辯證唯物主義和曆史唯物主義是政治經濟學研究的根本的或總的方法，在這一方法指導下政治經濟學的研究還要強調運用下列方法：
（一）科學抽象法
它是從具體到抽象的研究方法和從抽象到具體的敘述方法的統一。
從具體到抽象的研究方法，是對具體的經濟現象和過程進行科學抽象的過程。科學抽象在研究中有重要作用，任何科學研究都要經過科學抽象過程。對政治經濟學這門社會經濟科學尤其如此。因為分析社會生產關係，既不能用顯微鏡，也不能用化學試劑，兩者都必須用抽象力來代替，即大腦對所研究對象的抽象思維能力，采用這種方法，要求首先占有大量的、豐富的、充分的材料，對現象中與本質規定無關的，偶然的表麵現象予以舍棄，揭示其內在本質的必然聯係，達到對研究對象的深刻認識。運用這種方法的過程，就是對所占有材料進行去粗取精，去偽存真，由此及彼、由表及裏的加工過程，由此形成一係列的範疇、概念、判斷和推理，使人們對所研究的對象的認識上升到理性認識的高度。
從抽象到具體的敘述方法，是運用研究得出的社會生產關係的本質和規律的認識，再通過經濟範疇、判斷、推理進行理論敘述，但這種敘述不是對社會生產關係進行簡單的描述，而是對它進行深刻的和科學的說明，是用本質說明現象。
（二）曆史與邏輯相統一的方法
邏輯方法，是在研究社會經濟現象和過程時，按照經濟範疇的邏輯關係，從比較簡單的經濟關係和範疇，逐步上升到比較複雜的經濟關係和範疇，闡明社會經濟現象和經濟過程的邏輯發展進程；曆史方法，則是在研究社會經濟現象和過程時，按照它的曆史發展的真實進程來把握其規律。曆史與邏輯相統一的方法，就是在運用曆史方法研究社會經濟現象和經濟過程時，必須排除曆史發展進程中的偶然現象，以及各種曲折過程，從複雜的，曲折的曆史材料中，揭示出社會經濟發展的邏輯性，而這種邏輯發展則要符合社會經濟發展的曆史進程，並要反映這一曆史進程。曆史從哪裏開始，思維進程也應從哪裏開始。
（三）對現代科學和經濟方法的借鑒。
現代科學和經濟方法的發展，為政治經濟學的研究，提供了豐富的可資借鑒的理論和方法，現代科學理論和研究方法的相互滲透和融合的發展趨勢，使得政治經濟學的研究有可能，而且也應該運用和借鑒這些理論和方法。
1.數學方法。運用這一方法，揭示社會經濟現象和過程中量的關係和數量變化的規律。政治經濟學不僅要研究它的質的規定和變化，而且還要研究它的量的規定和變化，這樣才能做到精確研究。無論是研究微觀、還是宏觀，無論研究社會基本經濟製度；還是研究經濟運行和社會經濟關係形式，都普遍地存在量的關係和數量的變化規律，政治經濟學必須揭示這些關係和規律。政治經濟學隻有當它成功地運用了數學，才能說它發展到了精確的、完善的程度。當年，馬克思是大量運用數學來研究社會經濟關係和經濟運行的典範，遠遠超過了當時一切資產階級政治經濟學家，我們必須繼承馬克思的學術傳統。
2.係統分析方法。這就是用係統的觀點分析社會經濟現象的過程。社會生產關係體係是一個係統，它是由許許多多的子係統構成的。這些子係統又由各種要素所構成。各種要素之間的不同比例和不同的組合方式，會形成不同的係統結構，最終決定著係統的功能及其功能的發揮。政治經濟學運用係統分析方法，可以揭示研究對象係統的子係統和構成要素狀況，以及要素之間的相互聯係和作用，以優化結構，增強係統功能。
3.借鑒和運用西方經濟學中的一些方法，諸如實證分析、均衡分析、邊際分析以及總量與個量分析法、靜態動態分析法等，這些方法的運用，必須以馬克思主義的唯物辯證法和曆史唯物主義為前提和基礎，它們隻是對政治經濟學研究的根本方法的補充。