（1）農民的主體地位和“民辦、民有、民管、民受益”，是合作社的基本要義。合作經濟的本質是勞動者的經濟聯合，它不僅揭示了合作社作為群眾性組織體現的是內部勞動者之間的相互關係，並且合作社內部勞動者之間的關係，是在自願聯合、共同擁有和民主管理製度框架下，以經濟參與的方式，共享經濟成果的特殊經濟關係。社員參與合作社的方式具有多樣性，既可以是勞動的聯合、資本的聯合、交易的聯合，也可以是其他生產要素的聯合，但無論是哪種方式，都是經濟的聯合。
農民的主體性是合作經濟的基礎，不僅是合作社產權的來源，也是一人一票民主機製的保證，還是防止政府幹預的內生動力機製。專業合作社不是要回到過去的合作化，也不是與土地家庭承包經營製度相矛盾，而是在土地承包經營權基礎上，保持農民在農業生產經營中的主體地位。法律規定，在農民專業合作社的成員中，農民至少應當占成員總數的80%。團體成員有數量限製：成員不足20人的，法人成員1名；團體成員超過20人的，法人成員5%以下。堅持“民辦、民管、民受益”的原則，是判定一個合作社是否是農民自己的群眾性組織的重要標準，在一定程度上決定著合作社的集體主義性質。隻有那些在充分尊重農民願望的基礎上，遵循合作經濟的內在規律和要求，才會有穩定發展的動力機製。但我國農民合作經濟組織產生的特殊環境，決定了合作社的建立和發展往往要尋求來自政府或其它力量的庇護，由此必然導致一些合作社的獨立性和農民的主體性受到影響。盡管農民專業合作社的章程規定了民主管理原則，但實際運行過程中，合作社的最高和最終決策權往往集中在依托組織和少數“能人”那裏，社員的民主權力流於形式，而專事監督職能的監視會則成為虛設。單個農戶民主管理的權利也往往因此被剝奪，民主管理得不到落實。
（2）以服務成員為宗旨，謀求全體成員的共同利益。按照經典的合作製理論，合作組織並不是一個追求自身利潤最大化的組織，對內增強服務和對外盈利是農民專業合作社發展的基礎。農民專業合作社以其成員為主要服務對象，提供農業生產資料的購買，農產品的銷售、加工、運輸、貯藏以及與農業生產經營有關的技術、信息等服務，按照法律規定，農民專業合作社享有的隻是對成員財產的支配權利，即占有、使用和支配的權利，法律並未明確農民專業合作社享有法人財產權。農民專業合作社中，成員投入到合作社的財產仍屬於成員所有，合作社的公積金也要按照章程規定量化為每個成員的份額。共同利益是合作社成員一致行動的基礎，也是謀求全體成員利益最大化的前提。專業合作社往往圍繞一個產業或一個主導產品興辦，為發展這個產業或產品提供產前、產中、產後全程係列化服務，這種專業性在一定程度上保證了利益的同質性。謀求全體成員的共同利益這一項就決定了：隻有農產品的生產經營者或者農業生產經營服務的提供者、利用者屬於同類，才能更大程度上實現共同利益。根據孔祥智、郭豔芹（2006）對23個省（直轄市、自治區）176個農民合作經濟組織的問卷調查資料，有37.5%的合作經濟組織在成員入社時對其生產經營內容是否與合作經濟組織一致、種植麵積、經營銷售、戶口和專業技能等方麵有要求。組織的成功首先取決於成員利益的同質性。事實上，利益同質性大的成員的合作比較容易成功的，因為合作成本小。然而，這並不意味著利益同質性小的成員之間就不能合作。在利益同質性差的情況下，這些利益異質性大的成員之間的交易費用未必很大，關鍵在於各方對合作必要性和共同利益的認知如何。