當前我國農村土地流轉過程中出現的各種問題，實質上是農村土地產權市場化不充分、不規範的結果，既有政府追逐自身利益的經濟性根源，又有城鄉二元格局所遺留的體製性根源，但歸根結底還是農村集體土地產權的殘缺。市場是產權明晰與否的試金石，行政化的交易說明土地市場發育不成熟、不統一，交易價格偏離市場價格說明集體產權的不完整，政府對交易的幹預說明產權主體不到位，交易程序的不規範說明產權不穩定、強度低。而城市化則把市場發育的城市和行政控製的鄉村拉扯到一起，使得含糊不清的農村土地產權製度，立刻顯示出層出不窮的矛盾和問題。這正如巴澤爾（1997）所指出的，隨著經濟條件的變化和新信息的獲得，資產的各種潛在有用性被技能各異的人們發現，並且通過交換他們關於這些有用性的權利，實現其有用性的最大價值。隨著人們擁有的商品的權利變得更有價值，如果不進行更加徹底的界定，人們必定會對置於公共領域的財富進行攫取和競爭。在農地用途改變，新的資產價值凸顯的情況下，農民的利益受到嚴重損害。
非農用地或建設用地的資本化，實質是使農村集體土地擁有在國家規劃管理前提下，自主轉變用途和直接進入統一建設用地市場的權利。農村和農民獲得相應的資本，充分發揮農村集體土地的資產效益，促進農業產業化和農村工業化，促進城鄉人口有序流動。在我國廣大農村建立健全社會主義市場經濟體製，需要形成農民的市場主體地位，減少政府對經濟建設的直接幹預，增加集體和農民對土地權利的行使。在市場經濟的體製下，單一的“國家征地”模式難以統籌考慮農村土地非農化、農村勞動力轉移和農民的社會保障問題。地方政府、社區集體、農民三方利益主體的博弈，由於信息不對稱和權利不對等，使農村社區集體和農民處於弱勢地位，難以獲得土地增值的利益，不利於實現城鄉統籌發展。針對當前土地征用過程中大量侵犯農民土地權益和農地流轉不規範的現象，在符合土地利用規劃和年度供給計劃的前提下，應當允許集體土地直接進入建設用地市場，采取土地所有權交易、土地使用權作價入股等方式，讓集體農民自主地通過土地用途變更實現經濟利益，這是在城市化進程中有效保護集體農民土地權益的重要製度安排。同時，允許農民用其土地產權作為抵押物或信貸的擔保，充分地實現與土地權利相聯的潛在經濟機會，擴大土地產權權益交易的邊界。