第四層次，以企業為主體的合作與交流群體。在各級政府的積極推動下，三省市充分發揮企業在區域合作中的主體作用，在重大項目上積極開展多領域、深層次的經濟技術合作，政府的戰略意圖落實到企業層麵，企業也在合作中取得新的發展。合作項目涉及工業、農業、基礎設施、旅遊等行業，並逐步延伸到科技、教育、人才、衛生等社會公共領域。如上海的上汽、寶鋼、百聯、華聯、綠地、電氣、建材等優勢企業以資產、技術、管理等優勢，在長三角地區開展廣泛合作，投資興建了一大批企業。同時長三角各市縣以企業為主體，舉辦各類展銷、推介、論壇，以招商引資、技術合作、商品營銷為重點，參與接軌與合作。
（二）現行的協調機製存在的不足
上述幾個層次的合作機製相互交融、相互聯動，推進了長三角區域合作的縱深發展，在許多方麵取得了具有長遠意義的積極成效。特別是有效打破了行政分割的體製性頑症，積極構建區域協調發展新機製，促進了區域經濟的發展。但總體來說，長三角區域合作的基本狀況仍麵臨著高昂的區域協調機製成本問題。主要問題如下：
一是缺乏完善的利益協調機製。區域生態和各類補償機製等深層次政策沒有列入地方政府的工作日程。地方利益是地方政府最關注的重點。長三角區域合作工作推進困難的重要原因，就是利益所在。在長三角的地方政府合作中，目前對建立責任共擔、利益共享的合作製度尚未建立。現階段長三角區域內雖存在著多層次的協調機製，但客觀上存在著多頭領導、各自為政的現象。
二是缺乏嚴密的組織結構。長三角缺乏一個能夠實現政策上傳下達、隸屬關係與利益關係明確的統一管理主體。目前為止，還沒有一個較權威、較係統、較規範統領上海、江蘇、浙江等三地政府認可的合作體製和機製的政府規章，影響了區域內政府問的製度合作進程。
三是缺乏有序的自發合作組織。目前區域合作協調組織的主體是政府，而作為市場主體的企業卻沒有參與區域合作協調組織，對該地區內市場需求的感知不敏感，造成了產業結構趨同等現象。合作內容基本流於形式，極大地增加了本不需要花費的合作成本。區域經濟合作組織功能不清，職責不清，協調無力。
四是缺乏區域統一的政策和執法標準。區域性政策主要有兩類：一是地緣性、基礎性政策，這是以行政區劃來製定。二是公共性、協調性政策，這是為跨行政區域合作發展所製定。長三角區域統一的政策和執法，是區域合作的基礎條件。但長三角區域目前地方自己製定的政策標準和執法標準，在長三角區域很難統一，影響了區域合作推進。如兩省一市的環保標準不一，同一個項目在三地所受的環境製約不同，在一地因環保原因被拒，而另一地卻被批準的現象時有發生。
四、長三角科技創新合作機製設計
（一）區域合作協調機製設計原則
區域合作協調機製設計必須堅持三個基本原則。一為互利共贏原則。作為一種橫向協調為主的機製，必須遵循這一原則，否則區域合作將失去動力源。二為政府與市場分工原則。政府的職責，主要是提供製度性公共產品，以及在明顯存在外部性問題的經濟活動領域提供規劃、規則、營運組織和管理等服務。其他領域都應由微觀經濟主體在市場中自主進行協調。三為法製化原則。首先要將各種協議落實到各類具有行政法規性質的操作性規章上：其次要實現行政、立法、司法體係之間的製度性協調。
（二）構建區域科技合作機製的基本框架
目前，構建區域科技合作機製在政策上沒有統一的模式，各區域、次區域層次的合作都是依據具體情況有針對性的實施。大體上來說可按照以下框架進行：
1、確立區域科技合作目標
在確定區域合作之前，合作目標是必須事先確立的。確立區域科技合作目標首先要對本區域內各參與主體的科技現狀進行細致、科學的評估，然後對各方的優、劣勢子項進行分解，最後經過充分討論確立合作目標。