如上所述，產業同構的根本原因是國際產業轉移的結果，長三角產業發展基本上處在同一個發展階段，各地區都是二三產業並舉推動經濟發展，產業發展長期以來重疊較多，競爭激烈。這樣的態勢並不是短時期內可以扭轉的，需要政府加大引導力度，加強合作。
六、長三角城市群創新能力分析
城市群是先進生產力的載體，是孕育新技術的孵化器，再加上已有雄厚的資金作保障、優秀的人才作支撐，使得城市群對提高區域創新能力有很強的推動作用。
（一）長二角城市群的區域創新分析
長三角地區已成為我國科技創新的密集區之一，具有良好的科技資源，為區域科技創新的發展提供了強勁的支持。其中，上海是我國最發達的科技、教育中心之一，江蘇是我國高校最多、在校生規模最大的省份，兩地都擁有一大批著名高校、大院大所，科技人才薈萃，科研實力雄厚。浙江民營經濟發達，市場機製靈活，科技需求強盛，具有強大的科技創新潛力。憑借著雄厚的經濟基礎、獨特的區位優勢、良好的發展態勢，以及高度發達的對外經濟；長三角區域兩省一市各自形成了區域科技創新體係的基本架構，表現出較強的創新能力。據中國科技發展戰略研究小組對2009年度全國技術創新的評價結果顯示，2009年，江蘇區域創新能力由上年的排名第四位上升到第一位，成為全國創新能力最強的地區，北京綜合排名與上年持平，列三位，上海市的綜合排名則由上年的第1名下降到2009年的第4名。從綜合創新能力指標看，上海、江蘇、浙江都屬於創新能力較強的地區。同時，在知識創造、知識獲取、企業創新能力、創新環境和管理能力、創新績效等反映科技創新能力的指標上，長三角區域兩省一市均位居全國前列，屬於創新能力較強的省市。
從研發（R&；D投入水平來看，表7表明長三角地區區域投入水平很高，2008年長三角城市研發經費支出總計達1280.9億元，占長三角GDP的1.96%，其占全國同年研發投入水平（4616.0億元）的27.75%，其中上海的研發費用支出占GDP比重最高，達到了2.59%，江蘇省在研發方而投入淨值最高，達到了580.9億元。
從專利申請量和授權量來看，長三角地區分別是270802件和121859件，分別占全國同期的37.76%和34.58%，其中江蘇省專利申請量最高達到了128002件，浙江專利授權量居長江三角洲地區首位，達到了52953件。
今天，長三角城市群形成了以上海為中心，南京、杭州為次中心，特大城市、大城市、中等城市、小城市、中心城鎮、小城鎮的多層次寶塔型城市體係，上海的核心城市地位更加突出。長江三角洲以全國2.2%的陸地而積、10.4%的人口，創造了全國近17.95%的國內生產總值、11.23%的則政收入、34.6%的進出口總額，這裏已經成為中國經濟、科技、文化最發達的地區之一。
由此可見，長三角地區城市群的經濟實力在全國有著舉足輕重的地位，在科學發展和改革開放的道路上一直走在全國前列，已對於促進全國經濟發展，增強我國國際竟爭力將起到更好地帶動、輻射、探索和示範作用。
（二）長三角區域科技創新體係的特點
1、上海科技創新體係特點
（1）以大中型國有企業為創新主體
作為中國最發達的工業地區，長期以來國家對上海市進行了大量的投資，這使得上海市經濟發展中國有及國有控股企業占有較大比重，2006年占全市丁二業總產值近45%。上海市大中型企業以重工業和高科技企業為主導。產值前十大企業涉及鋼鐵、汽車、石油化工、現代裝備製造等注重自主創新的行業。
（2）以高新技術企業為創新龍頭
高科技行業在上海市產業發展中占主導地位。2006年電子及通訊設備、交通運輸設備行業產值占到上海市工業總產值的三分之一以上。受益於近幾年國家振興裝備製造業計劃，上海市普通機械製造業、交通運輸設備行業增長較快，2007年這些行業增長率高於上海市工業增加值增長率12.6%和全國工業增加值增長率l8.5%。此外，在上海市高技術產業發展中，大學和研究所的作用很重要。2007年上海市高校研究經費中，有5l%來自於企事業單位的橫向經費。