農民合作組織的基礎在於土地承包經營權，以及這種產權安排下的農業家庭經營，同時農民合作組織並不排斥農業的家庭經營。家庭經營作為一種有效率的經濟組織形式和製度，是農業自然選擇和自發演進的結果，不是人為設計的結果。另一方麵，家庭作為一個產權共同體，內部合理的分工、協作及較低的監督成本，使家庭經營在資源配置、勞動控製、外部收益內部化、激勵與約束等方麵具有獨特優勢，有利於實現家庭成員收益的最大化。從某種意義上講，如果沒有農戶物權化的承包經營權，也就沒有農業的家庭經營，農業的合作經濟也就失去了存在的前提。但這並不意味著農業生產本身要以合作製的形式運作。曆史經驗表明，在耕作方麵的合作組織並非是有效的組織，而家庭經營是與農業生產相適宜的經營形式。農民合作經濟組織的意義，在於農民在家庭經營的基礎上，有效地進入農業的上下遊經營活動。農民合作經濟組織將許許多多小規模、分散的農業家庭經營單位，聯結成從事購銷或加工的有效載體，提高了農業生產力。
一般認為，農業生產中最基本的特點——生產的生物性、地域的分散性及規模的不均勻性，決定了農民合作經濟存在的必然性（黃祖輝，2000）。現代意義的農村合作經濟組織的產生都與市場的成本、風險和壟斷等有關，是農戶形成與市場的平衡力量而組織起來的。（1）若分散的農戶各自設法進入市場，每個農戶均需支付可觀的搜尋、加工、整理市場信息以及與交易方協商、談判和敦促履約的費用，而在農民合作經濟組織的框架中，農戶與農民合作經濟組織之間建立了清晰穩定的合作關係，將那些交易費用較高的市場分工活動卷入組織內部分工，由此實現市場內部化。參與交易的農戶越多，交易的市場越複雜，農民合作經濟組織作為市場機製的替代物節約交易費用的成效就越明顯。（2）合作組織提高了農戶抵禦市場風險的能力。如果僅靠家庭式的經營製度，尤其是在農產品過剩情況下，會產生單個生產農戶與其前、後向交易方合約難，進而交易成本高、農戶利益受損的情況。（3）由於農產品銷售存在著買方壟斷，農用生產資料的供給存在著賣方壟斷，分散的農民在兩方麵的交易中都處於不利地位。小農戶在大市場中僅憑自己單獨的力量是難以維護其利益的，農民之間通過合作可以形成一種抗衡力量，以改變單個農戶在市場談判中的弱勢地位。（4）根據發達市場經濟國家和地區的經驗，農產品最終價格構成變化的趨勢是農業生產所占的價值份額逐步下降，而其他附帶加價的比重逐步上升，這促使農民聯合起來，通過合作經濟組織擴展到農業體係的其他環節。
也有學者認為合作經濟組織是市場經濟的產物，但其內部存在著逆市場化規則（楊雅如、楊亞梅，2007）。諸如一人一票、對股金限製分紅、按交易額返還等規則，以及合作社特有的“自助、自我負責、民主、平等、公平、團結”的價值觀和“誠信、公開、社會責任和關心他人”的道德觀使合作社成員存有信任，由此所形成較低的信息、監督和執行等交易費用，也成為合作經濟組織的存在理由。此外，合作社還可以為成員提供市場或公共部門不願提供的服務或者要素，可以增加合作社成員及其所在社區的就業和收入。
實踐證明，農村合作經濟組織能夠解決分散經營農戶的小生產與大市場的矛盾，從而保護與增進了農民利益，推進了農業生產發展。如日本和我國台灣地區也屬於過小農戶生產規模，卻實現了農業現代化、農產品供給總量充分和高水平的農戶收入。美國農業生產資料收購和產品銷售總量中，有30％是由合作社經手的192，日本農協所占比例更要高得多193。農民合作組織與農業的家庭經營不僅可以有效共存，而且這種在家庭經營基礎上的合作組織，既能發揮家庭製度在勞動控製、剩餘分配、激勵與約束方麵的獨特優勢，又能發揮合作組織在農業產銷協同、分散風險、削弱壟斷、利益均沾等方麵的功能。在農業家庭經營基礎上，引導和推動農民的合作，盡快建立農業家庭經營製度與農民合作製度相融合的農業製度與組織體係，不僅對於農產品市場的運行，而且對於提高農業人口的地位都具有重要作用。