１９４５年１０月中旬，同濟大學乘長江枯水期到來之前，開始起程東歸返回上海。大批輪船滿載物資和人員浩浩蕩蕩順流而下，汽笛長鳴，同濟的師生跑到甲板上與碼頭上送行的人們揮手告別，場麵頗為壯觀。
同濟大學的東歸無疑是個信號，在李莊的研究院史語所、社會所和中央博物院籌備處及營造學社等部門的人員，也焦急地等待複原的日子，然而久久得不到消息。原來在抗戰勝利之後，所有戰時遷往大西南後方的機關、團體、學校、工廠以及逃難的百姓，皆如打開閘門的洪水，一瀉千裏地向已收複的失地奔湧而去。一時間，長江南北、大河上下到處都是回歸的人流。人們爭先恐後、千方百計地爭搶著交通工具，運力異常緊張。回到重慶的費慰梅記述了當時的情況：“政府把所有船隻和飛機全部管製。為了避免混亂，每個部門和機構的搬遷依次序排了號碼。當然，陪都的高級官員和戰時暴發戶利用來曆不明的交通工具，提前到達東岸，而窮得要命的李莊戰時難民，則沒有這種機會。他們隻有依靠政府送他們回去，而且隻能在驚人的通貨膨脹中慢慢等待。”
《六同別錄》封麵
看到這種情況，董作賓已做好長期等待的準備，一方麵穩妥地做好善後方麵的事情，一方麵繼續搞研究，編輯出版了《六同別錄》。抗戰開始後，《中央研究院曆史語言研究所集刊》被迫停刊，到李莊後打算複刊但印刷困難，李莊隻有石印無法排版，到重慶可以排版但無法製圖。董作賓完成《殷曆譜》後，就和傅斯年、李濟商量，讓大家都書寫自己的文章然後石印。研究人員每人都已有不少研究成果，石璋如一次就拿出《小屯後五次發掘的重要發現》等三篇重要論文，這樣，一部涉及曆史學、考古學、文獻學、文學、語言學、民族學、民俗學、人類學等多學科的綜合學術著作《六同別錄》就問世了。寓意深長的刊名是董作賓和大家商量後由傅斯年定的，“六同”是李莊的古稱，在南朝蕭梁時期這一帶為六同郡。“六同”含有六合大同之意，以此來紀念這一人人都刻骨銘心、畢生難忘的時間與空間。
１９４６年４月３０日，國民政府正式頒發了“還都令”。此前不久董作賓已接到傅斯年的來信：“複原問題，京滬物價高，留下亦無好辦法，真進退維穀也。東西是搬不完的，所以在山下租張家祠，繼續一年，公私比例分攤或為不可免之事也。在京、渝、李（三地）必須皆有主持之人。”
董作賓立刻行動起來，派李孝定等人到重慶具體商談租船事宜，傅斯年已聯係好仍用民生輪船公司的船。又從李莊找來大批民工夥同所裏的青壯年將圖書資料和甲骨文、青銅器等文物標本運往山下靠近碼頭的張家祠。用了近兩個月的時間才將大批物資運完，一箱箱貨物如同小山，堆滿了張家祠的所有房間。
臨到複原一些具體的事情出來了，已在成都燕京大學任教的李方桂致信董作賓，提出家母年高隻能乘飛機回返，自己必須陪走，不能與史語所同行，申請先辦返都手續。一向很謹慎的陳寅恪也有這樣打算，他讓妻子給史語所秘書那廉君寫信向董作賓轉達此意，董讓秘書作了答複：“本院各研究所遷返南京事，須俟孟真先生返渝通盤籌劃後，始能決定，手示各點已代陳彥堂先生。但如成都方麵有可以隨同出川之機會，擬亦未可放過。”