2、如何促進科技政策與經濟和社會政策的協調
科技與經濟日趨融合，是當前世界科學技術創新發展的重要特征和主要趨勢之一。在“大科學”時代，現代科學技術的發展必須有利於社會進步和經濟發展，與社會發展相協調，解決社會發展中的矛盾，還必須有利於保護人類生態環境，兼顧人類發展的當前利益和長遠利益。科技發展的出發點和落腳點是經濟和社會發展，支撐社會經濟可持續發展，將成為長三角科技創新發展的主要任務。這就要求從係統性和整體性的角度來審視科技政策，在科技政策的製定和執行過程中，要兼顧科技、經濟、社會和環境等各個係統，要加強不同行業、部門、地區之間的溝通與協調，促進不同政策之間的統一，盡可能避免政策相互脫節、自相矛盾。
3、如何聯合參與國際科技競爭
科學技術發展的一個鮮明的時代特征就是全球化。世界上任何一個大的科技工程都需要世界各國科技力量的聯合推進。作為發展中國家，要跟上世界的科技進步，就必須采取跨越式技術創新發展戰略，力爭在世界科學技術方麵占據一席之地，隻有這樣才能擺脫跟蹤模式，才能實現跨越式發展，才會具有較強的國際競爭能力。作為我國最有活力、最具發展潛力的長三角更是應該順應科技發展的國際化趨勢，切實增強自主創新能力，主動參與國際科技競爭，積極利用全球科技資源，敢於充當我國參與國際競爭的主力軍和排頭兵。現代科學技術的規模化、複雜化、國際化發展趨勢，要求長三角區域的科技工作相應做出大調整、大聯合、大協作，科技政策的製定要適應國際科技競爭需要，有利於吸納和利用國外科技資源。
4、如何促進國家政策、區域政策和地方政策協同
由於地緣相近、文化相同，隨著交通和通訊基礎設施的逐步完善，長三角區域經濟的一體化程度不斷提高，特別是隨著上海建設國際金融中心、國際貿易中心和國際航運中心的步伐加快以及2010年世博會的召開，長三角一體化已成為各個層麵的共識。兩省一市正在全麵提升合作的範圍和層次，加快區域一體化進程，寄望於在這曆史性的發展機遇中，贏得各自豐厚的利益，實現互利共贏。可以預見的是，未來長三角兩省一市之間的科技合作與交流將持續深入地展開，將向更大範圍、更高領域和更深層次推進。在這個大環境下，區域科技政策的製定和實施，需要更加關注不同地方之間科技政策的協調與統一，同時根據不同地區的實際，實施差別化的科技政策；還要注意地方科技政策與國家目標和相關政策的協調和匹配，區域科技政策要服從服務於國家整體戰略目標。
5、如何把握區域科技發展規律
當前世界，科技進步日新月異，科技發展的加速化趨勢日趨明顯，創新節奏日益加快。據《創新美國》提供的數據，以產品普及到美國市場50%的時間為標準，汽車用了100年、電話為75年、電力技術為50年、錄像機（VCR）為30年、電視機為25年、個人電腦20年，互聯網和手機則更短。創新周期不斷縮短，科技發展機遇瞬息萬變，如何準備把握世界未來科技發展的主要方向和大致脈絡，是長三角區域科技創新麵臨的新挑戰，也是其科技發展所麵臨的新使命，因此，科技政策的製定和實施，必須要有前瞻性和戰略眼光，否則就會落後於世界科技發展形勢，不但不能加快和促進科技創新的發展，反而會成為科技進步的桎梏和枷鎖。
6、如何促進政府和市場的互動
科技創新的發展和區域科技政策的完善需要充分發揮政府和市場機製的雙重作用，在堅持政府改革和服務的基礎上，發揮市場機製的主導作用，構建開放、統一、有序的區域市場環境。重點是：建立基於科技規律和經濟規律的宏觀調控管理機製；建立健全研究開發成果評價和反饋機製；建立完善的規範科技活動的法律法規體係；建立健全市場配置科技資源的社會保障機製；完善市場機製配置創新資源的市場服務體係和政策支撐體係；合理定位科技資源的組織方式和管理模式。逐步形成按市場需求與城市發展目標和科技發展需要來配置科技資源的新型科技體製和結構，建立起切實有效的科技創新體係和運行機製。