轉軌時期我國經濟發展的一個主要結構特征是增長的嚴重地區性不平衡，對這種不平衡進行有效度量並分析產生不平衡的原因是眾多學者關注的熱點之一。第六章“市場結構、投資替代與資本邊際產出”，以吉林、陝西、山東、四川、福建和廣東六個省區為樣本，基於1982-2002年的時間序列數據，對資本邊際產出的區際變動進行了研究。研究發現，投資結構與市場結構變化是導致轉軌時期我國不同發展水平省份資本邊際產出變化過程中所表現出的某些特殊性的主因，而且投資結構變化對資本邊際產出的影響還進一步影響了經濟中資本的長期積累特征。
與前幾章不同，本書的第七章至第九章是基於行業數據，以要素市場扭曲為視角對中國民營企業生產效率的一組研究。
第七章“所有製約束與要素價格扭曲”，通過運用2001-2003年全國工業行業數據，對資本和勞動力兩要素的價格扭曲問題進行了實證分析。
研究發現，在考察期內資本要素的價格扭曲程度總體來看要高於勞動力要素；國有經濟部門中要素相對價格的扭曲程度要高於非國有經濟部門；由於資本要素過多地配置在了國有經濟部門，這導致了其產出效率遠低於非國有經濟部門。研究還發現，雖然經曆了一係列改革，國有經濟部門中勞動力冗員現象仍然存在。在當前和未來較長一段時間內，私營企業和集體企業仍是吸收勞動力就業的主要部門，但這需要相關的製度作保障，其中如何實現“第三方權力最優化”從而有效保證勞動契約的正常履行，將是解決這一問題的關鍵。
中國要素市場化改革的一個重要目的，就是通過改革提高要素在地區間和行業間的配置效率。但由於種種原因，中國要素市場化進程相對滯後。這種由要素市場扭曲導致的產業效率損失問題，近年來引起了學者的關注。第八章“中國要素市場扭曲的產業效率損失”，通過運用1999-2005年全國30個省（自治區、直轄市）的製造業數據，基於DEA方法對這一問題提供了解釋。研究發現，在考察期內，產業組合的技術效率沒有出現明顯改善的跡象，存在著不同程度技術效率損失現象。如果消除產業組合的技術非效率，則可以使全國製造業總產出提高近30個百分點；如果消除要素市場扭曲對技術效率損失的影響，則在投入保持不變的條件下，可以使全國製造業總產出至少提高11個百分點。由於要素市場扭曲造成了扭曲的要素比價關係，從而導致產業結構扭曲和規模效率損失。因此，加快製度創新，推進區域市場一體化是提高區域技術效率水平的有效途徑。
第九章“要素市場扭曲與地區經濟差距”，試圖從要素市場扭曲的角度對中國地區經濟差距給予一個解釋。通過運用1978-2004年全國29個省（自治區、直轄市）的Panel Data，文章的計量分析結果顯示，在考察期內資本和勞動力市場的空間分割從而導致的資源配置扭曲對地區經濟增長率起到了負麵的影響作用。研究結果表明，相對於東部地區，我國中西部地區勞動力市場和資本市場發育落後，這在客觀上造成了較低的資源配置效率，阻礙著地區經濟增長，從而使得地區收入差距出現不斷擴大的趨勢。