2、製定區域科技合作政策
區域科技合作政策是實行合作的製度保障，是根據合作目標製定的。合作政策的製定要堅持靈活性和原則性的統一，既要有一定的調整餘地，也要對具體目標有硬約束。由於科技內容的廣泛性，在目前的科技合作政策中大多靈活性有餘而原則性不夠，軟約束過多而硬約束太少。這是值得決策層應該注意的問題。
3、成立區域科技合作協調機構
任何好的政策都需要有力地執行，而協調機構是實施合作政策的組織保障。成立協調機構要遵循成本-效益分析的原則，既要有利於政策的實施，又不至於增加太大的製度成本，否則會抵消科技合作帶來的規模收益。協調機構的成立可以采取成本分擔的原則，受益多則分擔多。一般來看，國外在區域科技合作的協調機構是有保障的，然而在國內，這樣的機構要麼力度不夠，那麼根本就沒有。
4、考核區域科技合作績效
政策製定的初期，由於各種主觀、客觀條件的限製，不可能對合作中可能出現的各種問題做出全麵的預測和提出完善的措施，隻有在執行過程中不斷地總結和糾正，才能使暴露出的問題得到合理的解決。所以，應該對區域科技合作的績效分階段、有步驟的進行考核，及時改正原來政策的不合理之處，並根據實際情況補充新的內容，這樣才會使合作的宗旨得到實現。否則問題日積月累，最後會導致合作無疾而終。
（三）完善長三角區域科技合作機製的建議
1、建立區域科技合作的網絡化管治
借鑒西方國家區域科技合作管理的經驗，建立區域網絡化管治是推動長三角區域協調的重要路徑之一。隨著公共服務型政府的理性回歸，傳統的科層式行政結構相對弱化，政府、企業、非政府組織間水平方向的活動、影響將不斷加強，從而構建了一種具有彈性和自組織能力的網絡型的區域管治體係。從整個長三角來看，科技創新不應該是單一部門、單一領域的事，它是在各部門之間互動產生的。
首先，正確定位地方政府作用。長三角地方政府應當好引導者、服務者和統籌者，發揮科技合作政策平台構建、基礎設施支撐和科技合作項目催化的作用，為地方科技合作創造良好發展環境。對政府來說，應轉變職能，將行業管理的社會職能分離給行業協會等中介組織，積極培育和支持行業協會的發展，放手讓行業協會等中介組織獨立處理合作事宜，幫助解決行業協會等中介組織在發展中遇到的難點問題。
其次，建立以市場配置資源為核心的經濟運行係統，培育不被行政關係和壟斷力量扭曲的區域共同市場。共建產權交易市場、人力資源共同市場、科技成果及知識產權保護的共同市場等，實現生產要素的優化配置和功能互補。以市場為導向，推動企業跨地區、跨部門、跨所有製兼並、聯合、重組，培育和發展一批有國際競爭能力的大企業、大集團，激發企業的創新活力。
再次，組建區域性的行業協會、商會及科技中介組織。行業協會要突破行政區劃障礙，組成跨地區的行業聯盟，探索區域各類市場資源的聯接和整合，共同製定區域行業發展規劃、區域共同市場規則，按照市場化的方式推動產學研合作；積極承擔自己的業務職能與社會責任，積極為企業的跨區域合作服務，與企業共享共擔合作中的收益與風險。在培育長三角民間組織發展同時，鼓勵其自發組織各種類型的創新機構，完善諸如工程谘詢與設計、科技創新的評價與評估、成果轉化中的經紀人與經濟組織以及各種商業服務機構等創新過程中的專業化服務體係；推進生產力促進中心、技術市場、科技信息服務、科技創業服務中心、科技谘詢與評估等中介機構的改革與發展。
2、完善長三角科技創新合作組織協調機製
以長三角區域創新體係合作框架為基礎，完善長三角區域創新體係建設聯席會議辦公室製度，形成對話交流與區域合作決策溝通機製，協調解決長三角區域科技合作中的重大問題，商定跨省市的重大科技合作事宜和項目。探索建立一個“多方參與、開放共享、聯合攻關、互動創新”的協調機構，在規則製定、體係建設、製度完善、平台構建、監管措施等方麵擴大開放性，有效促進知識、技術和人才等創新要素實現跨地區的自由流動仍存在不少障礙，逐步改變目前長三角創新活動自成體係、相互之間缺乏聯係和互動的現狀。