合作經濟組織能否正常運轉和有效率，是農民自發成立還是政府推動成立是一道分水嶺。以江蘇省為例，2003年江蘇省有各類合作經濟組織5218家，其中蘇南占20％，而蘇北的數量占61%。發達的蘇南數量較少但質量較高，原因在於蘇南地區的合作經濟組織，大都以農民需求為動因，以農民為主體組建，較少行政幹預，因而更加追求產權結構、民主管理、利潤分配等的規範性。政府發揮促進作用的邊界，應當以專業合作社法所確定的基本原則為限，在此前提下適當製定扶持的政策，既不能違背合作社的原則，也不能直接加以幹預。從資本與合作經濟組織的關係來看，近年來“公司＋農戶”模式麵臨困境，力量相差懸殊的市場主體在博弈過程中形成了普遍的道德風險和逆向選擇。公司利用其絕對優勢地位剝奪農民，但從極低和缺乏保障的履約率來看，公司也往往是受害者。小農經濟的分散狀態，造成資本和農民交易中過高的流通費用和交易費用，而合作經濟組織的出現，使資本產生了節約流通費用和交易費用的利潤預期。資本需要組織起來的市場，農民也需要組織起來的市場，合作經濟組織因此成為資本和農民的共同理性選擇，進而形成了“公司＋合作社＋農戶”的模式。合作經濟組織在發展初期受到資本的剝奪是不可避免的，但隨著合作經濟組織市場主體地位的確立，資本量的逐步增加，逐步能夠與資本進行討價還價，進而逐步擺脫資本的剝奪。在農民專業合作社法的框架下，借助合作經濟組織，農民可以在一定程度上擺脫政府的控製和資本的剝奪，在政府、資本和農民的博弈中，合作社有可能發揮平衡各種力量的特殊作用。政府在資本和農民的博弈中，通過製定合理的扶持政策，使利益適當傾向於農民一邊，從而維持農民與資本在市場力量上的平衡。在新農村建設中，必須依據合作社法的規定，賦權於農民，組建滿足市場需要、為農戶的利益服務的農村合作經濟組織，使其與資本共同進行農村市場資源的整合。
建設社會主義新農村是一個係統工程，發展合作經濟組織對於新農村建設意義十分重要，必須從戰略的高度重新審視農村合作經濟組織的作用，從各地實際出發，借鑒發達國家經驗，用建設新農村的標準有效推進合作經濟組織健康發展。（1）政府要致力於構建一個較完善的法律、行政和政策框架，在確保相關利益主體都能實現自己目標的同時，保護生產者、消費者和投資人的利益。在專業合作社法的基礎上，還應當加快構建包括專業合作社法實施細則，除專業合作社以外各類合作經濟組織方麵的法律，合作金融方麵的法律，合作社促進方麵的配套政策等在內的完整法律體係，為農村合作經濟組織的健康發展提供法律保障。（2）政府應當自覺從直接介入微觀經濟活動中解脫出來，將村組織的經濟功能從其社會和政治功能中分離出來，讓出組織空間以擴展合作組織的選擇機會，並為農民的組織建設與組織參與提供製度服務。（3）政府應當為農民提供較為便利的公共交易設施和信息服務，使農戶既降低信息搜尋成本，減少農民的風險預期。盡快改變現有政府管理農業和農村經濟的組織架構和製度安排，改變農產品銷售與生產資料供應的部門壟斷體製。（4）政府要把農民專業合作經濟組織作為獨立的市場主體對待，不僅在財政稅收政策方麵采取減稅、低稅、免稅、補貼和項目扶持等方式來支持和引導其發展，還要根據農村經濟發展的新情況、新要求，在金融保險政策方麵鼓勵和推動農民向金融、保險合作領域延伸，從而開辟為農戶提供金融保險服務的穩定渠道（肖紅葉、畢美家，2007）。（5）合作經濟組織是農村市場經濟發展過程中的一個新事物，要加強對農民合作組織知識的培訓，使農民了解合作經濟組織的基本原則、價值理念及管理方式，培養農民的合作意識，以提高其發展農村合作經濟組織的業務能力。
結合我國農村發展與合作社發展根基比較薄弱的實際，要吸取上世紀50年代的經驗教訓，遵循合作社法所確定的原則和合作社自身發展規律，既不能急於求成，也不能降格以求，而是要循序漸進地發展合作經濟組織，促進合作經濟的健康發展，尋求適合我國的合作經濟發展模式。未來可能的改變將取決於農戶博弈能力的提高、合作組織之間以及與其它經營主體之間的競爭、政府的規製和導向、農村民主政治進程等。