然而，與上海在整個長三角及國家科技格局中的地位相比，與目前所處的國際國內形勢及未來科技發展的需求相比，上海目前的科技政策法規也存在一些問題和薄弱環節：（1）、項目源頭比較弱，缺乏核心技術的重大項目。最近8年來上海認定的近4000多個項目中能夠成為企業核心競爭力的產品還不多，產品的市場占有率和影響率還不大，對本市產業結構調整的作用還沒有充分體現。像深圳華為這樣的產業性成果項目至今尚未出現。主要原因還是項目的源頭比較弱，缺乏具有核心競爭力的成果。（2）、企業科技創新需要進一步加強。與當前上海發展的形勢要求相對照，本市科技成果轉化的步伐還不夠快，全市現有科技型企業4萬多家，而目前申報項目認定的僅3000家左右；科技成果轉化對全市GDP的拉動力度還不夠強，對上海經濟發展的影響度還不夠大，認定成果項目占本市高新產業產值的比重僅為14%，還不足以形成氣候。（3）、政策實施的力度還不夠強。政策落實局部存在瓶頸問題，如有的實施細則不完善、有的政策受惠麵不大、有的政策尚未完全到位、協調機構職能不相配等。（4）、組織協調和督促推進的力度不夠。市轉化服務中心的機構性質決定了其政策落實和服務手段有限，因此在工作中經常處於一種尷尬的境地：沒有執法的權力，卻要保障政策的落實；級別不高，卻常要與各委辦局進行溝通協調。
三、長三角科技創新政策框架
（一）推進目標
以促進長三角兩省一市協同創新和科技合作、增強自主創新能力為目標，著眼於推進長三角區域率先發展、科學發展、和諧發展，加速長三角“科技創新中心區、科技資源共享區、科技生活宜居區、科技產業創造區”建設步伐，盡快把長三角建設成為中國最具活力的創新型區域，努力打造具有國際競爭力的全球第六大都市圈，顯著增強和發揮其對全國發展的“帶動、輻射、探索、示範”作用，真正使其成為我國改革開放的橋頭堡和試驗區、我國經濟發展的增長級和發動機、我國自主創新的主力軍和排頭兵。到2020年，基本形成有利於促進區域協同創新的科技創新政策體係，兩省一市科技計劃相互開放、科技資質和標準完全統一、政策落實和科技執法良性互動，大幅度增強科技創新政策的知曉度、覆蓋麵和兌現率。
（二）框架體係
按照“優勢互補、緊密合作，利益共享、互利共贏”的方針，以長三角率先發展、科學發展、和諧發展的科技需求為導向，突出科技創新政策的區域性、科學性、實效性和開放性，從國家、區域和地方三個層麵完善科技政策法規，圍繞科技項目、科技成果、科技人才、科技機構和科技投入等幾個方麵，構建一個運行高效、協調有序的長三角科技創新政策體係，充分發揮科技創新政策對區域科技進步、經濟發展和社會和諧的支持、引領及導向作用。
（三）推進路徑
長三角科技創新政策建設的根本目的是促進兩省一市區域協同創新，最終形成協同創新區域。根據區域協同創新的一般原理和演進路徑，我們認為，長三角區域科技創新政策體係的構建和完善可分三個階段推進、分“三步走”。
第一步：開放與對接階段。在對兩省一市現有政策進行係統梳理的基礎上，找出相互矛盾和不銜接、不配套的地方，並逐步消除。促進科技計劃及科技政策的相互開放，促進科技資質及技術標準的統一。
第二步：整合與協調階段。建立通暢的政策協商和對話機製，促進政策的銜接與配套，在政策製定、執行過程中加強對話，共同行動。聯合出台若幹區域性的科技政策法規，初步建立起比較完備的區域科技政策法規體係。
第三步：融合與統一階段。區域內實行統一的政策規章，建立起完備的區域科技政策法規體係，區域協同創新水平大幅度提升。