2．明確事業單位財務管理的核心是國家資金
事業單位性質和任務決定了事業單位財務管理的核心是國家資金。對事業單位的多種經營應按其經營規模與核算形式區別對待，設置不同的管理模式。首先，經營規範較大的，實行獨立核算的經營形式。一些事業單位用自己的固定資產、技術搞經營，而且收入較大的，可實行公司製，由事業單位單獨出資或與職工或吸收外來資金組成公司，單獨核算，按資本大小分紅。在出資時，事業單位出資的國有資產必須按規定辦理手續，以防止國有資產流失。其次，對於一些較小的經營收入，如出租部分房屋收取的租金，轉讓技術等，可以由事業單位財務人員代管，但必須另設帳戶，獨立管理，收入要入帳，支出要審批，不得用這些收入私設小金庫，搞請客送禮和發給職工個人。
3．體現財務管理的特殊性
一些為社會公眾提供特殊服務的行業，如醫院等單位，其收入穩定，財政給予的投資也相對小些，因此，在資金管理中，重點是收支的比較與財政補貼的使用，在收支管理中應根據行業的特殊性，分別就營業收入，捐贈收入，補貼收入與相對應的支出進行專項管理。特別是要求單位體現社會公益性，本著不以盈利為目的的宗旨，在為社會提供服務中合理收費，不以損害公眾的利益來滿足單位的要求，因此，財政補貼要基本打足，管理辦法要適緊有鬆，從而保證大眾的基本利益。總之，事業單位的財務管理應以收支內容為前提而不是以舊的單位性質為條件進行管理，縮小事業單位財務管理範圍，限製事業單位財務收支活動，嚴肅財政撥款管理秩序；在此基礎上簡明事業單位財務管理製度，準確管理內容，強化管理措施，單一管理權限，使事業單位的財務管理向更科學更合理的方麵發展。
4．正確確定管理目標
首先，沒有足夠的資產，技術和不能維持原有人員生存的，應采取撤並、解散或移交社會保障部門進行管理的辦法，實行人員再就業、停止撥款和財務全麵清算的辦法，減輕財政負擔。
其次，一些事業單位的服務對象如果是純企業方麵的，如一些生產技術研究機構，則可將這些機構出租或轉讓給有關聯的企業，其財務管理則全部移交給該企業。
最後，原有事業單位依靠資產、技術和人力資源開發能夠在市場經濟中維持生存的，其財務轉入企業化管理，即依法經營、照章納稅、資產重組、單位轉軌，財政管理的重點是國有資產的完整和不受損害。