（4）促進征地相關主體間合理的利益分配，是改革完善農村土地征收機製的基礎。根據馬克思主義地租理論，在社會主義市場經濟條件下仍然存在絕對地租和級差地租，其中絕對地租歸土地所有者所有，級差地租Ⅰ是由土地的肥沃程度、離市場位置的遠近等自然狀況決定所獲得超額利潤不同而產生的，也應該歸土地所有者所有，級差地租Ⅱ是由對地塊追加投資、改善生產和用地條件而產生的，應當由土地所有者和土地使用者共同所有。在農村土地征收中，農民集體是土地所有者，絕對地租毫無疑問應歸農民集體所有，但農村土地的增值來源於土地的位置差異、國家規劃（用途改變）和開發投資等因素，因此級差地租的分配有所不同。級差地租Ⅰ中屬自然條件影響方麵的部分，應歸土地所有者即農民集體所有；屬於國家規劃引致區位變化方麵的部分，應歸政府所有。級差地租Ⅱ要區分兩種情況進行分配：若土地原為農用，征收後轉為非農用地（若仍為農用應不適用於征收），則原使用者（承包經營農戶）對土地的連續追加投資並不產生效益，級差地租Ⅱ應歸政府和開發單位所有；若土地原為集體建設用地，集體或基層政府亦有投資貢獻，則級差地租Ⅱ應歸農民集體、各級政府和開發單位所有。同時，物權法對土地征收補償作了新的更合理的規定，強調要足額安排被征地農民的社會保障費用，對於確保被征地農民原有生活水平不降低、長遠生計有保障，是十分必要的。
（5）嚴格農村土地征收程序，增強征地過程的民主化法製化。為促進新農村建設與城鎮化的良性互動，要建立公開公正公平的征地製度，將土地規劃、年度計劃、征地補償標準、安置辦法等內容納入政務公開範圍，杜絕土地交易中的暗箱操作。地方政府應當逐步退出土地征購市場，轉而變為市場交易的仲裁者以及交易弱勢方保護者的角色。公益性土地的征收，應當由城市土地儲備中心與農民進行協調，參照市場價格進行合理補償；經營性土地征購應當由集體土地產權代表與開發商進行談判協商，經中介機構評估，確定土地價格。在征地過程中，賦予農民知情權、參與權、監督權和申訴權，確保失地農民有權在土地征用的政策績效成本與收益之間進行選擇，自主選擇在不同政策之間、在務農和進城之間權衡得失，維護自身的利益。在土地征收補償中，必須形成政府與被征地方平等對話的地位，通過征地雙方認可的獨立和公正的核算方法來保障農民和集體利益。增強土地征收補償費發放的公開性和透明度，農民集體作為土地所有權主體，應當自主決定內部的分配比例、分配標準以及使用辦法等，公平合理地分享分配土地增殖收益。
此外，還要建立起土地價格評估製度和征地補償方案聽證、審批製度，征地補償民主決策製度，征地補償爭議司法救濟製度等程序製度。建立健全農民土地財產權利保護的政策谘詢和法律援助機製，幫助農民和集體處理有關土地產權交易中的問題，依法保護農民和集體的利益。成立農村土地征收的社會仲裁機構，當政府、集體組織與農民因征地問題發生糾紛時，可由第三方機構裁決，而不應由政府單方麵行政命令說了算，也防止集體組織對農民利益的侵害。