下麵我們再分別來考察產業組合規模效率和產業組合結構效率。對於產業組合規模效率來說，我們可以看出在考察期內總體上保持了一個較高的水平，其最低值是2002年的0.92，最高值是2003年的0.97，這說明如果消除產業組合的規模非效率，可以使全國的製造業產出提高3%~8%。
對於產業組合結構效率而言，其最低值出現在2001年，為0.89，最高值是2002年的0.94，這說明如果消除製造業產業結構的扭曲問題，可以使全國製造業的總產出提高6~11個百分點。從變化軌跡來看，我們可以看出產業組合結構效率基本上是在產業組合規模效率的下方運行的，而且在近三年還出現了惡化趨勢。這是因為當要素市場出現扭曲時，各個省份不能遵循自己的比較優勢進行生產，在錯誤的價格信號下進行要素資源配置從而導致產業結構趨同。為了對全國製造業的產業結構扭曲問題作進一步說明，我們使用前文的數據計算了我國地區間製造業的結構相似係數。
中國東、中、西三大地帶間1999-2005年製造業的結構相似係數的計算結果。可知，在考察期內東部和中西部之間製造業的結構相似係數整體上呈現出一種下降趨勢。這一結果說明在考察期內東部地區與中西部地區之間的專業化分工開始趨於加強。與之形成對比的是，中部與西部之間製造業的相似係數卻表現出明顯的上升態勢，到2005年這一數值達到了0.9784，這說明中西部地區間製造業的結構相似程度非常高。而對於出現這一結果的原因，我們認為可能是東部地區市場化程度較高，產業和企業更多地按照市場機製進行配置資源要素，從而使得產業結構出現不斷優化。而中西部地區間高度相似的產業結構在很大程度上是兩地區間要素市場分割較為嚴重的反映，扭曲的要素市場製約了要素的自由流動和資源的優化配置。
正如在前文中我們把產業組合規模效率定義為要素市場扭曲導致產業投入量的扭曲，而把產業結構扭曲定義為要素市場扭曲導致的產業投入價格的扭曲，而二者的乘積則作為要素市場扭曲導致的效率損失，記為ρ=TSE×TIE。給出了考察期內ρ的具體數值。我們可以看出，ρ的值在1999-2001年的三年間是下降的，但自2002年開始，這一數值又重新回到了0.87的水平以上。雖然從時間趨勢上來看，ρ的值是經曆了一個先下降再上升的過程，但從其變化幅度來看卻是很小的，這可以從值為0.013的變異係數上反映出來。由於ρ是用來表示要素市場扭曲導致的效率損失的，所以它的變化幅度很小至少說明一個問題，即在考察期內，我國要素市場的市場化進程並沒有取得實質性進展。而且，如果把ρ的值表示的效率損失歸結為要素市場扭曲的話，我們可以看出在考察期內這一損失在2004年時最低，基本上占到總產出的11%，在2001年時最高，約占到總產出的14%。