（1）總部要嚴格控製自身的費用開支（如宣傳廣告費、人工費及其他費用開支等）。
（2）總部統一整個企業的資產折舊，統一支付貸款利息。
（3）總部對各店鋪基本上采用先進先出法按商品種類計算毛利率。
（4）總部要建立毛利率預算計劃管理，對店鋪實行計劃控製。總部對各店鋪的綜合毛利率進行定期考核，對影響效益大的骨幹商品的毛利率進行重點考核。
（5）總部規定各店鋪的費用項目範圍及開支標準，原則上不允許隨意擴大和超標。
（6）總部對一些費用（如水電費、包裝費等）要進行分解，盡量細化到各店鋪和商品種類。能直接認定到各店鋪和商品種類的，要直接認定；不能直接認定到各店鋪和商品種類的，要參考各店鋪占企業工資總額的比例、資產的比例或按各店鋪的人數、經營麵積分攤到店鋪和商品種類。
（7）總部對各店鋪的費用通過下達銷售費用率進行總體控製，要建立費用率預算計劃管理。各店鋪的直接費用（如業務招待費、人工費等）要同店長的利益直接掛鉤。對達不到預算計劃的店鋪，總部通過督導製度，幫助其分析造成費用增長、費用率上升的原因，並提出調整改進措施。
一般情況下，每個店鋪在開張初期的銷售費用率可能會高一些，應盡快通過加強管理使之降到企業平均、合理的水平。
四、工資獎金和獎罰管理
（1）企業對員工工資、獎金的分配辦法應在現行的政策法規下，結合連鎖經營的特點和企業的實際情況，本著調動職工積極性的合理分配原則製定。
（2）實行提成工資製的店鋪，其提成比例應根據各店鋪的實際情況確定。可以按店鋪的銷售額確定工資獎金提取比例，實行百元銷售工資獎金含量提成；也可以按店鋪實現的利稅確定工資獎金提取比例，實行百元利稅工資獎金含量提成。總部有權根據各店鋪客觀條件的優劣對其工資提取比例進行調整。
（3）為了保證企業員工的基本收入，可由總部規定職工的月基本工資，月提成工資低於職工基本工資的，其差額部分由總部負責補足。
（4）總部的管理人員和各店鋪店長的工資，按各自職位由總部確定其基本工資，根據不同月份的效益情況確定獎金數額；對部分崗位的管理人員可實行津貼管理的辦法。
（5）連鎖企業雇用臨時工人，其工資發放辦法由總部自定。
（6）各項獎罰規定由財務部門根據不同崗位人員的職責、業績、過失等因素製定。
五、連鎖企業的籌資決策
1.籌資動機
企業籌資的基本目的，是為了自身的維持和發展。企業具體的籌資活動通常受特定的動機驅使。企業籌資的具體動機是多種多樣的，例如連鎖企業為了裝備信息係統，或者進行商品開發或為了資金周轉臨時需要而籌資等不一而足。在實踐中，這些籌資動機有時是單一的，有時是結合的，但歸納起來主要有三類，即擴張動機、償債動機和混合動機。
（1）擴張籌資動機
擴張籌資動機是企業因擴大生產經營規模或追加對外投資的需要而產生的籌資動機，處於發展時期的連鎖，企業通常會產生這種籌資動機。連鎖企業為了追求規模效益，需要把企業發展成一個最優的規模，所以需要發展加盟店，對於正規連鎖而言，連鎖企業總部需資金投資，需要的資金量比較大，所以籌資的願望就比較迫切，而對於特許連鎖和自由連鎖，其加盟店則是由加盟者自己投資，並不需要總部追加投資，相反，能得到加盟者的加盟費。