（3）入社自願，退社自由。農民有選擇合作與否的自由，還有參加一個或幾個合作經濟組織的自由，合作的程度以及合作的規模也都由農戶自主決定，不是行政手段強製命令的結果。當然，農戶的自願加入也要履行資格審查的程序，根據合作社的章程對加入者的相關條件，如物質財產、經營規模、生產品種等進行審查，合格者方能被批準加入。法律規定，成員退社時可以將自己賬戶裏記載的出資額和公積金份額帶走。入退自由給予了農民用腳投票的權利，林毅夫（1994）指出，社員退社權的存在使合作社具有了重複博弈的性質。自由退出不會影響合作社穩定性，因為同質社員的存在，大量社員的退出雖然是對合作社不利，但可以證明合作社存在問題，這種退出機製有利於合作社更好地履行自身的使命。
（4）保障成員的經濟利益。合作社產權結構的獨特性在於，合作社由使用者一所有者聯合擁有，由使用者一控製者民主控製，利益淨收入按照使用而不是按所有權，分配給使用者一惠顧者。合作社的財產屬於成員聯合所有，每個成員在合作社中的財產份額記載在其成員賬戶中，這是成員承擔有限責任的界限、分紅的依據，成員資格終止時財務處理的基礎，以及合作社清算時分配剩餘財產的依據。合作社以產權為基礎，堅持按交易額分配為主，按交易額返利和按股權分紅相結合的利益分配機製，在農戶社員之間進行盈餘分配。法律規定，在彌補虧損、提取公積金後的當年盈餘，按成員與本社的交易量（額）比例返還，返還總額不得低於可分配盈餘的60%；按前項規定返還後的剩餘部分，以成員賬戶中記載的出資額和公積金份額，以及合作社接受國家財政直接補助和他人捐贈形成的財產平均量化到成員的份額，按比例分配給本社成員。
由上述可見，農民專業合作社堅持以家庭承包經營為基礎的雙層經營體製不變，土地承包關係不變，農業生產經營自主權不變，從而有效地保證了農民的主體性原則和集體主義原則的統一。合作社成員對屬於個人的生產資料擁有完全的產權，對土地擁有物權化的承包經營權，合作社僅僅是提高農民組織化程度的橋梁與紐帶，不改變土地及生產資料的所有權關係。同時，合作社是由社員自願入股組建起來的，不論用資金入股，還是以實物、勞務入股，參股入社是農民專業合作社的重要組織特征。社員取得資格以後，合作社必須以發股金證、社員證和建立股金帳戶等方式為其明晰產權，並嚴格規定股金的轉讓、饋贈、繼承等辦法，不是一講合作就“歸大堆”，從而避免了大鍋飯等問題的再現。在新農村建設實踐中，農民專業合作社有利於實現農產品的規模經濟，通過降本增效，使農戶獲得更大收益；有效改變農戶在市場上的交易地位，提高談判能力；減弱交易風險的不確定性，抵抗和化解市場風險；提高農業產業化經營水平，創新新農村產業化製度；促進農業技術推廣，實現標準化生產，提升農產品國際競爭力。農民專業合作社擴大了農業生產專業分工的細密程度，為合理利用、優化配置農業資源提供了可靠的渠道。合作經濟組織還可以培育農民的市場意識和鍛煉農民參與市場的能力，培養農民的合作和互助精神，有助於改變傳統農民的孤立和封閉狀態，強化農民的民主與利益意識，能夠教育農民團結起來保護自己的利益。所有這些，都是新農村建設的題中應有之義。