由於集體建設土地流轉的自發性和不公開性，交易中由於雙方都要承擔不同的風險，使得交易價格難以反映公開的市場狀況，也使得價格難以起到對市場的信號和調控作用，不利於形成有效的價格調節機製。集體土地價格的形成，目前主要是兩種方式，一是政府征收或征用土地，按照政府製定的標準統一補償的價格，這可以看作是購買集體土地（所有權轉移）的價格；另一種是集體土地所有者（集體組織或農民個人）私自將土地流轉，雙方達成的協議價格。無論哪種方式形成的價格，都不是健康市場自發形成的價格。前者價格的決定權在於政府，後者看起來是市場價格，但是由於存在風險（違反法律等），所以也在真正的市場價格的基礎上打了很大的折扣。根據2002年中國人民大學北京城鄉結合部土地價格課題研究小組所做的土地價格調查結果，集體土地出租的租金僅是土地市場租金的1/3或1/2；在地理位置相差不是很大的情況下，個案土地出租租金差別相當大，能夠差到10倍，這是土地價格機製沒有形成或不完善的直接結果。隱性交易帶來了土地交易價格的隨意性，也導致了不公平性，使一部分人侵占了另一部分人應得的利益，最後必然使市場出現混亂（呂萍等，2004）。
在市場經濟中，土地作為財產如果屬於不同的所有者所有，則其交換雙方在經濟和法律地位上是平等的，雙方通過談判協商確定土地的交換價格；而多個購買者和多個出賣者的競爭，使土地價格達到均衡和合理的水平。農村土地在集體和國家之間的交易，在法律上是不平等的。土地管理法規定，國家依法征用集體土地，按照被征用土地的原用途給予補償，包括土地補償費、安置補助費以及地上附著物和青苗的補償費。征用耕地的土地補償費，為該耕地被征用前3年平均年產值的6至10倍。國家給集體土地確定的是補償價值而不是交換價值，即低價征用；而各地將征用的集體土地有償出讓工業、房地產、商業、金融和其他服務業時，高價出售。中央到地方的各級財政和有關政府部門在將集體所有的土地征用轉變為國有土地時，從集體土地中轉移了巨額的價值（馮尚春、江學俊，2005）。地方政府以“公益用地”名義進行征地後，按照農用地標準對農民進行補償；然後以非農用地名義出售給經營性組織，按照土地市場價格獲得回報。在較低的征地補償標準和較高的土地市場價格之間，存在著巨額租金，地方政府獲得的高額租金與農民得到的較低補償形成鮮明對比，激化了農地征收征用過程中的利益衝突。城市過去農村被迫通過工農產品價格剪刀差向城市提供農業剩餘，以積累工業資本，現在則被迫通過土地的不平等交易更多地向城市提供資源，以快速低成本地實現城市化。有的學者在分析產權不清造成的影響時指出，現在許多地方隻要戴上國家建設用地的帽子，就可以“依法”征用集體土地，把土地當成一種無商品屬性的自然資源，納入到計劃管理的軌道，這顯然與市場經濟原則背道而馳。據統計，1987—2002年，全國非農建設共占用耕地3689.4萬畝，各地政府從農民手中獲得的土地淨價差收益在14204億至30991億元。190在農地非農化過程中，絕大部分收益被地方政府和中央政府拿走，農民和集體拿到的收益僅為15.66%。而且一些被不平等征用的土地並不是用來提供公共產品或者發展公有企業，其中許多成了非公有企業，甚至私人資本的財產來源。這種利用集體土地和國有土地的價格差來剝奪農民、發展城市的做法，與過去政府利用工農業產品剪刀差剝奪農民、發展城市異曲同工，完全不符合“兩個趨向”的精神，在新農村建設中必須堅決予以糾正。
規模化的土地使用權流轉價格還經常受到地方政府的幹預。土地所有權交易是典型的行政性壟斷市場，國家既是土地產權市場的宏觀管理者，又是農村土地所有權市場的唯一需求者和城市土地市場的唯一供給者。根據現行的各種法律法規，農地征用的主要理由是“公共利益”，但關於“公共利益”的具體含義，土地管理部門在法律條文和實踐過程中都未進行明確界定。按照經濟學基本理論，“公共利益”的經濟內涵是“公共物品”，即使在經濟學界對此也存在不同解釋。在征地實踐活動中，部分地方政府更是出於各種目的任意解釋“公共利益”，以此作為農地征用和低補償標準的政策依據，從而以較低經濟成本取得農地所有權和使用權。地方政府在經濟利益的驅使下，以公共利益為名多征多占農用土地，然後通過土地出讓，獲得了大量增殖收益，土地出讓金成為地方政府財政預算外收入的重要來源，這實質上是政府濫用征地權並構成對集體土地所有權和承包經營權的侵害。在農地非農流轉過程中，通常沒有進行公平公正合理的土地資產價值評估，而是由地方政府越俎代庖，根據每年的農業經營收入確定租金。由於地方政府“政治企業家”的特性，往往通過低估土地資產價值，以優惠價格來吸引外來投資，這類優惠和補貼造成了土地的粗放和低效利用。集體農民修建的農田水利設施在土地租賃時往往沒有納入土地租金的計算之列，使外來投資商獲得了土地附屬物的免費使用權。實踐中，許多投資商在獲得土地使用權後，將耕地改為果園，或者農業生態觀光園，將農業用地改為工業用地，獲得由此產生的巨大增殖收益，變相造成了農民土地收益的流失。當前，一些地方和部門出於廉價和方便占用農地之目的，將土地流轉當作什麼東西都裝的筐，使集體土地流轉出現了嚴重的異化現象。主要表現在：有的隨意改變土地承包關係，甚至采取高壓手段，以至動用國家機器強迫流轉，嚴重侵犯了農民的承包經營權；有的把土地流轉作為增加財政收入的重要來源，甚至吃喝玩樂的小金庫，不惜手段與民爭利，嚴重損害了農民的利益；有的強行將農戶的承包地長時間、大麵積轉租給企業經營，嚴重影響了農民正常的生產和生活；有的為了大幅度地降低建設成本，並方便快捷地取得占用大量農地之目的，以不規範的集體土地流轉機製或者入股製變相取代國家征地製；有的為了降低開發成本，更多地招商引資，借土地流轉之名，隨意改變土地的農業用途，並強迫農民長時間、低價出讓土地經營權。在農地使用權流轉中，大多采取一次性流轉，補償費過低，安置簡單，農民長期利益得不到切實保護（朱林興，2002）。事實上，一些地區在征地實際操作中還存在多征少補，層層克扣安置補償費等現象，致使本來已經微薄的補償變得更加微不足道。集體土地流轉的嚴重異化，嚴重違背了集體土地流轉本來涵義和應堅持的基本原則，本質上是對農民權益的一種侵犯，是對農民財產的一種剝奪。隨著城鎮建設規模的逐步擴大，農用地的非農化使用規模越來越大，違法轉讓和剝奪土地承包者受償權的現象也相當普遍，土地向非農業用途轉移過程中的行政性的隱性再分配及其腐敗現象，由此而引發的幹群矛盾甚至衝突相當嚴重（張翀，2004）。