（4）許多合作經濟組織運行活力不足，覆蓋的地域範圍還比較小。相當數量的合作經濟組織內部聯合鬆散，很少開展實質性的活動，對農民群眾缺乏吸引力和凝聚力，一些甚至名存實亡。合作經濟組織大多以開展技術信息交流、普及和推廣服務為主業，也有一些向農民提供生產資料，隻是價格略有優惠，真正進行農產品加工和營銷的極少。由於還不是一個經濟實體，沒有實質性的經營業務，因而也沒有資金開展活動。農民加入合作經濟組織通常是繳納少量會費，入股金額也不高，致使農村合作經濟組織普遍資本規模過小、經費短缺，無力開展更多的服務。據孔祥智、郭豔芹（2006）的調查結果，合作社成員是本地農民的份額最大，完全是本地農民的就占了35.8%，而成員中既有本地農民又有鄉鎮幹部的占了23.3%，有外地農民、公司或其他組織的所占比例較少，表明這些合作社覆蓋的地域範圍還是比較小，合作社尚未超越出集體經濟組織的範圍。
從以上問題來看，農村專業合作社必須建立以社員為主體的明晰的產權製度，完善組織內部機構以及財務管理公開製度，規範農村合作經濟組織的運作，增強農村合作經濟組織的凝聚力。堅持社員民主控製和經濟參與的基本原則，在民主管理中有效推進農村合作經濟組織健康發展，使其真正成為新農村建設的助推器。
農村合作經濟組織的興起和發展，就整體而言既非政府強製性製度創新，也不是農民在逐利動機驅使下自發行動所能實現的誘致性創新，而是一條以農民自願為基礎、政府主導、資本誘導型的農村合作化道路。我國農村小農經濟、政府控製和資本缺乏的實際狀況，使得小農總是處於被政府和資本重重控製的經濟社會鏈條的最末端。在政府和小農的矛盾中，政府居於矛盾的主要方麵；在資本和小農的矛盾中，資本居於矛盾的主要方麵，由此決定了合作製度創新的關鍵，在於維護弱勢農民的主體地位。從現實看，在集體經濟製度基礎上建立合作經濟組織，完全依靠農民自發組建是十分困難的，確實需要政府推動。以往的研究表明，政府在農民合作經濟組織發展的初期起著很大的作用。在法律保護沒有到位的條件下，多數農民合作經濟組織在開辦之初，都希望與基層政府有良好的關係，取得政府的認可和支持，也有的合作經濟組織幹脆走民辦官助的路子。同時，由於路徑依賴的作用，農民對原有的村黨支部、村委會、供銷社等組織資源一般也容易接受，許多合作經濟組織就在這些組織資源的基礎上改造興辦起來。但由於農村經濟發展水平、集體主義與合作傳統、農民文化素質等內在因素，以及法律環境、管理體製和政策導向等外在環境的製約，使得政府及其控製的強勢組織對合作經濟組織幹預過多，合作經濟組織在發育過程中仍然存在異化現象。雖然發起方式上有以農民為主體的特征，但在很大程度上依賴區域行政力量、龍頭企業、工商業資本的介入，而介入動機大都是利用和享受財政稅收等支持和優惠政策，目前法律和政策還難以合理引導。在相當多的合作社財產中，政府投資或供銷社、社區組織、龍頭企業投資占據主體地位，而農民社員的股金卻極為有限，使得農民在合作社中的所有者主體地位受到挑戰。從合作社資金來源看，農民自籌為主占38.13%，各種形式混合出資為主占32.58%，其他為政府撥款為主、部門撥款為主和實體支付為主，分別為7.13%、7.05%、15%。合作社的產權安排是相關主體的不同利益訴求和要素能力達成的均衡，在資金、信息和專業化程度等因素的製約下，純粹的農民合作組織隻占小部分，更多的合作經濟組織依賴於政府、企業和其他組織在資金、技術、組織力量的支持，這使得合作經濟組織的產權製度呈現複雜化。合作社的剩餘索取權和剩餘控製權格局必然是傾斜的，換言之，產權安排必定是偏於資本的，或偏於企業和大戶，或由外部組織主導的，而且在較長一段時間裏，這種製度狀態難以發生根本性改變（徐旭初，2005）。不僅如此，政府、供銷社、社區組織的投資主體無法實現人格化的產權，未來發展存在著很大的隱患（苑鵬，2004）。隨著市場化程度的不斷加深，農村合作經濟組織在發展過程中，越來越受製於這些居於強勢地位的利益相關者，或者說受製於政府和資本。