專業合作社與原集體經濟基本沒有關係，可以按照通行的合作製原則和法律規定進行組建，盡量避免向傳統集體經濟的妥協與回歸，應當成為當前發展合作經濟組織的主流形式。在建設社會主義新農村的背景下，農民將成為新農村建設的主體，農民根據自願原則建立的各類專業合作經濟組織必將成為新農村建設的重要力量。（1）合作社的財產獨立於原集體經濟之外，屬於入社社員按股份占有。產權明晰化是農民專業合作社有別於傳統集體經濟組織的一個重要分水嶺，是其取得競爭優勢和較高績效的製度基礎。隻有在產權明晰的情況下，資源的優化配置才能得到最大程度的實現，才能保障農民的生產行為有穩定的收益和收益預期。（2）專業合作社有明確的市場主體地位，按照市場規律進行運作，有利於發揮資源配置、激勵約束、收入分配和保障功能。（3）合作社根據專業生產要求組建，其成員可以打破原村組社區界限，生產經營範圍可以超越社區限製，在更廣闊範圍進行生產聯合和市場開拓。（4）按照民主管理原則建立起來的合作社組織製度與治理結構，一定程度上有利於擺脫鄉村政治格局的幹預和束縛。
從我國農村發展的實際來看，農民專業合作社發展的根基還比較薄弱，與合作社的通行原則和法律規定有相當的差距，製約了合作經濟組織的健康發展。從各地調查情況來看，由於受舊體製的影響，農村合作經濟組織發展的空間雖大，但發揮作用尚不夠充分。
（1）法律滯後形成的地位和性質混亂，製度安排不夠規範。按照經典的合作社理論，合作經濟組織具有公益性，有別於一般意義上的企業法人。我國合作社法的製定嚴重滯後於合作經濟實踐，農村合作組織大多是在自發狀態下產生的，大多數還隻具有合作社的某些因素，一些製度規定甚至不符合合作社基本原則。合作組織成立之初一般掛靠在有關部門，登記注冊十分混亂，有些沒有進行任何登記，不僅使對農村合作經濟組織“身份”（性質）的認定產生歧義，享受不到應有的優惠扶持政策，而且使合作經濟組織製度安排不夠規範，甚至導致一些合作經濟組織尋求政府或其他社會力量的庇護，一定程度上背離了合作社的原則。一些合作組織沒有製定相應的規章製度，甚至連起碼的章程都沒有，凡事憑主管人員決斷。有的雖然製定了規章卻束之高閣，也有的實際運行另一套辦法。這種影響需要相當長的時間才能消除。
（2）一些農村合作經濟組織“政社不分”現象嚴重，民辦、民管、民受益的原則難以落實。據對全國312個村莊7012個樣本農戶的調查，約有42.7%的農戶反映生產上仍有種種行政幹預。從總體上講，目前我國各地各級政府或多或少地表現出行政介入不當與製度供給不足的不協調狀況。各級基層政府組織和社區合作經濟組織的剛性作用依然存在，這主要表現為行政組織對合作組織的過分幹預，行政組織委派或委托人員到合作組織擔任主要管理人員，或通過帶有強製色彩的有償服務影響合作組織，或通過入股形式從股權上控製組織，農民真正得到的實惠不多。政府或者職能部門往往成為農村合作經濟組織的“上級”，農民主體虛置，農民社員參與管理和監督形同虛設，導致許多合作社經營對政府的依賴性過強，失去了合作組織的原來性質和意義。一些合作經濟組織對社員主體資格的認定，偏離了以農民為主體的基本原則。龍頭企業、農村能人、種養大戶、政府所屬的農技或供銷部門是主要投入者，普通會員在全部股金中占有比例很低，這種產權結構的集中化必然表現為決策權的集中化。一些合作經濟組織不實行“一人一票”的原則，經營管理和決策完全由領導者進行，普通社員隻是擺設。有的合作組織設置了會員大會或股東大會，卻長期不召開，剝奪了會員或股東對組織的監督管理和決策權。
（3）相當多的合作社產權仍較模糊，利益聯結機製比較脆弱。不少合作社在成立初期，合作組織內部個人之間、普通會員與所依托的投資主體之間，由於投入資金量少，會員人數少，可能產權邊界是清晰的，但隨著會員的增多， 組織盈利水平的提高，合作組織剩餘財產的增加，會員加入有先有後，由於缺乏對原始資產的明確界定，很難對新增資產進行準確分割，也會使本來明晰的產權變得模糊起來，常常會出現投資主體如龍頭企業、供銷社、農村能人等侵占國家和個人產權及其收益的情形。許多農村合作社內部的利益聯結關係比較鬆散，實際上是簡單的買賣關係或者合作互助關，合作雙方並未以產權為紐帶，形成利益共享、風險共擔的利益共同體，難以抗拒較大的自然和市場風險。不少建立了股份聯結機製的合作組織，也隻是半緊密的利益聯結關係，特別是以龍頭企業為主體的合作組織，企業主很難與參股份額很小的社員具有一致的利益目標。有學者對河北省農民合作經濟組織的調查表明，合作社的產權結構以鬆散型聯合為主，約占67.6%。不少合作經濟組織不對社員進行利潤返還和完全實行股份分紅，一些實行利潤返還與股金分紅相結合的合作經濟組織股金分紅比例偏大，沒有堅持合作社資本報酬有限的原則。