首先，形成合作的戰略共識。長三角的科技合作既是區域自身發展的需要，更是國家的戰略需要，地方官員應建立地方公共利益或區域公共利益的觀念，淡化行政區劃色彩，形成連橫的強烈願望，從國家戰略高度，在省級層麵上進行科技資源共享的合作，圍繞國家戰略目標開展科技創新項目聯合攻關。
其次，完善磋商機製。建立多邊的直接協商對話機製，就地方間產業分工與協作、經濟和科技資源的整合、區域科技合作管理機構構建、基礎設施網絡的規劃和協調等問題進行交流和溝通，解決地方間爭端。製定平等、兼顧、有效的區域科技合作協調規範，從區域內各省區協調和各省區科技部門協調出發，建立兩套層級不同的協調機製，保證區域科技合作協調、有序；製定切實可行的長三角區域科技合作監督約束規範體係，區域科技合作主要建立在各省相互信作的基礎上，但也必須完備監督約束機製，防止個別成員省的行為不當或不作為，保證區域科技合作的順利、公平、有效。
再次，鼓勵聯合建立區域內各種體製外的專業技術協作組織，協調解決跨區域產業技術整合過程中所出現的各項技術、經濟、財務和法律問題；鼓勵專業技術協作組織參與科技合作相關政策法規的起草，開展形式多樣的民間科技合作；充分發揮專業技術協作組織的作用，為區域內的研發機構提供更多的試驗基地，形成範圍更廣的產學研一體化的科技推廣機製，使各種先進適用的技術知識迅速得到普及。
3、完善長三角科技創新合作的配套製度
科技合作過程中的科技業務資質通認製度、技術規範、管理製度、服務補貼辦法、資源共享服務績效評價體係等方麵均需在各地方的溝通下形成詳細的製度條款，逐步建立、完善科技資源開放共享製度、科技人才居住證製度、區域社會保障製度、重大課題聯合申報共同承擔製度、科技合作成果獎勵製度。
4、完善長三角區域科技投融資體係
設立由國家、兩省一市政府共同出資的長三角自主創新共同資金，開展聯合設計的長三角重大科技攻關項目。建立長三角自主創新資金的管理機製，製訂《長三角自主創新共同資金管理辦法》。充分發揮科技中介機構的第三方作用，建立長三角科技合作項目考核評估機製。健全區域風險投資合作機製，建立區域性風險創業投資協作網，鼓勵跨省區開展科技風險投資活動。建立高科技融資擔保體係，鼓勵政策性銀行、保險公司和證券公司參與長三角創新創業投資，開展知識產權貸款抵押試點和科技保險試點。
5、聯合實施區域知識產權戰略
建立和完善長三角知識產權創造和行政保護網絡，擴大長三角知識產權保護聯盟城市，加強跨地區行政執法，進一步完善長三角城市專利案件移送製度，降低企業維權成本。大力發展知識產權服務合作聯盟，共同培養知識產權專業人才，營造更好的政策環境，吸引更高層次知識產權中介服務機構落戶長三角。加強長三角知識產權教育，在中小學生中推進知識產權教育和創新實踐。加強長三角地區標準化戰略的研究，促進企業核心技術和專利技術向標準轉化。
6、健全區域自主創新政策
對長三角區域內企業開發的具有自主知識產權的重要高新技術裝備和產品，政府實施首購政策。相互認可經兩省一市科技行政管理部門認定的有關資質，區域內外地經認可的高新技術企業、高新技術成果、高新技術產品、知識密集型技術密集型企業、科技型中小企業、外商研發機構、科技中介機構等可享受本地同等的優惠政策。