既然我們界定現階段西部民族地區宗教領域內的矛盾主要屬於人民內部矛盾，雖然一定條件下也會出現對抗性問題，參與其中的大多數是我們的群眾，別有用心的壞人隻是極少數；既然我們承認少數民族群眾或信教群眾確有一些特殊利益或特殊需要審慎對待，那麼，我們對這類矛盾就隻能采取化解的辦法，盡量減輕問題的性質和分量。雖有對抗，必須嚴肅對待，果斷處理，但總體上也隻能視為人民內部矛盾激化的一種特殊形式，而不輕易視為階級對抗的表現。毛澤東同誌在《關於正確處理人民內部矛盾的問題》之，“關於少數人鬧事問題”一節中，也並沒有把這類鬧事歸結為敵我矛盾或向敵我矛盾轉化的性質，總體上仍納入人民內部矛盾的範圍，提出鬧事的主要原因是“領導上的官僚主義和對於群眾缺乏教育”，處置的方針政策是“堅決地克服官僚主義，很好地加強思想政治教育，恰當地處理各種矛盾”，同時對少數壞人“必須給予必要的法律製裁。”
因此，我們要把高舉維護人民利益、維護法律尊嚴這兩麵旗幟作為識別和處理宗教矛盾的理論依據。把這兩麵旗幟交給廣大幹部，交給宗教人士，做好群眾工作。任何人以任何理由損害人民利益、踐踏法律尊嚴，都必須堅決製止。既要打擊、依法懲處少數壞人，又要掌握政策，慎重從事。對群眾要多爭取、多教育、多疏導，群眾性鬧事宜疏不宜阻、宜散不宜聚，矛盾隔閡宜解不宜結。要切實改變工作作風，密切聯係群眾，了解民情民意，解決具體問題，關心群眾生活，引導群眾活血化淤，舒筋順氣，消除隔閡，理順情緒，集中精力發展經濟，治窮致富。要加強對群眾的法律教育，增強法製觀念，以增強自我管理、自我規範、自我約束、自我教育的能力。
四、必須建立適宜而有效的工作機製，克服人為因素，變被動管理為主動引導
朱鎔基在2001年12月全國宗教工作會議上強調指出：“要切實維護宗教領域的穩定。”“要重點做好農村和少數民族中的宗教工作。要建立健全縣鄉村三級宗教事務管理網絡，建立鄉鎮、村兩級宗教工作責任製。”“依法加強農村宗教事務的管理。”這就要求我們從工作機製上解決抑製矛盾的引發、突發、激化，在工作上克服消極因素和對宗教問題的忽視、放任自流等應付現象。
一方麵，要堅持宗教工作屬地化管理的原則，加強基層宗教事務管理。①要將宗教事務管理工作納入區縣、鄉鎮、村三級年度工作目標考核內容，使其與農村經濟發展、社會治安綜合治理、社會主義精神文明建設和基層組織建設等工作掛起鉤來，層層明確管理責任，級級抓好工作落實，切實解決各級黨委、政府重視和強化領導責任的問題。隻有加強基層宗教事務管理，全麵正確地貫徹落實黨的宗教政策，整個社會的宗教事務管理和穩定才有堅實的基礎。②要建立宗教工作黨政部門聯席會議製度，搞好部門協調，加大工作力度。
宗教事務管理涉及麵廣、政策性強、情況複雜、工作量大，需要黨委、政府加強領導，幫助統戰、宗教、公安、安全等各有關部門搞好協調配合。采取召開相關部門和單位參加的宗教情況通報會、宗教工作聯席會等形式，定期或不定期地聽取情況彙報，研究部署基層宗教方麵的工作，加強調查研究，檢查、督促、指導基層做好宗教工作，有效化解宗教領域的矛盾。③進一步加強對鄉鎮和村級幹部的宗教政策、法律、法規教育培訓，不斷提高基層宗教管理幹部的政治和業務素質，幫助基層幹部提高宗教政策水平，掌握宗教基礎知識，使他們對宗教事務不但敢管，而且會管。
另一方麵，必須堅持法製原則，把宗教領域矛盾的解決納入法製化軌道。處理宗教領域這類矛盾，必須運用行政、經濟、思想、教育等各種手段，但從長遠來說還是要靠法治，靠法律手段來依法調解。這既是實現十五大提出的依法治國方略的要求，也是新時期化解各類人民內部矛盾的有效措施。在發展社會主義市場經濟的新時期，相當一部分人民內部矛盾屬於公民、法人、宗教職業人員、信教群眾、管理協調和服務部門等平等主體之間的民事、經濟或民族習俗、宗教感情和宗教活動場所房地產利益的糾紛。法律法規是協調和處理這類矛盾的依據和準繩，隻有通過法律途徑依法辦事，才能使各種矛盾和糾紛得到有效解決。為此，①要加強包括宗教事務管理在內的各種法律法規的學習普及，開展法製宣傳教育活動，提高群眾的法律意識，學會用法律武器保護自己的合法權益，用法律來規範人們之間的各種關係和行為方式，引導人民群眾依法辦事；②堅決糾正有法不依、執法不公、徇私枉法等問題，樹立和維護司法機關的權威。各級司法機關特別是基層司法機關要發揮其職能作用，加大對民事、行政、經濟、民族、宗教糾紛案件的調處力度，積極依法化解社會矛盾和糾紛。③應把宗教事務管理納入依法治國的重要內容，這是依法加強對宗教事務管理，積極引導宗教與社會主義社會相適應的必然要求。但目前宗教法製建設在我國整個法律建設中處於滯後狀態，已不適應宗教工作的需要。因為專門的宗教法規迄今為止隻有1994年國務院頒發的《中華人民共和國境內外國人宗教活動管理規定》和《宗教活動場所管理條例》兩個行政法規，遠遠不能適應當前和今後調解宗教領域各種特殊而複雜的矛盾和糾紛。因此，要加強宗教立法工作，同時要進一步完善與宗教內容相關方麵的法律，以加強宗教法治建設。