對於政府的要求，商團認為難以接受，一再強調這批槍械是商人以“血汗之資”合法購買的自衛武器，指責政府出爾反爾，並決定發動省城及周邊商人聯合罷市。當時，廣東政府在財政上毫無庫存，每日巨額的開支仰仗實時稅收。如果稅收中斷，無疑馬上動搖政府的統治。在滇軍將領的主持下，政府與商團訂立協議，包括商團宣誓效忠政府、向政府報效50萬元、當局7天內發還槍械、商店複業後軍隊回防及商團改組等內容。
協議簽訂後，商人陸續複市。但短短幾天後，江浙戰爭爆發，揭開了反直戰爭的序幕。孫中山按照此前與奉係、段祺瑞的約定決定立即出師北伐響應。但究其根本，由經濟危機和商團事件引致的社會矛盾激化是孫北上一個的重要原因。
政府失去財政信用，社會上抗稅、罷市之風此伏彼起，商店關門、工廠停工，由此帶來人民失業、物價飛漲、官商對立、社會矛盾激化。曾經在辛亥革命時期給予孫中山寶貴支持的廣東人和海外華僑如今卻對他群起而反對。孫中山已經對廣東根據地失去信心，打算借北伐放棄這個“不生不死的是非之地”，為革命另辟一新天地。
但是，如此大規模的軍事行動並沒有強有力的財政支持，商團的槍械尚未如時發還，大元帥府額外要求商團代籌北伐經費300萬元，廣東商團決定發動笫二次全省罷市。
孫中山一直未下武力解決事件的決心。促使他最後決心武力解決，與來自蘇聯政府的財政援助有很大關係。早在1923年初孫中山與蘇聯政府簽訂《孫文越飛宣言》時，對方已承諾給孫中山提供財政支持。但直到一年多後的1924年10月7日，由蘇聯船隻裝載的第一船武器彈藥才抵達廣州黃埔。這批武器猶如雪中送炭，孫中山鎮壓商團的決心一定，蘇俄顧問鮑羅廷即為他擬定了詳細的鎮壓商團的計劃。
10月10日，商團與雙十節遊行的群眾發生衝突，成為事件加速的導火索。10月14日，黃埔學生軍、警衛軍、工團軍、農團軍等支持政府的武裝同時出動鎮壓商團，收繳商團槍械。由“扣械事件”引發的“商團事變”最終以武力平定收場，其結局是悲劇性的。廣州商業最繁華的西關地區被放火焚燒，大火蔓延兩整天，焚毀房屋三千餘所，燒死無辜平民一千多人。
商團事件平定之後，廣東全省商團、民團組織在政府軍隊的攻擊下或降或逃，存在於南粵大地14年的商人武裝壽終正寢。商團事件的一個直接後果是，鞏固了廣東的革命形勢，而且使得鮑羅廷成為南中國的無冕之王。