（1）土地征收機製不健全不完善的源頭在於征地權的濫用，而征地權濫用的源頭又在於公共利益的隨意解釋。有學者（蔡誌方，1998）認為公共利益具有“不確定性”和“流動性”的特征，使其在很大程度上“隻可被描述而無法對其定義”199，但這並不妨礙根據實踐需要，對公共利益進行明確的描述和界定。如黃學賢（2004）認為公共利益必須具有公共性、利益的重要性、現實性和必須通過正當程序而實現，馬德普（2004）將公共利益分為四個層麵：一是共同體的生產力發展；二是每個社會成員都有可能受益的公共產品的生產，包括公共安全、公共秩序、公共衛生等；三是社會每個成員的正當權利和自由保障；四是合理化的公共製度，比較全麵地概括了公共利益在不同領域的意義。一般而言，公共利益應當限定在：（1）國防軍事用地；（2）國家和地方政府需要修建的交通、水利、環境保護、能源、供電、供暖、供水等公共事業或者市政建設工程用地；（3）國家和地方政府需要修建的政府機關以及公益性事業研究單位用地。要保障農民和集體土地利益，首先就要從源頭上對土地強行征收進行限定，縮小國家強製性征地的範圍，盡可能讓集體土地轉讓走市場化的道路。非公益性項目用地，如商業、旅遊、娛樂和商品住宅等私營性用地及謀取投資回報的的機場、鐵路、高速公路等建設用地，不應當納入征收的範圍。對非公益性用地，在符合土地利用總體規劃和用途管製的前提下，應當遵循市場化原則，依照征購的方式取得土地。要設立“公共利益”的認證程序，對征地項目的公益性進行認證，防止政府借“公共利益”之名濫用征地權（史曉娟，2006）。
（2）適應經濟社會發展要求，以明晰完整的土地權利體係為基礎，形成以市場公平交易原則溝通土地供給和需求，以土地產權轉移和交易代替原來的征地補償機製。劉燕萍（2002）認為征地補償應該以土地用途變更為依據，重新界定土地的產權。李輝敏和哈伯先（ 2006）認為對於非公益性用地，應以農地轉用後土地的用途為土地價格確定的依據，以切實保證失地農民的基本權益。要製定一部《農村土地征收法》，對農村土地征收的範圍、征地程序、補償方法及方式、征地主體的權利和義務，以及法律責任和糾紛解決等一係列問題作出係統而具體的規定。在此基礎上，要修訂和完善土地管理法。現行土地管理法的基本思想和指導原則仍然是以計劃經濟為主導，其中關於建設用地的指導思想，主要是為了滿足國家建設和各項經濟建設對於土地的需求。雖然提高了征地的各項補償的數額和倍數，但對於農民集體和農民個人土地權利的保護仍然不夠，沒有體現市場的公平原則。要修改其中與市場經濟要求和保障農民權益不相符的條款，切實改變現行征地製度對農民和集體補償偏低標準嚴重偏低，違反市場經濟和城鎮化發展基本規律的現狀，對征地管理權限、征地程序的規定，補償的合理程序、補償的具體執行過程、告知補償的救濟途徑等，均應作出明確具體的規定。
（3）堅持市場化改革方向，以市價補償原則替代耕地的年平均產值原則，提高征地補償標準。與世界其他國家相比，我國的征地補償範圍小、標準偏低。現行法律規定的征地補償標準，是按照土地原用途的年產值倍數進行測算的。“耕地的年平均產值”是農作物產量與價格的函數，其高低要受到所處地區的自然生產條件和社會經濟條件的影響，而與被征地的區位等影響土地價格的因素沒有直接關係。現行的征地補償標準既沒有反映出土地的地理位置、地區經濟發展水平、土地市場交易價格、人均耕地麵積等影響土地價值的經濟因素，也不能體現同一宗土地在不同投資水平或者不同投資情形下出現產出差別的真實價值，掩蓋了土地資源的稀缺程度以及農民群體對耕地的依賴程度。以耕地的產值為基礎測算的征地補償標準無法反映地區的地價差異，導致土地補償費與土地的市場價值相差甚遠。政府征地的低成本性，極易導致有關國家機關的征地行為的隨意性，造成土地征收機製失範和危及糧食安全等嚴重後果。因此，應當改革現行的以土地年產值為基準的補償做法，根據城市發展總體規劃，嚐試按照土地所在的不同區域，將城市土地劃分成若幹個片區，每一片區確定一個相對合理的基準地價，在統一征地時分別確定征地補償標準。土地征收補償要充分考慮土地的各種使用價值、土地供求關係、農村經濟發展和農民收入增長的實際，確保征地補償真正實行市價補償原則，讓農民和農民集體分享到經營城市過程中土地增值部分的收益，促進社會公平和效率。