯運一體化模式構建可以呈現以下結構。
（一） 以上海港為紐帶，連接渤海灣港口群、東北城市群、華北城市群、華中城市群、西南城市群、長江港口群的鐵港聯運一體化模式
這種鐵港聯運模式中，東北三省的貨物可以經過高鐵運輸直達上海港，也可以經渤海灣港口中轉後經高鐵到上海港；華北的貨物可以中轉渤海灣港口或者直達上海港；成渝省份的貨物可以經過長江沿岸港口集貨後經高鐵直達上海港；西南雲貴的貨物則可以直接運送到上海港。
（二） 以武漢港為紐帶，輻射華中地區、長江沿岸城市的鐵港聯運一體化模式
考慮到高鐵運輸費用高的特點，這種模式中，武漢港主要承擔承上啟下的貨物集中與轉運作用。華中城市地區的二、三線城市如孝感、麻城、潛江、荊州、宜昌、鹹寧、赤壁等地的貨物可以直接從當地的高鐵到武漢港進行中轉上海港，而中原地區的安陽、新鄉、漯河、駐馬店、信陽等城市的貨物也可以經過高鐵到武漢港後中轉到上海港。
（三） 以廣州港為紐帶，連接東南沿海港口群、華北城市群、華中城市群、長江港口群的鐵港聯運一體化模式
這種鐵港聯運模式中，來自華北大中型城市的貨物可以經高鐵直達廣州港或者經長江港口集貨再經高鐵輸送至廣州港；上海周邊地區、江浙一帶或者東南沿海的貨物可以經過高鐵與廣州實行互通，來自於廣西、廣東西南的貨物可以經高鐵直達廣州港。
（四） 以北部灣港口群為紐帶，連接東南沿海港口群、西北城市群、西南城市群、華南城市群的鐵港聯運一體化模式
這種鐵港聯運模式中，陝西、四川、重慶、貴州的貨物經過高鐵可以直達北部灣港口；上海、東南江浙地區、華南地區的貨物可以經過高鐵或者沿海沿江港口與北部灣港口實行互通。
（五） 以渤海灣港口群為紐帶，連接西北城市群、華北城市群的鐵港聯運一體化模式
這種鐵港聯運模式中，甘肅、內蒙古、寧夏的貨物經過高鐵可以直達渤海灣港口，也可以在秦皇島就近進出港；來自於甘肅、山西、河北的貨物可以經過高鐵直達渤海灣的青島港。