第一、發揮財政專項資金作用，促進科技成果轉化。1998-2004年，市、區二級財政對認定的成果轉化項目實施資金扶持累計5.5億元，其中專項資金扶持3.89億元，貸款貼息5533萬元，融資擔保（發生額）17.2億元，土地出讓金返還7528萬元，水電煤氣增容費免征3500萬元。據調查，自1999年至2004年，市、區兩級財政共實施項目貸款貼息金額5533萬元，其中市財政1661萬元，占30%，區縣財政3872萬元，占70%。2006年上海發布《高新技術成果轉化專項資金扶持辦法》，進一步加大對科技成果轉化的支持力度。
第二、加強知識產權保護和運用，提高企業和科技人員的轉化積極性。為鼓勵本市單位和個人積極創新和申請專利，上海市於2000年製定了《上海市專利費資助辦法》，規定第一申請人是本市單位或個人的，可以申請專利費用資助。2005年，上海市共資助專利申請和授權相關費用3000多萬元。2006年上海進一步修訂了《上海市專利費資助辦法》，提高了對發明專利申請的專項資助金額，降低了對實用新型、外觀設計專利申請的專項資助金額。同時，製定了《上海市發明創造的權利歸屬與職務獎酬實施辦法》，明確了發明創造的權利歸屬可以通過合同進行約定，並規定發明人對職務發明創造可以優先受讓；明確了職務發明創造的報酬支付比例有合同約定和政策規定兩種方式，並細化了職務發明創造報酬支付的範圍、時間和計算方式；明確了對發明創造轉化突出貢獻人員的獎勵，規定了對單位侵害發明人或設計人及突出貢獻人員權益的行政懲罰手段。
第三、健全完善投融資環境，引導多渠道科技投入。1999年，上海市安排6億元成立了上海創業投資有限公司，旨在引導、推動整個上海風險投資事業的發展和促進上海高新技術產業的發展。經過多年的發展，上海創業投資得到了長足的進步，成為我國創業投資最為活躍的地區之一。根據市創業投資行業協會統計，截止到2004年年底，全市共有創業投資機構266家，管理的資金總量將不低於167.6億元，約占到全國創業資本總量的三分之一。
第四、提升科技中小企業創新能力，完善科技創新創業環境。1999年6月國務院辦公廳轉發了《科技型中小企業技術創新基金管理辦法》，為配合國家創新基金的實施，2000年上海製定了《科技型中小企業技術創新基金管理辦法》，每年撥款5000萬元設立了科技中小企業創新基金，至2006年，上海一共組織申報了3149項國家創新基金項目，獲得國家創新基金資助立項818項，獲得資助超過5.08億元。