提高自主創新能力，建設完善區域創新係統促進區域經濟一體化，率先實現可持續發展、科學發展提升區域整體競爭優勢和國際競爭力服務長江流域，服務全國，為國家區域經濟協調發展總體戰略目標的實現做出貢獻，這幾項理應成為極其重要的評估指標。它們直接關係到長三角區域經濟社會發展的進程和方向。
2、高等院校和科研院所要充分利用智力資源優勢，同企業聯合攻關
長三角聚集著大量科技實力雄厚的高等院校和科研院所，其核心城市上海年的綜合科技進步能力排名已首次超過北京，位居全國第一位。但在長三角現有的五路科研大軍（中科院係統科研機構、國家各部委所屬科研機構、高等院校、地方科研機構和企業研發機構）中，企業尤其是本土企業的科研力量最弱。企業是科技成果商品化產業化的前沿，是科技成果轉化為現實生產力的集中地，企業理應是自主技術創新的主體，然而，現實是企業距離這一目標還很遙遠。
在長三角區域創新係統建設的進程中，高等院校和科研院所應在平等友好、互利互惠、風險共擔、成果共享的原則指導下，充分利用自身的智力資源優勢，大力支持企業的科技研發事業，同企業聯合攻關，以市場為導向，確定研發的方向和重點，並把聯合研發作為發展戰略的重要組成部分，不僅幫助研究解決企業麵臨的緊迫課題，而且同企業研發機構一道開展技術儲備性的研發工作，通過若幹年的不懈努力最終使企業真正成為自主技術創新的主體，進而為長三角地區的經濟社會發展做出巨大的貢獻。
產學研的合作模式也將使高等院校和科研院所生機勃勃、充滿活力，徹底融入長三角區域創新係統建設的進程中，為長三角的經濟社會發展貢獻自己的知識和智慧。
建議采取以下幾方麵的措施
第一，高等院校及科研院所與企業依托園區共生組合，聯合設立研發中心，政府製定並落實相關優惠政策（例如蘇州的企業與全國多所高校和科研院所建立了多個產學研聯合體，在昆山創辦了清華高科技產業園）；
第二，企業在高等院校及科研院所的支持和幫助下設立研究院、博士後流動站和研究生院，強化研發力量，增大研發投入（例如清華大學、中科大在蘇州工業園區設立了研究生院，清華長三角研究院、中科院寧波材料技術與工程研究所在浙江落戶）；
第三，設立技術轉移中心，建設孵化基地，培育廣大中小企業，迅速走向成熟、壯大（例如浙江常山縣碳酸鈣生產企業從上海大中華橡膠集團公司、上海金煉化工科技有限公司引進先進技術，打造“中國鈣都”）；
第四，科研院所實施體製改革，企業化管理，市場化運作，把研究方向與企業的發展需求密切地結合起來（上海電器科學研究所原為國家機械部所屬科研機構，近兩年來改製成為股份製科技型企業，大大激發了活力，成為年上海市十大科技新聞之一）。
3、大力發展科技中介服務體係，促進科技成果的商品化和產業化
長三角的科技中介行業正在走向整合，資源將為整個區域共享。搭建長三角科技中介服務平台的時機已經成熟。大力發展長三角科技中介服務體係，旨在促進科技成果商品化產業化，推動區域經濟與科技聯動協調發展。
為了實現這一目標，當務之急是規範科技中介行業。要遵守行業法律法規，拓展行業發展空間，提高行業服務質量，加強市場化運作，提高從業人員的業務水平，規範市場秩序。
完善和發展長三角科技中介服務體係，一是要共享各類數據庫；相互開放國家級和省級科技資源；聯合共建科技教育信息網、大型公共儀器設備服務網、高技術信息庫、國家技術標準庫和專家庫。二是相互開放科技中介市場，降低進入門檻，逐步形成長三角科技統一大市場。三是資質互認。兩省一市共同認定高新技術企業、高科技成果和產品、技術經紀資格、科技查新報告、科技評估機構資格及無形資產評估機構資格。
充分發揮各類科技中介機構的作用，提高技術轉移的效率，特別應完善風險投資機製，大力促進高新科技成果的商品化產業化，最終提升長三角區域科技的整體競爭力。聯合發展高新技術風險投資業，建立兩省一市風險投資創業協作網，鼓勵跨地區技術與資本的融合。