要造反就要花錢，而且要花很多的錢，要購買和運輸軍火，雇傭敢死隊員，撫恤烈士家屬，還要犒賞願意參加起義的清兵。早在籌備廣州乙未起義的時候，孫中山便貿然聯係日本駐香港領事，希望日本能夠幫助籌措步槍25000支、手槍1000支，以便在兩廣成立獨立的共和國。此時正是日本軍隊打進遼東，北洋水師全軍覆沒之時，日本外交官對突然冒出來的這個人滿腹狐疑，不知道是不是清王朝的計謀，自然一口回絕。
到了1905年，日本在日俄戰爭中擊敗不可一世的俄國，給中國人的刺激很大。人們都認為戰爭結果說明了立憲優於專製，對明治維新後的日本很感興趣，而日本政府也想通過留學生來培植它在中國的勢力，一些民間人士也主張兩國友好交流。於是在兩國朝野的鼓動下，一時中國興起留日潮。1901年赴日學生人數為274人，1904年增長為1454人，1906年夏就達到12909人。
留日學生們不論是學理學文，不論是官費生還是自費生，大多具有反滿革命思想，而日本也是孫中山等誌士的良好活動空間。1905年，中國同盟會在東京成立，參加者90%以上是留日學生，來自中國各地、懷抱革命理想的誌士們開始統一組織和行動。同盟會成立不到一年，海內外會員總數迅速擴展到1萬人以上。這其中湧現出黃興、宋教仁、鄒容、陳天華、秋瑾、陶成章、胡漢民、陳其美、朱執信、廖仲愷等一大批風雲人物，這些具有革命思想和民族主義意識的知識分子歸國後極大地推動了革命運動的發展。
為籌集軍費，同盟會擬定的《軍政府宣言》中設計了以下辦法：革命軍每到之地，官營企業和反抗軍政府的官吏家產一律充公；有財產者借用現銀；百姓十人養一兵，捐家產十分之一到十分之五；發行“軍用票”流通市麵使用。
同盟會高度重視日本的援助，其機關報《民報》發刊詞中提出《民報》六條“宗旨”的第五條即為：“主張中日兩國國民的聯合。”當時革命黨人普遍存有這樣一個想法：日本若能援助革命，可以用滿蒙利益來回報日本。這使得日本政府認為孫中山有利用價值，遂動用秘密資金對孫中山的革命進行支持。日本在以此對中國進行滲透的同時，不斷地受到各種回報許諾的鼓舞，逐步發展了吞並中國的野心。
在日本，也有一些人士真誠支持中國革命。孫中山經常在政治家犬養毅家裏做客，在那裏召開秘密會議，並得到他的饋贈。“九一八事變”之後，時任日本首相犬養毅主張限製日軍行動，抵製關東軍製造“滿洲國”的行動，結果被軍國主義分子暗殺。
1907年到1911年，是同盟會成立以來最困難的一段時期。孫中山在兩廣雲南發動的起義屢遭失敗，同盟會內部嚴重分裂，出現了兩次倒孫運動。
本來同盟會的三巨頭各有所長，孫中山在海外募款，黃興在國內一線行動，章太炎辦《民報》主筆宣傳。但由於孫中山一直在海外穿梭遊說，不過問同盟會總部事情，而起義屢屢失敗，錢都打了水漂，搖筆杆子的章太炎那裏常常要做無米之炊，自然有怨言。
1907年3月，日本政府受清廷壓力宣布驅逐孫中山，臨行前日本政府和財團向他贈款2.3萬日元，這是很可觀的一筆錢，當時日本工薪階層的月薪不過20-30日元。孫中山給了章太炎2000日元做經費，其餘自己全部帶走。
6月，隨著日本贈款的細節曝光，和潮州、惠州起義失敗的消息接連傳來，個性傲慢的章太炎終於爆發了。他撕下掛在《民報》報社的孫中山相片，在報上公開發表聲明說：日本人向孫中山贈送的款項是給革命黨的革命經費，孫中山卻把這些錢當作私人贈款據為己有，有損同盟會的威信，並要求改選黃興為同盟會總理。
此事一下子弄得滿城風雨，倒孫和挺孫的兩派激烈爭論，直至拳腳相向，最終導致同盟會分裂。1910年2月，章太炎退出同盟會，出任光複會會長，但實際事務都是副會長陶成章負責。