１９４８年，中央研究院舉行首屆院士選舉，當時國共兩個陣營的鬥爭已到白熾化程度，董作賓向主持院士選舉的胡適寫信，說明郭沫若是研究院院外人士，為表示公道寧可自己放棄而推薦郭當選。後兩人都得以當選。
１９４８年年底，董作賓隨中央研究院遷往台灣，任“中央研究院”院士、曆史語言研究所所長兼台灣大學教授。郭沫若不久北上北平，參加新中國的籌建，後任政務院副總理、中國科學院院長。從此，一水之隔，天各一方，但董作賓對郭依然一往情深，１９５１年董在《中國古代文化的認識》一文中仍給郭以很高的評價，指出：“唯物史觀派是郭沫若的《中國古代社會研究》領導起來的……他把《詩》《書》《易》裏麵的紙上史料，把甲骨卜辭、周金文裏麵的地下材料，熔冶一爐，製造出來一個唯物史觀的中國古代文化體係。”１９５３年董的《殷墟文字乙編》下輯出版，郭大為讚賞，指示有關部門以中科院考古研究所的名譽在大陸重印出版。
但畢竟海峽隔斷了兩人的交往，學術上和思想上的不同認識，更增加了兩人之間的距離。不久，便出現了矛盾，董作賓在殷代的社會性質及一些甲骨文的解釋問題上，提出了與郭沫若不同的意見：“我們不能據字形說‘民’是刺瞎眼睛，‘臣’是俯首聽命，民與臣是奴隸，殷代的臣民也是奴隸，因而斷定殷代是奴隸社會。”
郭沫若看到董作賓的文章後撰寫《蜥蜴的殘夢》予以反駁，文中說：“最近讀了參加殷墟發掘的另一人董作賓的《殷墟文字甲編·自序》，其中有些地方在斥責我，而且在反對殷代是奴隸社會的說法。雖然承蒙董先生沒有直接指出我的名姓，但這指責的是我，那倒毫無問題。但可惜董先生的關門主義關到了家。他雖然也在參加殷墟的發掘，而且在發掘著一個典型的奴隸社會，而他卻找不出‘奴隸的痕跡’實在也是值得同情的。”還指責他們“或兢兢於古器物尺度輕重的校量，或則根據後來的曆法推譜的‘殷譜’，真可以說是捧著金碗討飯了”。在他的《十批判書·改版書後》更直斥董作賓“假充內行”、“無知”等等。
不久，在“聯合國中國同誌會”第一百次座談會上，董作賓發表題為《〈殷曆譜〉的自我檢討》演講，對郭沫若的指責予以“回敬”：“他不懂我的《殷曆譜》這是當然的。記得在三十四（１９４５）年，傅孟真先生送給他一部《殷曆譜》之後，他寫信給我，說‘惜尚未能夠細拜讀’，我想他不但那時沒有細看過，直到現在也不會看過，就是看了，也不一定會了解的。因為他隻接受了‘斷代研究法’，隻走過第一步。”從此，兩人徹底中斷了聯係。
董作賓與郭沫若的交往也就是這些。近來看到一些報刊和書上特別是網絡裏，利用董郭的關係大有對郭沫若興師問罪之勢，說什麼“小人”、“盜竊”雲雲，進而否定《卜辭通纂》的價值。這大可不必，李濟當時就說到“學術事業是公共事業，資料就是供人研究的”，不主張再追究。郭沫若的做法當事人該發火的發火了，該說的也說了。２００８年１０月，在安陽舉行“世界文化遺產殷墟考古發掘八十周年暨考古與文化遺產論壇”，李濟的兒子李光謨、董作賓的兒子董敏、梁思永的女兒、胡厚宣的兒子胡振宇等都相聚一堂，在談到這個問題時，李光謨僅是說：“郭沫若的做法不太合適。”董敏在一邊笑笑也沒說什麼。當事人的後人態度也是很可取的，我們何必再糾纏不休。況且《卜辭通纂》別錄裏，收入的並非史語所考古組一家的卜辭，《別錄之二——日本所藏甲骨擇優》有日本個人和單位十二家共七十多片甲骨文，這些當年的“侵略者掠奪者”都允以流亡日本的郭沫若“縱覽和攝影”，且也未見他們算後賬，我們何必同室操戈呢。至於《卜辭通纂》的價值早有學術界的定論，我就不再多說了，請看下麵《內破〈殷曆譜〉》的故事就知道，“內破”者不是別有用心的惡意攻擊，就是另有所圖。