（2）以產業集群為創新基地
浙江各地產業集群大致是在以下幾種情況下形成的：（1）在周邊省市大型工業的輻射作用下形成的，如寧波石化產業集群；（2）在地方傳統的特色基礎上經過拓展、發展形成一定規模的專業化產業集群，如杭州西湖龍井茶葉、紹興黃酒等產業；（3）在激烈的市場競爭中優勝劣汰、不斷發展壯大而形成的產業集群，如嵊州領帶業、紹興紡織業、寧波服裝業等。產業集群往往集聚了該區域最具創新能力的企業和員工，他們是創新經濟最活躍的分子之一，也是創新的主要承擔者。產業集群有利於企業間的各種創新文化交流，使得企業創新日益活躍，進而帶動周邊區域科技創新能力的提升。
（3）以產學研合作為創新加速器
在企業成為創新主體以後，浙江企業主動進行的產學研合作也越來越多。目前已引入的產學研合作單位有：中國科學院寧波材料所、清華大學長江三角洲研究所、浙江加州納米技術研究院等單位共計350家以上，其中以企業為主體引進的有260家。此外，浙江省政府高度重視政府科技投入。2006年浙江省政府科技投入占財政支出比重為5.87%，高於全國平均水平。由政府或企業自主牽頭的產學研合作正成為浙江提升科技創新能力的加速器。
（二）長三角科技合作與創新的問題
長三角在科技創新、科技合作方麵還存在若幹方麵不足之處。
1、區域科技合作虛多實少，難以真正實現協同創新
長三角分屬兩省一市，行政隸屬關係複雜，由於地方保護主義、諸侯經濟和行政區劃的影響，各地之間的科技合作和交流浮於表麵，很難實現真正的合作共贏，已成為推進區域科技合作與協同創新的重要障礙。一是不同地方政府之間的協調機製不完善，各地政府在區域合作方麵也達成了不少共識，但多限於文件、口號，虛多實少。二是區域基礎設施建設缺乏係統規劃和有機整合，很多基礎設施的建設都是從各自行政區內的需求出發，而不是從整個長三角的高度出發，從而導致重複建設和資源浪費。三是區域科技資源難易實現優化配置和高效利用。
2、科技投入總量有待提高，投入結構尚需優化
近年來，由於國家對科技創新和科技發展的日趨重視，長三角兩省一市在科技投入總量、研發強度等方麵都有了較大提高，但與發達國家和地區，特別是與國外五大都市區相比，與長三角實現率先發展、科學發展、建設創新型區域的要求還存在一定的差距和問題，主要表現為：科技投入總量偏低，科技投入結構不合理，企業的研發支出比重偏低，離企業創新主體的要求還存在一定的差距。此外，R&D投入在基礎研究、應用研究與試驗開發三個類型的構成也不盡合理。
3、產業自主技術供給不足，自主創新任重道遠
目前，長三角兩省一市普遍存在產業自主技術供給不足、核心技術和關鍵技術嚴重依賴跨國公司的現象，這已成為長三角提升自主創新的最大障礙之一。首先，產業技術創新過分依賴外源，長三角的創新源，很大程度上受益於外商直接投資以及海外技術引進，自主研究開發能力不足。其次，產業自主核心技術缺乏，多數產業關鍵核心技術與裝備基本依賴國外，重大裝備製造業中，70%的數控機床、76%的石油化工裝備、80%以上的集成電路芯片製造裝備、100%的光纖製造裝備為國外產品所占領：通訊、半導體、生物等高技術行業，外國公司獲得授權的專利數也達60%-90%，電子信息、裝備製造、生物醫藥等產業技術依存度均在60%以上。第三，產業共性技術研發“短腿”，產業共性技術供給體係不健全，研發主體不明確。
4、產業結構趨同嚴重，區域產業布局急需調整
長三角兩省一市在重點產業發展、戰略產業選擇和主導產業培育等方麵都存在不同程度的趨同現象，導致產業技術創新鏈和技術擴散鏈不完整，產業創新環節缺位。一方麵，產業結構趨同現象突出，上海與浙江產業同構性相似係數達到0.76，上海與江蘇達到0.82，江蘇與浙江則達到了0.97，都已接近甚至超過了國際產業結構相似係數的上限。另一方麵，區域產業創新鏈不完整，區域產業創新鏈重疊、缺乏、斷裂現象突出。