針對國家重大專項，上海地方資金匹配原則上為國家重要科技項目資助經費的10%，浙江原則上不超過國撥經費的1/3給予資金匹配，江蘇也提出對獲得國家重大科技專項的項目按一定比例給予匹配支持。2007年，上海獲國家創新基金項目211項，支持經費1.24億元，與國家創新資金相配套的市級創新資金項目也有所突破，2007年共立項480項，項目經費總額超過2.2億元，其中市區聯動項目為461項，市科委資助經費為5895萬元，較前年增長了30.7%，區縣科委資助經費為1.64億元，比前年增加了45.2%。值得一提的是，上海還設立了科教興市重大產業科技攻關項目專項資金，對符合國家和本地重點產業發展方向、能迅速形成自主知識產權的重大產業科技攻關項目給予資金扶持，自2004年實施以來，共啟動了54個重大項目，專項資金累計支持29.11億元，帶動了各方資金投入130億元，取得了較好的成效。
（二）推進企業自主創新
為充分發揮企業的創新主體作用，鼓勵企業加大研發投入，滬蘇浙積極貫徹了國家科技創新60條配套政策的精神，加大了對企業自主創新投入的所得稅前抵扣力度，允許企業按照當年實際發生技術開發費用的150%抵扣當年應納所得額，當年抵扣不足的，可在5年內結轉抵扣。據統計，2006年，上海企業抵扣的應納稅所得額高達36.7億元。其中，內資企業抵扣應納稅所得額約16.7億元，外資企業抵扣應納稅所得額約20億元。2007年江蘇共有5700多家企業抵扣應納稅所得額20.22億元，減免稅收近8億元；浙江自政策出台以來，各類企業實際發生的企業技術開發費支出超過31億元，預計可加計扣除應納稅所得額達5億元。除此之外，三地還允許企業用於研發的30萬元以下的儀器設備可一次攤入管理費用，對30萬元以上的可采取適當縮短固定資產折舊年限或加速折舊；企業提取的職工教育經費在計稅工資總額的2.5%以內的可在企業所得稅前扣除；企業購買國內外專利技術的支出也可一次或分次計入成本費用。
為推動高新技術產業發展，三地對高新技術企業、雙密集型企業和軟件企業給予了政策扶持。對符合國家新頒布的《高新技術企業認定管理辦法》規定條件的高新技術企業，自獲利年度起兩年內免征企業所得稅，兩年後按15%的稅率征收企業所得稅；對經認定的技術密集型和知識密集型的外商投資企業，可享受減按15%的稅率繳納企業所得稅的優惠待遇；對增值稅一般納稅人銷售自行開發生產的軟件產品或集成電路（含單晶矽片），按17%的法定稅率征收增值稅後，對軟件產品增值稅實際稅負超過3%的部分、對集成電路產品（含單晶矽片）增值稅實際稅負超過6%的部分實行即征即退政策。在具體做法上，2003年起江蘇啟動實施了高新技術產業“雙倍增”計劃，2007年浙江啟動實施了高新技術翻兩番計劃，截止到2007年，滬蘇浙高新技術產業產值分別達到7934.6、14690和7748億元。
需要指出的是，上海對高新技術成果轉化項目所組建的企業和高新技術企業，可不受工資總額限製，自行決定其職工的工資發放水平，並可全額列支成本；江蘇對省內高新技術企業的外商研發機構給予了兩免三減半的稅收扶持，對期滿後仍為先進技術企業的，可延長三年減按10%征收企業所得稅；浙江對軟件生產企業的工資和培訓費用，則給予了稅前扣除的優惠。
為扶持軟件和集成電路產業發展，滬蘇浙均設立了專項資金，2006年，上海出資××元，支持對信息化改造有較大促進作用的軟件項目，共啟動項目×項；上海經委和信息委還共同出資了3000萬元，設立了整機業與集成電路設計業聯動專項資金，重點研發用於整機產品的關鍵芯片和核心芯片；江蘇對通過CMM及CMMI三級以上認證的軟件企業，由省軟件與集成電路產業專項資金給予獎勵；浙江設立了軟件產業發展專項資金，重點扶持具有自主知識產權的重大共性軟件和基礎軟件和應用軟件的研究開發和產業化項目等。