與此同時，招商局集團迎來了新掌門人，2001年1月10日秦曉就任招商局董事長，招商局集團完成權杖交接。3月17日，招商銀行在北京召開了第八次執委會，這次會議的出席人員包括秦曉、馬蔚華、傅育寧、魏家福、王大雄。傅育寧主持。傅育寧被正式推舉為執委會主席。在這次會議上，馬蔚華和秦曉關於上市問題發生了尖銳的碰撞。對立引發溝通，溝通引發合作，成就了一段佳話。而這其中，傅育寧的工作功不可沒。在招商銀行的重大決策上，馬蔚華和傅育寧都會先在執委會上探討，達成共識，再提交給秦曉及董事會決策。
筆者與馬蔚華交流，談到秦曉和傅育寧的各自風格時，馬坦言：“傅育寧更注重細節和溝通，溫文爾雅儒氣十足。秦曉是經濟學家，我有三句話評價他：他是一個合格的董事長，一個典型的知識分子，一個老大哥。”
在此後的歲月中，傅育寧協助秦曉打理招商局旗下資產，直至2010年接下權杖，再度完成權力交接。
從總裁到董事長，從總辦到掌門人，擺在傅育寧麵前的挑戰是在經曆了10年高速發展以後，如何帶領招商局集團再登高峰。
2010年10月11日招商局集團公司日，蛇口工業區新時代廣場3003會議室，當被員工問到“您在擔任招商局集團董事長後，第一件想實現的願望是什麼？”傅育寧脫口而出：“我希望盡快在管理團隊中對當前形勢判斷和未來發展達成共識。”
2011年1月19日，在招商銀行全國分行行長會議上，新任董事長的傅育寧充分肯定了招商銀行過去十年取得的令人矚目的成就，並指出招商銀行下一個十年麵臨的現實挑戰。
傅育寧指出，招商銀行新世紀第二個十年要實現可持續發展，對以下幾個重大課題需要予以重點關注：第一，明確戰略定位，突出發展重點。第二，構建新的商業模式，提高三大效率（經營效率、管理效率、資本效率）。第三，注意變革的連續，堅持“效益、質量、規模”均衡發展。
一方麵是世界經濟形勢的不確定性，一方麵是金融脫媒、利率市場化加快進程。招商銀行麵臨著包括資本、信貸、費用、人員等各方麵資源日益剛性的約束，要使有限的資源發揮最大效能，招商銀行需要“有所為，有所不為”，根據自身的實際條件和已有優勢，明確自身必須有所作為的領域，在綜合發展的同時突出自己的重點和特色，在差異化方麵先行一步，實現一流和特色，做一家“有特色的全能銀行”。
銀行作為一種服務業，其所有的要素投入都要作用於客戶端才可能產生效益，因此，銀行要實現集約化經營，根本的途徑就是深化客戶價值。
招商銀行已經積累了大量優質的客戶資源，這是一座金礦。如果能將客戶價值最大化，那麼經營效率就會實現最大化。在這一方麵，還有很多工作可以做。比如，加強客戶細分、加強客戶管理，提高交叉銷售。
招商銀行的貸款定價水平與同業相比有差距，貸款定價當然是一個複雜的變量，要與客戶結構、貸款投向、資本消耗、風險大小等因素結合起來考量，是一道綜合題。二次轉型的核心就是提高風險定價能力。
一年後的2012年1月14日，傅育寧再次參加招商銀行全國分行行長會議，這次會議上，傅育寧明確提出“流程再造”的概念——以業務流程為中心再造組織流程、管理流程和決策流程等，最終架設起為客戶“量體裁衣”的業務和服務流程。
傅育寧提出，流程再造是轉型迫在眉睫的事情。“過去以產品為核心、以服務大企業客戶為重點的流程已經不能滿足需要，在反應速度、服務水平、成本效率、風險管理等方麵，都無法很好地適應數量眾多的零售客戶和大量在融資方麵具有“短、頻、急”等特點的中小企業。”流程再造是招商銀行轉型的抓手，對流程的重視，實際上是從根本上對過去的經營理念和經營管理策略的重新考量。