村民根本不講究科學的方法，在挖掘過程中許多完整的龜甲被損壞，更多有學術價值的小片甲骨都被隨便丟掉。同時，私人盜掘也嚴重破壞了地下文化堆積的層次關係，擾亂了甲骨與其他共出文物之間的聯係，許多很有價值的陶器、石器、骨蚌器和人骨等，就因為當時無法賣錢而被破壞拋棄。因此，為賺錢而私挖亂掘的行為，實際上是“所得者一，所損者千矣”。
據學者們統計，從甲骨文發現到１９２８年中央研究院曆史語言研究所對安陽殷墟開始科學發掘前的二十多年中，有名有姓大張旗鼓公開挖寶，並且知道甲骨賣給了哪些人的私人挖掘就有九次之多。偷偷摸摸私自挖掘，更不知其數。
甲骨文的幸運是中央研究院曆史語言研究所的建立及其對安陽殷墟進行大規模的科學發掘。
辛亥革命以後，在全國興辦近代教育的同時，還相繼成立了許多研究機構和學術團體，著名的有丁文江、翁文灝、章鴻釗等為首的地質研究所，趙元任、楊杏佛等為首的中國科學社，詹天佑、顏德慶等為首的中華工程學會，還有中國地學會、中國生理學會、中國天文學會、中華化學工業會等。這些機構和團體開展學術研究，創辦專業刊物，交流研究成果，已經初具規模。但機構分散，各行其是，因此成立一個統一的學術研究機構已成為知識界的共識。
早在１９２４年冬，孫中山先生應邀赴京，即著手準備籌建“中央學術院”，並安排汪精衛、楊杏佛、黃昌穀等草擬計劃。孫中山不幸逝世後，此事也就暫時擱置下來。１９２７年５月，國民黨召開中央政治會議，蔡元培與李石曾、吳稚暉、張靜江等共同提議建立中央研究院，獲得通過並推舉蔡元培等人為籌備委員。１１月，蔡元培主持召開中央研究院籌備會議，通過組織條例，中央研究院建立，蔡元培任院長。中央研究院由行政部門、評議會、研究機構三部分組成，至１９３０年共建成九個研究所和一個自然博物院。
時任廣州中山大學教授兼文學院院長和曆史係、中文係主任，中山大學語言曆史研究所所長，中央研究院籌備委員的傅斯年，是蔡元培先生任北京大學校長時最器重的學生。傅斯年向蔡元培力陳語言文字及曆史學的重要意義，建議在中央研究院設立曆史語言研究所。１９２８年３月，中央研究院聘請傅斯年、顧頡剛、楊振聲等籌建史語所，並創辦《中央研究院曆史語言研究所集刊》。傅斯年撰寫了《中央研究院曆史語言研究所工作之旨趣》，發表在集刊創刊號上，明確了史語所工作的指導思想和學術宗旨。１０月，中央研究院曆史語言研究所正式成立，傅斯年以其卓越的學術成就和領導才能出任所長。
曆史語言研究所的成立是中國近代學術發展史上的一件大事，標誌著中國學術開始擺脫舊的傳統，向著近代化的方向邁步。傅斯年主張曆史、語言的研究要運用新材料，發現新問題，采取新方法。他認為近代曆史學隻是史料學，應當用自然科學提供的一切方法、手段來整理現存的所有史料；唯有發現和擴充史料，直接研究史料的工作才具有學術意義。他提出了在當時影響很大的兩句口號——上窮碧落下黃泉；動手動腳找東西。即做學問要窮追不舍，要身體力行，強調科研要多動手實踐。
曆史語言研究所籌備時，原計劃設九個組，後來正式成立時設立曆史學組、考古學組、語言學組，以後又逐步增設人類組等。之前都是將考古列入曆史的範疇，現將考古學視為一門獨立學科與曆史學並列，體現了傅斯年對考古學的重視，也代表了考古學在中國發展的趨勢。
殷墟甲骨文的厄運也使不少有識之士扼腕歎息，為保護國家的珍貴曆史文化遺產免遭破壞，由國家機構進行科學發掘也是當務之急。著名考古學家，北京大學國學研究所導師、考古係研究室主任馬衡即致函蔡元培院長，提議在安陽殷墟進行考古發掘，並推薦自己的學生，曾是北京大學考古學會會員的董作賓從事這項工作。
曆史語言研究所成立之初，首先開展的工作就是安陽殷墟發掘和甲骨文的研究整理。１９３１年，董作賓與李濟在南京自然曆史博物館展覽殷墟出土遺物，並在中央大學公開演講，介紹了殷墟甲骨文發現、發掘和研究的曆史，其題目即為《甲骨文之厄運與幸運》。
安陽調查
由於近三十年大量挖掘出土，以至於不少人認為安陽殷墟小屯地下甲骨已經不多了，羅振玉就認為“小屯地下寶藏一空矣”。古董商為牟取暴利，更是大造甲骨已告罄的輿論。殷墟到底還有沒有甲骨，也就是殷墟還有沒有發掘價值？在對殷墟正式進行發掘前，曆史語言研究所聘請董作賓為編輯員兼通訊員，到安陽進行先期調查，同時順路了解洛陽三體石經的情況。
傅斯年之所以選擇董作賓，除了馬衡的推薦因素之外，更主要是在中山大學共事時對他的了解。董作賓的搭檔、著名考古學家李濟在為紀念董作賓逝世三周年撰寫的《南陽董作賓與近代考古學》曾這樣說過：“１９２８年他三十歲剛出頭，是‘五四’運動天然的追隨者，富有新思想並急於為自己的研究收集資料。傅所長派董赴安陽進行初步調查有兩個簡單原因：董係河南人，這在許多方麵將有利於他的工作；再者他雖不是傳統意識中的古物學家，但他理智靈活。”
當時董作賓正在故鄉南陽第五中學任教，到暑假教學任務已經完成，同時母親身體也有所好轉，就邀請對河南曆史地理很有研究的前輩張嘉謀一同北上展開調查。因北上首先途經洛陽，就先進行三體石經的調查。
三體石經是三國魏齊王曹芳正始二年（２４１），由嵇康等人用古文、小篆與隸書三種書體書寫刻立的《尚書》《春秋》《左傳》等經文，原碑石共有二十八塊，立在太學講堂西側，史稱“正始石經”，又稱“三體石經”或“魏石經”。刊刻石經的目的是“以弘儒訓，以重儒教”，盛極一時，後毀於戰火。清光緒二十二年（１８９６）有人最先在洛陽東郊漢魏故城太學遺址獲得石經殘石一方，存字僅十一行。１９２２年冬，太學遺址附近的村民朱某在棉田中掘出一大一小兩塊石經殘石，大塊陽麵刻《尚書》二篇文字，陰麵刻《春秋》經文，這就是赫赫有名的魏三體石經《尚書》《春秋》殘石，俗稱“大三體”。大三體出土後，為洛陽古董商購得，因碑石過大秘運不便，就雇石工連夜鑿開。鑿前雇請拓工拓得十幾份，徐森玉、馬衡、許光宇、於右任、羅振玉等各有收藏。開始五十元購得一份，一年後於右任以二百七十元得一份，再後來，羅振玉以五百元購得一份。
由於三體石經碑石出土不多，其出土、流傳和收集的脈絡比較清晰，調查很快就結束了。當時洛陽一帶正鬧匪亂，董作賓一行就沒再多停留，離開洛陽從泗水北渡黃河，順道來到溫縣董陽門拜謁了祖居。董作賓還從未回過故鄉，他邀請族人合影留念，還分送了毛巾、胰子（香皂）、香煙之類小紀念品。而後取道輝縣、衛輝北上，於１９２８年８月１２日到達安陽。