第二天即以“中央研究院”、台灣大學、“教育部”、董的親朋故舊為主組成治喪委員會，由國民黨元老、提倡大陸與台灣史學研究交流、時任“教育部”部長的黃季陸任治喪委員會主任，“中央研究院”新任院長王世傑、台灣大學校長錢思亮和李濟、孔德成等任治喪委員會副主任，芮逸夫任治喪委員會總幹事。１２月日舉行公祭，黃季陸、王世傑、錢思亮和李濟、孔德成等都是主祭，於右任、陳誠、莫德惠、葉公超等和各單位團體代表、文化教育學術界同仁、親朋好友及各界群眾一千多人參加公祭，並送來花圈、挽聯、挽幛。蔣介石的挽詞是“績學貽徽”。
公祭之後入葬“南港學人山”墓地。南港學人山是研究院大門對麵附近的一片山地，１９６２年胡適過世後安葬在這裏。董作賓生前很欣賞胡適墓園景觀，治喪委員會和家屬商定將其陵園選擇在此。後來，董同龢、王寶先、徐高蔣中正的挽詞
阮也都埋葬在這裏，研究院同仁們稱之為“學人山”。董作賓的墓地位於與胡適墓比鄰的小山，由其學建築的兒媳婦馬若百設計。陵墓的後方一道壁牆，中央鑲嵌著大理石墓碑。董作賓生前好友、“中央研究院”院士陳槃撰著銘文，台灣大學教授台靜農書丹。銘文如下：懿維先生，儒林耆碩，學探本源，誌窮淵頤。
冥心獨造，著書滿家，紛綸炳煒，蔚為國華。
疇昔殷墟，甲骨遺寶，先生創同，爰始爰肇。
精微天算，乃譜曆年，發凡斷代，昭晳鴻篇。
實至名歸，騰聲遐外，大邦有行，教施無類。
飄零台海，九域洪濤，斯文未墜，葆我後凋。
真素好修，謙謙君子，如何奄至，隨塵永逝。
今聞丕顯，德音不忘，淒其芸館，寂寞重崗。
載擒光耀，視茲鐫銘，千齡萬祀，怊悵清馨。
陳槃撰著、台靜農書丹的董作賓墓誌銘
當時的墓地還是荒山野嶺，枯黃的野草稀稀疏疏覆蓋著山頭，幾株幹枯的小樹在陣陣寒風中瑟瑟發抖。至今，後來栽種的榕樹、樟樹、紅木棉、楓香、女貞等亞熱帶長綠樹木已枝繁葉茂、鬱鬱蔥蔥，花壇裏的花木更是青翠欲滴、爭奇鬥豔。整個墓園濃陰蔽日，深邃幽靜。董作賓半身銅像聳立在墓前，他睿智的目光凝視著遠方，好像在回味著自己艱苦奮鬥的曆程。１９７４年台北“市政府”依墓園所在的自然山勢，將“南港學人山”開辟為胡適公園，成為墓園公園化在台灣的一個典範，也成為人們溫習中國近代學術史的殿堂。
在董作賓逝世前一個月，集其一生發表於報刊雜誌的主要論文《平廬文存》上下兩冊由藝文印書館出版，同時，藝文印書館還再版了《殷曆譜》。
董作賓先生一生筆耕不綴，著作等身，為後人留下學術專著十餘部，學術論文近三百篇。在董逝世後，由其學生嚴一萍收集整理，編輯成《董作賓全集》。１９７７年藝文印書館出版《董作賓全集》，分為甲乙兩編，甲編五冊：（一）年曆學十五篇，（二）甲骨學十三篇，（三）甲骨學及其他二十三篇，（四）《中國年曆總譜·上編》，（五）《中國年曆總譜·下編》；乙編七冊：（一）《殷曆譜》，（二）《殷曆譜及附錄》，（三）《平廬文存補遺》，（四）《甲骨學六十年》，（五）《甲骨年表》，（六）《毛公鼎》《平廬印存》，（七）《殷墟發掘工作存真》《殷墟文字外編》，共十二冊，計五百餘萬字。
董作賓的逝世使夫人熊海平和子女陷入極大的悲痛，四十年後董玉京撰文《無盡懷思無盡恩》，仍充滿了無限哀思之情：