同時，為支持中小企業科技創新，充分發揮公共財政資金的導向作用，滬蘇浙還設立了科技型中小企業技術創新資金。上海明確提出實施“科技小巨人工程”，對科技型中小企業技術創新項目提供資助，由科技型中小企業創新專項資金給予資助；截止2006年，上海科技型中小企業技術創新資金共立項1876項，支持經費超過2.8億元。2007年，上海科技小巨人工程進一步加大實施力度，新增20家科技小巨人企業、99家科技小巨人培育企業，市區支持經費各1.29億元，較2006年增長了61.25%；江蘇組織實施省科技型中小企業技術創新資金項目159項，下達創新資金經費5000萬元，創新資金項目的平均資助強度達到31.4萬；2007年浙江組織實施省科技型中小企業技術創新資金項目143項，共下撥創新資金經費3500萬元。從政策扶持力度來看，浙江以年利息的50%至100%給予貸款貼息補貼，對國家創新基金項目給予不超過50%的資金匹配，而上海隻給予國家資助金額的10%至20%比例匹配，江蘇對此未作出明確規定。
（三）加快科技成果轉化
加快科技成果轉化，促進科技成果向現實生產力轉化，已成為當前科技工作的一項戰略任務。針對當前科技成果轉化率偏低的實際問題，滬蘇浙均設立專項資金用於支持科技成果轉化，尤其是對農業科技成果的轉化給予了扶持。
上海對經認定的高新技術成果轉化項目、本市企事業單位投資於轉化項目以及投資轉化項目的科技人員進行專項扶持，對經濟發展有較大帶動作用、可形成經濟發展新的增長點的轉化項目，可給予銀行同期貸款基準利率的50%以內的貸款貼息。對產生重大經濟和社會效益的農業科技成果轉化項目，未獲得政府資助的，根據國家和本市有關規定給予稅收、貸款的優惠或者研發經費的補助。對高新技術成果轉化有突出貢獻的人員，可破格評定相應的專業技術職務任職資格。
江蘇對重大科技成果轉化項目中試或產業化過程中的研究開發工作給予原則上不超過項目研究開發經費的50%的撥款補助，對於能較快產生經濟效益、在規定期限內能償還資助資金的產業化開發項目給予有償資助，對為形成較大產業化規模效益而向銀行大額借貸的重大科技成果轉化項目給予貸款貼息，對農業科技成果轉化有突出貢獻的給予獎勵。自2003以來，共投入了35.4億元，引導社會總投入390億元，組織實施了300個項目，成果實現了一批具有自主知識產權的重大科技成果轉化。2008年，江蘇將投入10億元用於科技成果轉化，每個項目平均資助強度達到1000萬元，撥款經費逐年提高。
浙江對研究開發活動取得成功，技術的應用、成果轉化和產業化取得明顯經濟效益的科技項目，給予不高於該項目企業技術開發費總投入的15%的補助，對研究開發失敗，造成企業前期投入實際損失的科技項目，給予不高於該項目企業技術開發費總投入的30%的補助，采用貸款貼息方式補助的，按不高於該項目實際發生或支付利息費用的50%給予補助。對已具備一定產業化能力，具有市場前景，有望形成一定規模、取得一定效益，並已落實銀行貸款的農業科技成果轉化項目，采取貸款貼息方式給予支持。2007年立項的16個重大項目和382個重點項目中，實行事後補助218項。另外，對貢獻特別重大的農業科技工作者給予20萬元的獎勵。