在方法論上需要特別說明的是，劉小玄（2000）、謝千裏等（2001）和許斌（2006）運用的是傳統的基於Cobb‐Douglas生產函數（C‐D生產函數）的“增長核算”（growth accounting）方法，而姚洋（1998），以及姚洋和章奇（2001）運用隨機前沿生產函數模型（Stochastic Frontier Approach）作技術效率分析。Zheng等（1998）則使用基於非參數線性規劃的DEA方法作為分析工具。與平均生產函數不同的是，隨機前沿生產函數和DEA方法假設存在一個具有最佳效率的前沿生產集，實際產出與前沿的距離刻畫的就是企業的生產率水平：距離越大說明效率越低。在一定情況下，隨機前沿方法和DEA要優於確定性的平均生產函數方法（如C‐D生產函數）。
第三節民營企業生產率的影響因素
改革開放以來，雖然中國統一市場體係建設取得了較大進展，但地區間及行業間市場分割依然嚴重。市場分割不僅降低了資源配置的靜態效率，而且還影響到經濟增長的長期動態效率。史晉川和趙自芳（2006）以中國分省區製造業為樣本的研究表明，在市場分割情況下，與中西部地區相比，民營經濟較為發達的東部沿海地區具有更高的技術效率。對於技術效率的這種梯度分布，一種可能的解釋是，東部地區是我國改革開放的先發地區，也是一個善於進行製度創新的區域，區域內市場化水平高，生產決策單位基本上是按照市場經濟規則進行生產和經營活動，所以與之相對應的是這個地區有著更高的產業技術效率。
所有製製度是轉軌時期中國的一項特殊製度安排。這一體製安排不僅使得不同經濟體在資源要素的可得性上受到區別對待，而且還對其生產績效產生直接的影響。姚洋（1998），姚洋和章奇（2001），劉小玄（1999），以及史晉川和趙自芳（2007）等的研究都表明，所有製製度是影響企業生產率的關鍵因素；而且相對於國有經濟而言，外資、私營和集體經濟總體上具有較高的價格效率。
在民營部門日漸成為中國經濟增長重心（Yao，1999）的背景下，國際機構和經濟學家開始由關注轉向深入研究中國民營部門發展的相關問題。
Tsai（2001），以及Krug和Hendrischke（2001）分別從非正規金融和私有產權保護的角度分析了民營部門發展的製度環境。
國際金融公司（IFC，2000）和亞洲開發銀行（ADB，2003b）在各自的報告中描述了中國內資民營企業的發展環境，並提出了一係列政策方案。亞洲開發銀行於2003年出版了《中國民營企業的發展》調查報告。該報告的主要研究對象是2001年中國沿海和內地五大城市的民營企業（ADB，2003a）。這份報告以訪談、調查問卷分析和案例研究的方式對我國民營企業發展過程中所麵臨的製度環境作了重點分析，特別強調了政府在促進民營企業發展中的作用。這些報告為本項研究提供了很多有價值的背景素材。
第四節企業生產率提高的微觀機製
一、R&；D效率
Crépon等（1998）通過一個結構方程模型研究了歐洲國家R&；D投入與產出，以及R&；D產出與生產率之間的關係。在這項研究中，他們對可能的共時性（simultaneity）問題作了仔細的處理。Jefferson等（2004）應用了一個類似的方法對中國大中型工業企業麵板數據進行了研究。具體而言，他們的結構模型是為了研究三種關係：（1）R&；D強度的決定因素；（2）知識生產的過程，或知識生產函數的估計；（3）創新（知識生產活動的產出）對企業績效的影響。在估計的過程中，他們特別考察了所有權性質的影響，結果發現國有企業和股份製企業的R&；D活動強度最大，但是國有企業的知識生產效率（也即R&；D效率）卻最低。由於他們所使用的數據——大中型工業企業數據內生地排除了大量規模較小的民營企業，所以他們並沒有關於民營企業的較強的結論二、創新與生產率
在發達國家，R&；D已越來越成為經濟增長的強有力的助推器（Eaton and Kortum，1997；Guellec and de la Potteric，2001；Zachariadis，2004）。從傳導機製上來講，R&；D影響生產率主要有兩種途徑：（1）內部投入-產出效應，在這裏R&；D是一種生產要素投入；（2）外部性或溢出，在這一機製下，R&；D是一種帶有一定非競爭性性質的公共產品。對於第二種機製，最近Frantzen（2002）曾研究過OECD國家部門間和國家間R&；D溢出對TFP的影響，而Cheung和Lin（2004）也利用省級數據證實了FDI對中國的創新存在正的溢出效應。利用結構模型研究創新對歐洲國家生產率影響的方法已經開始在國外研究文獻中得到應用（Griffth等，2006；Loof and Heshmati，2006；Van Leeuwen and Klomp，2006）。